Biochemické informace

1. Biochemické informace 1.ročník biochemie

2. Zdroje odborných informací … chaos?

3. Trocha historie … přenos informace ústně písemně

4. Trocha historie …„školy“ • Z celkem asi 170 Aristotelových děl se dodnes zachovalo pouze 30 (cca 2000 stránek) • řecky mluvící křesťané z Libanonu a Sýrie • arabští učenci • středověká scholastika • vysoké školy až do 18.st. Aristoteles a Platón v Aténské Akademii Platónova Akademie trvala více než 800 let

5. Trochu historie … „společnosti“ Historické společnosti učené, vědecké, tajné … Společnost učená * 1769 Královská česká společnost nauk The Royal Society *1660 „Nullius in Verba“ Robert Boyle

6. Vědecká korespondence Newton Darwin „ .. The only point in which I presumptously rather demur is about the status of the naturalised plants in Australia.“ Dopis Newtona Halleymu (1724)

7. „Informační trivium“ • Shrnutí obecných zásad práce s informacemi: • 1 - Hledej a zapišsearch & record          (bibliografický záznam) • 2 - Ulož a vyhledejstore  & retrieve(reference manager) • 3 - Zpracuj a předejpublish & disseminate(work – finish – publish) • Informační cyklus při vědecké práci: • Vyhledání a studium relevantních informací – „informační gramotnost“ • Návrh vědeckého projektu – „design experimentu“ • Vlastní provedení pokusů • Vyhodnocení výsledků • Zveřejnění výsledků – „publikace“ • Motivace k publikace vědeckých výsledků: „Publico - Ergo sum“ • „Publishorperish / vanish“

8. Zdroje vědeckých informací 1) Primární = zveřejnění původních výsledků vědeckého výzkumu * Periodika – časopisy, magazíny, žurnály, vícesvazková díla * Knihy – monografie, učebnice, příručky, disertace sborníky z konferencí referenční a pramenné knihy (tabulky, slovníky, informační databáze, patenty, …) * Nestandardní – firemní literatura 2) Sekundární = přehled primárních zdrojů * rejstříky , indexy, databáze … 3) Terciární = usnadnění přístupu a vyhledávání v primárních a sekundárních zdrojích

9. Primární zdroje ČASOPIS (Journal) - vydavatel (Publisher) - redakční rada (Editors) - předplatné (subscription x open access) - recenze(Peer review) - obsah: * titulní strana * redakční úvodník (Editorial) * dopisy čtenářů (Letters) * shrnující články * různé typy vědeckých článků

10. Primární zdroje číslo svazek strana Datum vydání

11. Primární zdroje ČLÁNEK (Article, Letter, Short Communication, Review, ...) - autoři (Authors) - název (Title) - shrnutí (Abstract, Summary) - klíčová slova (Keywords) - vlastní text : úvod experimentální podmínky výsledky a diskuse - citace(References)

12. Primární zdroje Typ článku Název Autor Data zaslání a přijetí doi Shrnutí Klíčová slova

13. Primární zdroje Vědecké konference (kongresy, sympozia, …) - ústní sdělení (Oral Presentation) * plenární přednášky * specializované sekce - plakátové sdělení (Poster) – dělení do tématických sekcí

14. Primární zdroje Konferenční sborník = souhrnabstrakt příspěvků konference (může být součástí zvláštního vydání časopisu) - ústní sdělení (Oral Presentation) - plakátové sdělení (Poster) Obsah: * autoři (adresy) * shrnutí - abstrakt * (citační odkazy)

15. Primární zdroje Disertační práce (PhD thesis) - shrnutí doktorandského studia - obtížně dostupné - publikovány také ve formě článku

16. Primární zdroje Ročenky(Annual Reviews) Annual Review of Biochemistry Annual Review of Plant Sciences … Archives of Biochemistry and Biophysics Methods in Enzymology (svazek č.395 v 4/ 2005)

17. Primární zdroje Monografie - shrnutí specializovaného tématu - určeny menšímu okruhu pokročilejších zájemců Učebnice - shrnutí znalostí určitého oboru Patenty

18. ČASOPISY PŘEHLEDOVÉ (populárně -vědecké) Nature Science Proceedings of National Academy of Science of USA - PNAS Trends in Biochemical Science- TIBS Trends in Plant Science - TIPS Trends in Biotechnology

19. ČASOPISY OBECNÉ (biochemické) Biochemistry Journal of Biological Chemistry European Journal of Biochemistry Biochemical Journal Biochimica et Biophysica Acta The EMBO Journal

20. ČASOPISY SPECIÁLNÍ (biochemické) Analytical Biochemistry Clinical Biochemistry Nucleid Acid Research Nature Biotechnology …

21. ČASOPISY ČESKÉ (biochemické) Acta UPOL (sekce Chimica) - sborník UP Acta Universitastis Palackianae Olomucensis Facultas rerum naturalium (2003) Chemica 42 Chemické Listy - oficiální časopis ACCS IF = 0.683 česko- anglicky, 1 x měsíčně Collection of Czechoslovak Chemical Communications IF = 0.879 anglicky 1 x měsíčně

22. VYDAVATELSTVÍ Nejvýznamnější vydavatelé vědeckých časopisů: Springer Elsevier (Science Direct) American Chemical Society Blackwell-Synergy Kluwer Wiley

23. VYDAVATELSTVÍ On-line přístup z katedry biochemie: Science Direct (Elsevier) Springer Link American Chemical Society Blackwell-Synergy Kluwer Wiley Interscience

24. Zdroje vědeckých informací 1) primární = publikace výsledků vědeckého výzkumu časopisy, sborníky z konferencí, disertace, ročenky, ... 2)sekundární abstraktové databáze citační databáze patentové databáze 3) terciární on-line přístup

25. Sekundární zdroje Chemical Abstracts Historický vývoj: a) Tiskem 1x týdně A4, cca 1000 stran - textová část = články dle sekcí - číslované 1 - 400.000 (název, zdroj, autoři, abstrakt) - abstraktová část = seznam autorů, klíčových slov, čísel patentů b) CD-ROM verze 1 x měsíčně c) On-line (info po r. 1970) - uživatelské rozhraní SciFinder www.cas.org

26. Sekundární zdroje Web of Knowledge Produkty: ISI Web of Science ISI Journal Citation Report isiknowledge.com

27. ISI Journal Citation Report - Výstup databáze hodnocení citačního ohlasu (ČR za r. 2007)

28. Sekundární zdroje www.ncbi.nlm.nih.gov/ Entrez PubMed Nucleotide Protein Genome Structure Taxonomy

29. Sekundární zdroje www.scirus.com Vyhledávání vědeckých informací: Časopisy Webové stránky

30. Sekundární zdroje • Databáze SCOPUS – www.scopus.cz • 16000 časopisů • více než 32 miliónů záznamů • - 23 miliónů patentů a 231 miliónů webových zdrojů • referenční databáze pro hodnocení publikační aktivity vědců v ČR

31. Sekundární zdroje www.chemweb.com Produkty: Databases: Beilstein Abstract US Patent Database Chemical Dictionary Spectral databases Safety databases

32. Sekundární zdroje www.chemnetbase.com Combined Chemical Dictionary: * Natural Products * Drugs * Inorganic and Organometallic Compounds * Organic Compounds * Commonly Cited Compounds

33. Sekundární zdroje www.chem.qmw.ac.uk/iubmb/enzyme/ Seznam doporučených názvů enzymů dle IUPAC-IUBMB