Gérer sa bibliographie avec EndNote (versions 7 à X)

1. Gérer sa bibliographie avec EndNote (versions 7 à X) INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

2. Programme • Généralités sur les logiciels de gestion de références bibliographiques • Principes et fonctions • Les principaux logiciels • Gérer sa bibliographie avec EndNote • Caractéristiques de EndNote • Créer et gérer une base EndNote par import automatique et/ou saisie manuelle • Insérer des références bibliographiques dans un document et éditer des listes • Quelques fonctions « avancées » : • Modifier ou créer des styles et des filtres • Gérer une liste de périodiques, • Créer des bibliographies thématiques INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

3. Généralités sur les logiciels de gestion de références bibliographiques

4. Les logiciels de gestion de référencesPour quoi faire ? (1) • Créerautant de bases bibliographiques que nécessaire • Par import de références (fonction la plus utilisée) • Connexion directe : en interrogeant directement des bases de données bibliographiques sur Internet via EndNote à l’aide de filtres de connexion : plus pratique et plus rapide que la consultation classique de chaque base, mais moins performant en matière de recherche • Import direct : directement au cas par cas à partir de la consultation d’articles sur des périodiques électroniques • Import indirect (transfert de fichiers) : Via des fichiers sauvegardés à partir de bases de données bibliographiques en ligne à l’aide de filtres d’import • Par saisie manuelle des références • bénéficier d’aide à la saisie (listes de termes contrôlés) INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

5. Les logiciels de gestion de référencesPour quoi faire ? (2) • Gérer sa propre documentation plus largement • gérer des documents associés aux références (et les exploiter éventuellement en rédaction de documents) • Fichiers images (figures, graphiques) • Fichiers Word ou Excel … • Liens vers des pages web, • Texte intégral (fichiers pdf) • Interroger sa (ses) base(s) de données • bénéficier d’aide à la saisie (listes de termes contrôlés) • Editer des listes de références (bibliographie) « à la carte » selon différents styles (ou formats) • Styles de revues prédéfinis et fournis avec le logiciel • Styles créés par l’utilisateur INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

6. Les logiciels de gestion de référencesPour quoi faire ? (3) • Lors de l’écriture d’une publication : • utiliser les modèles Word (Templates) préenregistrés pour l’écriture des articles, • créer aisément et selon les instructions aux auteurs, les citations dans le texte et la liste bibliographique, • insérer des graphiques et/ou tableaux, puis en générer la liste. • Exporter ses données sous d’autres formats INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

7. Gestion bibliographique Plateformes éditoriales Autres ressources / webArchives ouvertes … Bases de données Portail Bases de données hors portail Périodiques électroniques Sources de références Alertes email – Fichier sauvegardé Enregistrement& gestion de références Filtres d’import Texte intégral, images, autres objets … Fichier personnel Gestion de documentsen texte intégral Stockage Fichiers .pdfLiens URL Liaison avec traitement de texte Styles Aide à la publication Edition de bibliographies selon les formats des journaux

8. Principaux logiciels existants Voir : • Les outils de gestion des références bibliographiques F. Cohen-Adad - Rencontres FORMIST Juin 2006 http://formist.enssib.fr/documents/index.php?nkv=aWRfZ2VuZXJhbD02NDIz • Les logiciels personnels de gestion documentaireJ.P. Lardy - URFIST Lyon (mise à jour décembre 2006)http://urfist.univ-lyon1.fr/logiciels_gestion_doc.html • Site REPERE : Les logiciels de gestion des références bibliographiquesS. Royer-Devauxhttp://repere.enssib.fr/frontOffice/afficheArticle.asp?idTheme=15 INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

9. Quelques logiciels • Logiciels clients gratuits Logiciels clients payants • BiblioExpress • Biblioscape 5 • Biblio-PC 10 • EndNote • Papyrus 7 • Reference Manager ou Procite • Logiciels open source Logiciels en ligne • Wikindx • RefWorks • Refbase • HotReference (gratuit) • JabRef • WriteNote • Bibus • BibliOpera D’après : Les outils de gestion des références bibliographiques F. Cohen-Adad - Rencontres FORMIST Juin 2006 INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

10. Gérer sa bibliographie avec

11. Gérer sa bibliographie avec EndNote (1) Introduction :Caractéristiques de EndNote • Infos / versions • Caractéristiques techniques • Menus et barres d’outils =(en annexe) Notions de base – Prise en main de EndNote • Base (=Library), • Les références bibliographiques • Manipuler les références (tri, modifications …) • Liens référence – fichiers externes INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

12. Gérer sa bibliographie avec EndNote (3) Interroger une base EndNote • L’interface de recherche Importer des références • À partir de fichiers structurés • À partir d’autres bases EndNote • À partir de sources biblios externes (périodiques électroniques, bases de données) : par téléchargement direct ou indirect Saisir des références manuellement • Recommandations d’écriture • Aides à la saisie INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

13. Gérer sa bibliographie avec EndNote (4) Créer des documents avec EndNote et un traitement de texte • Ecrire une publication • Templates • Module CWYW • Créer une bibliographie Fonctions avancées • Styles et filtres • Listes de termes • Bibliographie thématique • EndNote Web INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

14. Introduction Infos / versions Caractéristiques techniques Définitions de base Vocabulaire et formats Menus et barres d’outils (en annexe)

15. IntroductionInfos / Versions • version X (2006) • Gestion et stockage des fichiers pdf, affichage des références, affichage des champs saisis, sauvegarde compressée des bibliothèques. • version 9 (2005) • gestion du format unicode, taille des bases illimitée, nouveaux types de documents, nouveaux champs, gestion des préférences mais attention !!! • restriction de compatibilité (OS et traitement de texte) • pas de compatibilité « descendante » / versions antérieures de EN • versions réseau disponibles • versions Mac et PC (compatibles) INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

16. IntroductionCaractéristiques techniques INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

17. EN-v9 & 10 • Connections • DB support • Examples • Filters • Palm • Plugins • Product Support • Spell • Styles • Templates • Term Lists • XML support IntroductionRépertoire EndNote • EN-v7 • Connections • Examples • Filters • Palm • Spell • Styles • Templates • Term Lists Connections : fichiers de connexion vers des bases externes : .enz Filters : filtres d’importation : .enf Styles : styles pour l’édition des références: .ens Templates : modèles MS Word selon des normes de revues : .dot

18. IntroductionDéfinitions de base (1) • Base de données : « Library» • Unité de base de la base de données : « Reference » • Chaque référence est associée à un identifiant unique : Record Number • Chaque « reference » ou enregistrement est un ensemble unique d’informations spécifiques à un type de document (article de périodique, ouvrage, chapitre d’ouvrage, thèse, brevet, communication à un congrès …) • Des formats d’enregistrement correspondent à chaque type de document : les «reference type». Exemples : Journal Article, Book, Book Section, Poster, Thesis, Patent, etc… INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

19. IntroductionDéfinitions de base (2) • Chaque enregistrement est constitué de «champs » ou « fields » • Un « champ» est une portion d’enregistrement qui contient des informations du même type : nom des auteurs, titre de l’article, nom du journal, etc … • La liste des champs diffère avec le type de document, certains champs étant nécessaires à certains types de documents et pas à d’autres INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

20. IntroductionDéfinitions de base (3) • La saisie des informations dans des champs séparés, permet ensuite de les éditer à la carte, dans un ordre et une mise en forme déterminés (par le style bibliographique) dans le but de créer des bibliographies respectant les normes bibliographiques des différents périodiques (consignes aux auteurs). • Exemples :Author. (Year) Title. JournalVolume, Pages.ouAuthor. Title. JournalVolume, Pages (Year).ouAuthor, JournalVolume, Pages (Year). INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

21. Avoir en tête … • En saisie manuelle, il est indispensable d’identifier précisément chaque type de document avant de l’enregistrer dans la base pour choisir le bon « format d’enregistrement » et entrer les différents éléments de la référence dans le bon « champ », • Certaines règles de saisie sont à respecter à l’intérieur des «champs» (champ « auteur » par exemple) si on veut pouvoir ressortir les informations « à la carte », • En import automatique à partir de bases de données bibliographiques externes, des vérifications sont souvent à faire pour être sûr que les informations ont été injectées dans le bon champ. INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

22. Introduction :Vocabulaire et formats

23. Prise en main La bibliothèque ou base EndNote Les références bibliographiques Manipuler les références (tri, modifications …) Liens référence – fichiers externes

24. La bibliothèque EndNote Création • A l’ouverture de EndNote : • via le menu : File > New (Reference Library) Puis : • Nom d’une base : xxx.enl • Enregistrement dans le répertoire de son choix INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

25. La bibliothèque EndNote Ouverture & Fermeture • A l’ouverture de EndNote : ou • Via le menu :File > Open (+ bouton parcourir) • Fermer une base : File > Close Library (ou Ctrle + W ou Ctrle + F4) INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

26. La bibliothèque EndNote Suppression – Réparation - Sauvegarde • Supprimer une base : utiliser le gestionnaire de fichiers hors EN. • Réparer une base : Tools > Recover Library. Il y a création d’une copie de la base suffixée en .saved (les Term Lists doivent être reconstruites) • Sauvegarder une bibliothèque : enregistrement automatique des changements apportés, à la fermeture. INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

27. La bibliothèque EndNoteFenêtre principale (1) Entêtes cliquables (tri alpha) & paramétrables / 5 colonnes max (version X : 8 colonnes) Style actif Déplacement: ascenseur ou flèches Sélection de références Double clic = édition / référence Show Preview / Hide Preview Visualisation de référence selon le style actif Compteur INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

28. La bibliothèque EndNoteFenêtre principale (2) • Déplacement « à travers » les références : • de référence en référence : clic souris ou flèches  et  • touches Home ou Page précédente (première référence / liste), et Fin ou Page suivante (dernière référence / liste) • déplacement colonne « Auteurs » : en saisissant la première lettre du nom recherché • tri possible par simple clic sur les en-têtes de colonnes • Edition d’une référence : double clic • Version X : bouton « Show/Hide empty Fields » • Sélection de références : • touches Shift et Ctrl + clic souris • toutes les références : Edit > Select All (Unselect All) • si des références sont sélectionnées : References > Show selected ou Hide selected, puis Show All INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

29. Les références bibliographiquesCréation, Déplacement, Fermeture, Copie • References > New (ou Ctrle+N) • sélectionner leReference Type : type de document à décrire • renseigner les champs de la notice en respectant les règles de syntaxe • Déplacement dans les réfs : • touches Tab et Shift Tab • en édition, commande Go to pour rechercher une chaîne de caractères • Fermeture d’une référence : • cliquer sur X ou Ctrle + W (Shift + Ctrle +W pour plusieurs réfs) ou File > Close Reference. La(les) référence(s) est(sont) automatiquement sauvegardée(s). • Duplication d’une référence • menu Edit : Copy puis Paste INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

30. Les références bibliographiquesVisualisation, édition • « Double-clic » sur la référence Le type de référence Les différents « champs » de laréférence INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

31. Les références bibliographiquesReference Types Version 7 INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

32. Les références bibliographiquesReference Types (2) Nouveaux types / Version 9 Nouveaux types / Version X INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

33. La bibliothèque EndNote Personnalisation (1) • Configurer/Personnaliser EndNote Edit > Preferences Options paramétrables par l’utilisateur (détails en annexe) INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

34. La bibliothèque EndNote Personnalisation (2) • Libraries : pour désigner une base à ouvrir par défaut au lancement d’EndNote • Display Fonts : paramétrage police et taille des caractères à l’écran • Display Fields : paramétrage fenêtre principale : champs affichés 5 colonnes disponibles en v.7 8 colonnes disponibles (v.10) INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

35. Les références bibliographiquesPersonnalisation Types et champs (1) • Edit >Preferences> Reference Types > Modify References Type • Pour masquer un TD/grille : saisir un point devant son nom • Possibilité de modifier les libellés des champs, la grille TD/Champs Attention : • Ne pas modifier les champs susceptibles de sortir en édition de référence … • Ce paramétrage s’applique à toutes les bases !!! INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

36. Préférences / Base et RéférencesRépertoire .DATA Version 7 Enregistrement des préférences sous windows • application à toutes les bases créées / poste, • transfert difficile vers un autre ordinateur Versions 8/9/X Enregistrement des préférences dans un fichier (RefTypeTable.xml) stocké dans le répertoire de l’utilisateur, ce qui permet : • à plusieurs personnes de travailler sur le même poste avec des personnalisations différentes, • à un même utilisateur, de travailler dans la même configuration sur des postes différents, en recopiant ce fichier sur ces postes. • Peut servir de « gabarit » pour des utilisateurs désireux de travailler avec des bases compatibles. INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

37. Les références bibliographiques Liens référence / fichiers externes (1) Les liens peuvent être : saisis manuellement, ou intégrés automatiquement lors des opérations d’import • Cibles du lien : • Une adresse de site web : http://www.cnrs.fr • Un article en texte intégral : http://www.sciencedirect.com/… • Notion de DOI • Une adresse de messagerie : mailto:smith@erl.univ.purdue.edu • Des chemins de fichiers enregistrés sur le DD ou le réseau • Formats .pdf, .doc, .gif, .ppt etc … INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

38. Les références bibliographiques Liens référence / fichiers externes (2) Version 7 • Insertion d’un lien dans une référence : • Saisie ou copier-coller dans le champ URL • Reference > Link to • Activation du lien : Reference > Open Link (ou Ctrl-G) ou double-clic s’il s’agit d’un url. Versions 8 et supérieures • Nouveau champ « Link to PDF » • Insertion d’un lien dans une référence : Reference > Link to PDF • Activation du lien : Reference > Open PDF Utiliser plutôt le champ URL pour les adresses internet, et le champ « Link to PDF » vers des fichiers enregistrés sur un disque local ou de réseau (.pdf, mais aussi .doc ou autre format …), mais les deux champs se comportent de la même manière. INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

39. Nouveauté EN.X Les références bibliographiques Liens référence / fichiers externes (3) Version 10 : Gestion et stockage des pdf améliorés • Liaison EN / pdf par simple « glisser/déposer » du fichier pdf vers la référence (en édition ou non) Pour supprimer le fichier lié : clic droit / souris ou Edit + Clear INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

40. Les références bibliographiques Liens référence / fichiers externes (4) Icône Open Link disponible 1 clic = ouverture du document enregistré dans le champ URL Icône Open PDF disponible 1 clic = ouverture du document enregistré dans le champ Link to PDF Notion de DOI INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

41. Les références bibliographiques Liens référence / fichiers externes (5) Affichage possible dès l’écran principal INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

42. La bibliothèque EndNote Le répertoire .DATA • Le répertoire NomBaseEN.DATA • Créé automatiquement dès la création de la base pour enregistrer les images et les autres fichiers reliés. • À partir des versions 8/9 : il contient aussi les Term Lists • version X : peut aussi contenir des fichiers pdf stockés • Supprimer manuellement le .DATA en cas de suppression d’une bibliothèque (mais attention : perte des Term Lists) • Si transfert ou partage d’une bibliothèque, recopier le .DATA : • Sous windows, copier la base et le .DATA ou • utiliser la commande File > Save a Copy (copie simultanée base+.DATA) • Si suppression d’une base par erreur : re-génération possible à partir du .DATA. (v.9) INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

43. La bibliothèque EndNote Compressed Library Nouveauté EN.X • Menu File > Send to > Compressed Library • Permet d’enregistrer une bibliothèque complète (fichier .enl et dossier .DATA contenant les documents pdf, les images associés…) dans un seul fichier compressé (extension .enlx). • Le fichier obtenu peut être envoyé à un collègue (utilisateur Mac ou PC), ou servir de copie de sauvegarde. • Pour le réutiliser : il suffit de l’ouvrir avec EndNote. La bibliothèque et le répertoire .DATA sont recréés automatiquement. INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

44. Les références bibliographiques Liens référence / fichiers externes (6) • Si l’option « Copy this file to the default PDF folder and create a relative link » est activée (Edit >Preferences) : • les pdf liés à la bibliothèque sont copiés, renommés et placés dans un répertoire PDF du répertoire .DATA • Lors de la commande Open PDF, les fichiers sont ouverts à partir de ce répertoire • Avantage : possibilité de déplacer la bibliothèque + fichiers associés simultanément (copie ou Travel Library). Attention :Des libellés très longs pour les fichiers pdf peuvent perturber cette commande. INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

45. Les références bibliographiques Edition selon des styles (1) • EN fournit un grand nombre de styles (1100 v.7, 1200 v.9, 2035 v.X ) qui contrôlent le format des références lors des commandes suivantes: • Format bibliography : citations / texte + liste biblio (module CWYW) • File, Print : pour imprimer des références • Export : pour exporter des références • Show Preview et Copy Formatted : pour visualiser et exporter éventuellement dans un traitement de texte. • Les styles sont suffixés en .ens et enregistrés dans le répertoire EndNote>Styles. INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

46. Les références bibliographiques Edition selon des styles (2) Style actif :  Accès au gestionnaire de styles Liste des styles favoris Sous Edit > Output Style : • Style marqué = style actif • Liste des styles « favoris » • Accès au gestionnaire de styles : Open Style Manager. Accès par nom et par catégorie thématique. INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

47. Le gestionnaire de Styles Passage en édition du style sélectionné - Style info ou - Style preview : affichage du « rendu » du style Bouton Find : accès aux styles classés par rubriques thématiques INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

48. Les références bibliographiques Edition selon des styles (4) • Visualisation du « rendu » d’un style • En affichage de référence : Show Preview • Dans le gestionnaire de style : Style Preview • Application d’un style • Sélection d’un style • Sélection de références • puis Edit > Copy Formatted (ou Ctrle +K), • Résultats via : Print ou : Export ou : Copie vers traitement de texte INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

49. Savoir gérer sa baseManipuler les références - Corrections • Edit > Change Text • Permet de remplacer une chaîne de caractères par une autre dans l’ensemble des références affichées • vX : possibilité de rechercher/remplacer un RC, bouton « Insert Special » (insertion RC ou Tab) • References > Change and Move Field • Change Field : permet de changer le contenu d’un champ en insérant une chaîne de caractères avant, après, à la place du contenu ancien, ou de le supprimer. • Move Field : permet de déplacer le contenu d’un champ dans un autre champ de la même référence. • vX : bouton « Insert Special » (insertion RC ou Tab) • Suppression de références : • Sélection des références à éliminer • Edit > Clear ou References > Delete ou touche Supr INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

50. Savoir gérer sa baseManipuler les références - Tri Tri : par défaut : ordre alphabétique d’auteur • changer en cliquant sur l’intitulé du champ à trier sur la fenêtre principale • ou icône barre d’outils • ou Menu References > Sort References INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007