Gérer ses références bibliographiques avec EndNote

1. action pilote IST Agropolis Gérer ses références bibliographiques avec EndNote Dominique Fournier fournied@supagro.inra.fr 14 février 2008

2. Déroulement de la journée Matin 1généralités sur les logiciels de gestion bibliographique 2 prise en main du logiciel Endnote 3 typologie des références bibliographiques 4 alimentation d’une base Endnote 5 importation des références Après-midi 6 rédaction d’un document scientifique en intégrant des références bibliographiques 7 fonctions avancées (styles, term lists, openUrl, travelling library, …) 8 Zotero : une alternative à Endnote ? 14 février 2008

3. Généralités sur les logiciels de gestion de références bibliographiques

4. Le chercheur utilise et produit de l’information scientifique et technique … 14 février 2008

5. Gestion informatisée de vos références bibliographiques: quels avantages ? • Au niveau dustockageet dela gestion des références : facilités d’exploitation de gros corpus de références par la structuration en base de données • Au niveau de lapublication : récupération des références lors de l’écriture d’un texte, formatage automatique des références selon les normes d’écriture et conventions en vigueur ; saisie unique des données et choix d’un format d’édition • Au niveau dusuivi de la recherche documentaire : lien entre la recherche sur bases de données et la base personnelle • Automatisation = gain de temps et facilités d’exploitation du corpus de références 14 février 2008

6. Bases de données bibliographiques (portail Inra) Périodiques électroniques Autres sources Sources de données Bases bibliographiques personnelles Stockage pdf, URL Aide à la publication scientifique Edition de documents scientifiques avec liste bibliographique La gestion bibliographique dans le processus de recherche et de publication Enregistrement & gestion des références Gestion des documents en texte intégral 14 février 2008

7. Un logiciel de gestion bibliographique: pourquoi faire ? Conserver dans une base bibliographique les résultats de vos recherches documentaires Par import de références / Par saisie manuelle Retrouver facilement l’information en interrogeant ses bases bibliogain de temps considérable Gérer sa propre documentationréférences bibliographiques + documents associés aux références (articles pdf, fichier word, …) Editer des listes de références, « à la carte »en respectant les normes éditoriales (styles). Ecrire une publication en gagnant du tempscitations dans le texte et liste bibliographiquemodèles Word (Templates) Exporter ses données sous d ’autres formats(SQL, Excel, …) 14 février 2008

8. Panorama de l ’offre commerciale Les grands classiques : End Note Reference Manager Procite Thomson ISI http://thomsonisiresearchsoft.com/compare/ BibTex (lien avec LateX) Autres logiciels Biblioscape Bookends Plus (uniquement Macintosh)Bookwhere, Library Master, Papyrus Quelques logiciels libresBibus (groupe de travail Agropolis) : test 2007-2008Zotero (groupe de travail Agropolis) : formations prévues en 2008 14 février 2008

9. Caractéristiques d’EndNote

10. Vocabulaire de base Library Bibliothèque, base de données de références biblio Référence bibliographique identifiant unique : record number format d’enregistrement correspondent à 1 type de documents : Reference type (Journal article, book, book section, …) Informations spécifiques à un type de documents : champs (fields) Champs et styles saisie des informations dans des champs séparés édition « à la carte » selon un ordre et une mise en forme déterminés par le style bibliographique 14 février 2008

11. Caractéristiques d’EndNote Gestionde références biblio 32000 réf. / Bibliothèques (plus de limites à partir de v.8) Nbre illimité de bibliothèques Grille standard prédéfinie: des types de documents (bibliographiques + multimédia) des champs descriptifs (40-50 / type de document) 64 000 caractères / document (16 p.) Moteur de recherche: interrogation / champs tri, exportation, Création d’une bibliographie (CWYW) lien direct avec Word styles (instructions / revues)  1300 différents (version 9) + possibilité d’en créer des personnels Récupération de références bibliographiques : bases externes filtres de conversion (Filters) fichier de connexion(connection) 14 février 2008

12. (.enz) (.enf) (.ens) (.dot) Les fichiers et répertoiresdu logiciel EndNote Edit > Preferences… > Folder Locations 14 février 2008

13. Infos sur les versions plus récentes Attention ! Pas de « compatibilité descendante » / versions antérieures d’Endnote Restriction de compatibilité (OS, traitement de texte) Version 8 – 9 (et X) gestion du format unicode, taille des bases illimités, nouveaux types de références, nouveaux champs, gestion des préférences 14 février 2008

14. EndNote Web Express • Depuis décembre 2006, développement d’une version gratuite pour les utilisateurs du Web of Knowledge (INRA, IRD, CIRAD, CEMAGREF…) •  Version complètement intégrée à la plateforme ISI Web of Knowledge • - possibilité de sauvegarder jusqu’à 10 000 réf. • - plusieurs centaines de styles pour éditions • - compatible avec Endnote et Word • Nécessité de créer un Profil sur WOK • Accès direct surhttp://myendnoteweb.com • Présentation Audio :http://www.brainshark.com/brainshark/vu/view.asp?pi=908656274 14 février 2008

15. Liens utiles site officiel :http://www.endnote.com manuel EndNote7 (français - 55 p.): http://www.nantes.inra.fr/ aide-mémoire (2 pages): http://www.bordeaux.inra.fr/ Ce que l’on peut faire avec Endnote 7 (Cemagref 40 diapos) : http://ist.cemagref.fr/ FAQ Endnote (IRD) : http://www.mpl.ird.fr/documentation/ Supports de cette formation: http://www.montpellier.inra.fr/documentation/ >> Gérer sa bibliographie ou Adresses utiles 14 février 2008

16. Le logiciel EndNote sur le campus Inra Montpellier SupAgro • Version 6, 7, 9 et X (PC et Mac) • Inscription préalable auprès de l’UICformulaire à remplir en ligne • Installation (paramétrage du poste de travail + lien avec word) • W:\Biblio\EndNote7\Netsetup.exe Dans certains cas, fichiers .dll et .dot à copier dans le répertoire de démarrage de word (outils > options > répertoire par défaut) • Lancement de l’application • W:\Biblio\EndNote7\EndNote7.exe 14 février 2008

17. Prise en main d’EndNote

18. Fermeture (sauvegarde) Travail sur la librairie Paleo (exemple) W:\Biblio\Endnote7\Examples\Paleo.enl Ouverture - Fermeture - Personnalisation 14 février 2008

19. Description d’une bibliothèque W:\Biblio\Endnote7\Examples\Paleo.enl 14 février 2008

20. Nom de la référence (auteur, année, n°) Type de document Champs Navigation entre références Description d’une référence bibliographique 14 février 2008

21. Prévisualisation d’une référence bibliographique et notion de style Style Écran de prévisualisation d’une référence, mise en forme avec un style par défaut (ou préalablement sélectionné) Style: fichier spécifique à Endnote, contenant la nature des champs et leurs caractéristiques de mise en forme dans Word, pour obtenir une certaine présentation des citations et des références bibliographiques 14 février 2008

22. STYLES - compléments Pour sélectionner un style Select Another Style .. Ils sont localisés dans le répertoire W:/Biblio/Endnote7/Styles- 1012 styles dans la version 7 - 1383 styles dans la version 9Ils utilisent des modèlesqui déterminent pour chaque type de document quels champs sont utilisés, dans quel ordre et sous quelle forme Auteur (nom prénom), Année. Titre. Revue, volume, page. 14 février 2008

23. Exercice : Prévisualiser une référence bibliographique avec différents styles Écran de prévisualisation d’une référence, mise en forme avec un style par défaut (ou préalablement sélectionné) Author-Date Cell Nature Science Sélectionner dans le Style Manager les styles correspondant aux revues Cell, Science et NaturePrévisualiser une référence avec ces 3 styles différents 14 février 2008

24. Type de références Saisie manuelle Aide à la saisie Créer et alimenterune base de références

25. Create a new Endnote libraryOK Les fois suivantes : Open an existing EndNote libraryBrowse... Créer une bibliothèque ( = une librairie) Astuce + rapide : Cancel File Open Dans : C:\Bureau\Endnote Nom : formationType: EndNote Library (*.enl)Enregistrer 14 février 2008

26. References > New Reference Sélection du type de document Création d’une nouvelle référence 14 février 2008

27. Sélection d’un type de Reference : Reference Types Il existe 25 types de documents prédéfinis (34 dans version 9) possibilité d’en créer des nouveaux (3 Unused) Computer program Electronic source Audiovisual material Film or Braodcast Artwork Map Patent Hearing Bill Statute Case Figure Chart or table Equation Unused  Unused2 Computer program Electronic source Audiovisual material Film or Braodcast Artwork Map Patent Hearing Bill Statute Case Figure Chart or table Equation Unused  Unused2 Generic Journal Article Book Book section Manuscript Edited book Magazine article Newspaper article Conference proceeding Thesis Report Personnal communication Generic Journal Article Book Book section Manuscript Edited book Magazine article Newspaper article Conference proceeding Thesis Report Personnal communication 14 février 2008

28. Les types de documents et les champs correspondants Edit > Preferences … > Reference Type > Modify Reference Types … Chaque type de documents peut être décrit par 40 champs (51 dans version 9) Les champs d’informations disponibles varient en fonction du type de document choisi, mais on retrouve une certaine logique sur une même ligne (auteur, date, lieu = de colloque, de soutenance, d’édition, …) Ces modifications concernent la configuration d’Endnote sur votre ordinateur (ne sont pas attachées à la librairie !) Possibilité de tout modifier sauf le type Generic qui sert de référence pour la dénomination des champs (dans les menus de recherche, …) 14 février 2008

29. Principales règles de saisie manuelle 14 février 2008

30. Exercice : Saisie manuelle de références Ouvrir votre librairie formation.enl Saisir les différents types de documents proposés 14 février 2008

31. Aide à la saisie - Correction orthographe Endnote peut effectuer la vérification automatique d’orthographe d ’une notice ouverte Tools > Spell Check selon le dictionnaire choisi et la langue Edit >Preferences >Spell Check > Options 14 février 2008

32. Gestion des PDF avec EndNote

33. Lien vers un document numérique (URL, DOI) Information à renseigner dans le champ URL Si DOI: Dans le champ URL : http://dx.doi.org/… De + en + de revues demandent le DOI des articles cités dans la bibliographie.  mettre l’information dans un champ (exemple : Label) DOI : 10.1104/pp.103.029876 14 février 2008

34. Lien avec un document (fichier pdf) References Link To …. Select a file to link to the reference (URL, doc, pdf, xls, …)  Lien relatif ! Pour accéder au document attaché : References Open Link Ou clic-droit  Rque : Meilleure gestion des fichiers à partir de la version X 14 février 2008

35. Importer des références dans sa base EndNote

36. Importer des références Sources de références bibliographiques Méthodes : Connexion directe sur BDD Exportation directe depuis des BDD Importation de fichiers (filtres) 14 février 2008

37. A partir de quelles sources ?Par quelle méthode ? Fichier texte structuréFile Import : Tab delimited (Import option) faire précéder le type biblio par * (ex: *generic) et séparer les champs par <tab> attention : nécessité de préparer le document texte pour séparer les informations dans les champs . Bien estimer le coût-durée de la manip / saisie manuelle Base Endnote File Import : endnote Library (Filter) Sources externes périodiques électroniques, bases de données bibliographiques Import du fichier sauvegardé pour export vers un logiciel bibliographique > File Import : sélection du Filtre correspond à la source interrogée Téléchargement direct (Filtre & transfert automatique) Connection à la base de donnée à partir d’Endnote (Connexion) 14 février 2008

38. Tools Connect … Importer des références en se connectant directement à la BDD à partir d’Endnote Rechercher les publications 2007 des chercheurs INRA Montpellier en se connectant à PubMed à partir d’Endnote en utilisant fichier de connexion PubMed(NLM) 14 février 2008

39. File Import Importer des références par transfert de fichier Faire la recherche dans la base de données bibliographiques Sauvegarder les références dans un format lisible par Endnote (txt) Importer les références dans la base Endnote en utilisant un Filtre d’import 14 février 2008

40. Exemple : PubMed http://www.pubmed.com/ Recherche avancée Display Medline Send to File  pubmed-result.txt Importation sous EndNote avec le filtrePubMed(NLM) 14 février 2008

41. Importer des références automatiquement Comme les sites de périodiques, de nombreuses bases de données proposent l’export « automatique » des références vers Endnote (et/ou autres logiciels de gestion biblio) Exemple : portail Inra : toutes les bases du WOK à l’exception de CAB (import indirect + filtre Cab_Wok) 14 février 2008

42. Importer des références à partir de périodiques électroniques En général, l’export se fait de façon quasi-automatique à partir des sites des éditeurs 14 février 2008

43. Recherche dans ScienceDirect de 20 articles récents sur votre sujet de recherche http://www.sciencedirect.com 14 février 2008

44. Récupération des références à partir des BDD de la plateforme Inra 14 février 2008

45. Récupération des références à partir des BDD de la plateforme Inra (2) 14 février 2008

46. Récupération dans le Web of Science des 20 publications les + citées sur votre sujet de recherche Dispositif revelec > WOS > GENERAL SEARCH 14 février 2008

47. Autres sources … Tableau récapitulatif - Documentation / Inra Montpellier http://www.montpellier.inra.fr/documentation/importation_endnote.htm Biomed Central Agricola Google scholar Alertes e-mail à partir du WoS, … 14 février 2008

48. recherchetri copie impression Gestion des références bibliographiquesdans une base EndNote

49. 1 – opérations sur les références Recherche de doublons et suppression References Find Duplicates References > Delete References Suppression d’une référence References Delete references Visualisation de toutes les références References Show All 14 février 2008

50. Ctrl+1 Recherche dans une liste de termes Recherche multi-champs Opérateurs logiques entre champs (And, Or, Not)Pas d’opérateurs logiques à l’intérieur d’une case de rechercheplusieurs mots = expression Recherche sur l’ensemble / sous-ensemble des références (recherche précédente) Ajout possible de cases d’énoncés 2 - Recherche dans une librairie References > Search References Respect de la casse Sauvegarde du profil de recherche (Save)Rappel d’un profil précédemment sauvegardé (Load) 14 février 2008