1 / 17

Proteomika

Proteomika. zabývá se převážně hodnocením exprese genetické informace na úrovni bílkovin ( proteomem ) zkoumá též strukturu a interakce proteinů. >gi|288870250|ref|ZP_06409683.1| putative type II restriction-modification enzyme [Clostridium hathewayi DSM 13479]

jada-dickson
Download Presentation

Proteomika

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript

  1. Proteomika zabývá se převážně hodnocením exprese genetické informace na úrovni bílkovin (proteomem) zkoumá též strukturu a interakce proteinů

  2. >gi|288870250|ref|ZP_06409683.1| putative type II restriction-modification enzyme [Clostridium hathewayi DSM 13479] MDEKTFKLNAKIVREIVELLQAYKFRYEQKHEFLGNFFELLLNTSMKQEAGQFFTPVPITRFIISSLPLKEFVQGKINSRERNVLPTVMDYACGSGHFLTEYMEQLQHVLDEKLDISHAAPDIRKQVSAWQGAVKFAWAKDSVYGIDLDNRLVKTTKVSAFFNGDGEANIIWANGLANFEKAEEYRGLLRQTQHYDRKNNGQFDILISNPPYSVEAFKSTQYGEETFELYDNITDNSSEIECLFVERMKQLLKVGGWAGVILPSSILSNGGIYSKAREIIFKYFRVKAIVELGSGTMKTGTNTVVLFLERRSDNDVITIEKAISTFFSSPKDVTVMGIENAFSKYVANIYDGLAFDDYISFISGRASVAMQEHELYSDYIKAFGDDVYTKGIALEKEKMLYFFLTYTQNIVLVKTGKKQDEKTFLGYEFSERRGHEGIKRLPGGTKLFDENGDLLNPKKANSYIYNAFLGKEIVIDESLSHNVSYGRMSGFISYGTSKFDKAVNLSKKTTFTSSFPSVRLGELVQIIKGVTYSKEDQVYNETNNVILTADNITNSGDFDVVKKVFLRADLTIDGTKKLKQNDIFMCFSSGSKSHVGKSAYISYNTEYFAGGFMGVLRCKSEDVSMKYLWAILSSNQFRHIISQESTGININNLSANLADIKIPLPPLDVQKKIVAEIEEIDREESYIIEQVDALRYSILSAVKNGAAGEPLEKLGVVASYSQDRISCAELSSDTYVGVDNLLQNMEGKGSSQFVPKSGTAIAYSKGNILLSNIRPYLKKIWLADNDGGSSGDVLVLKMDDTKISSKYLYYLLATDEFFEYEMQHIKGVKMPRADKASVLNYNVPIPSLFKQQEIVAEIEKIESEITTRKMRLE LKKQKGKVLDKYL Peptidové mapování

  3. I. Štěpení proteinu(ů) (malá variabilita; volba enzymu, reakčních podmínek) 1. Chromatografické a elektroforetické metody II. Analýza vzniklých peptidových fragmentů (značná variabilita) 2. Hmotnostní spektrometrie na principu MALDI-TOF 3. Hmotnostní spektrometrie na principu LC-MS/MS

  4. Hmotnostní spektrometrie proteinů

  5. Hmotnostní spektrometrie MALDI-TOF Peptidové hmotnostní mapování (PMM – Peptide MassMapping) • soubor hmotností peptidových fragmentů vzniklých specifickým štěpením je pro daný protein charakteristický podobně jako otisk prstu pro člověka –proto též PMF (Peptide MassFingerprint) • identifikace proteinu porovnáním změřených hmotností peptidů s teoretickými hmotnostmi peptidů v databázi odvozené ze známé genové sekvence; • lze využít též pro detailní studium proteinů (modifikace proteinů, zjištění prostorové lokalizace určitých aminokyselinových zbytků)

  6. Hmotnostní spektrometrie LC-MS/MS LC-MS/MS informace o sekvenci peptidových fragmentů využití - v situacích, kdy není možné spolehlivě separovat proteiny před štěpením trypsinem (např. nelze 2 DE) Integrální membránové proteiny lokalizace mezi dvěma světy - komunikace významné x málo prostudované

  7. Kvantifikace proteinů pomocí hmotnostní spektrometrie

  8. Proč kvantifikovat? Znalost hladin proteinů => formulace biologických otázek Jak lze proteiny kvantifikovat? - přímo v gelu po jejich vizualizaci; podmínka – rozdělení proteinů (2 DE) -pomocí hmotnostní spektrometrie

  9. 2 DE STAV I. STAV II.

  10. NEVÝHODY 2 DE • Relativně značná technická náročnost • Nepoužitelnost pro: - silně hydrofobní membránové proteiny - analýzu proteinů v pevné fázi • Proč 2 DE vydržela tak dlouho?

  11. ICAT (Isotope Coded Afinity Tags)

  12. Kvantifikace proteinů s využitím iTRAQ

  13. Jednotlivé kroky iTRAQ specifické štěpení různých studovaných vzorků trypsinem označení jednotlivých vzorků různými značkami iTRAQ a následné smíchání vzorků frakcionace pomocí chromatografie na měničích iontů odstranění vedlejších produktů (ZipTip) analýza získaných frakcí pomocí LC-MS/MS identifikace a kvantifikace proteinů

  14. Část fragmentačního spektra obsahující pásy odpovídající signálním skupinám izobarických značek vzorků, v nichž byl poměr kvantit měřeného peptidu 1:1:1:1 (levá část obrázku) a 1:5:2:10 (pravá část obrázku). Převzato z Ross et al. 2004. ,

  15. Kvantifikace (gel-free approach) Kvantifikace (gel-free approach) Kvantifikace (gel-free approach) Rozpustné proteiny Rozpustné proteiny Membránové proteiny Membránové proteiny Membránové proteiny směs proteinů směs proteinů směs proteinů směs proteinů směs proteinů směs proteinů směs proteinů směs proteinů směs proteinů směs proteinů směs proteinů směs proteinů směs proteinů směs proteinů směs proteinů směs proteinů směs proteinů směs proteinů směs proteinů směs proteinů směs proteinů směs proteinů směs proteinů směs proteinů směs proteinů směs proteinů směs proteinů směs proteinů směs proteinů směs proteinů směs proteinů směs proteinů směs proteinů směs proteinů směs proteinů směs proteinů směs proteinů směs proteinů směs proteinů směs proteinů směs proteinů směs proteinů směs proteinů směs proteinů směs proteinů směs proteinů směs proteinů směs proteinů směs proteinů směs proteinů směs proteinů směs proteinů směs proteinů směs proteinů směs proteinů směs proteinů směs proteinů směs proteinů směs proteinů směs proteinů směs proteinů směs proteinů směs proteinů směs proteinů směs proteinů směs proteinů směs proteinů směs proteinů směs proteinů směs proteinů směs proteinů směs proteinů směs proteinů směs proteinů směs proteinů směs proteinů směs proteinů směs proteinů směs proteinů směs proteinů směs proteinů směs proteinů frakcionace - C4 frakcionace - C4 štěpení (trypsin) štěpení (trypsin) štěpení (trypsin) štěpení (trypsin) štěpení (trypsin) štěpení (trypsin) štěpení (trypsin) štěpení (trypsin) štěpení (trypsin) štěpení (trypsin) štěpení (trypsin) štěpení (trypsin) štěpení (trypsin) štěpení (trypsin) štěpení (trypsin) štěpení (trypsin) štěpení (trypsin) štěpení (trypsin) štěpení (trypsin) štěpení (trypsin) štěpení (trypsin) štěpení (trypsin) štěpení (trypsin) štěpení (trypsin) štěpení (trypsin) štěpení (trypsin) 2 DE 2 DE 2 DE 2 DE 2 DE 2 DE 2 DE 2 DE 2 DE 2 DE 2 DE 2 DE 2 DE 2 DE 2 DE 2 DE 2 DE 2 DE 2 DE 2 DE 2 DE 2 DE 2 DE 2 DE 2 DE 2 DE 2 DE 2 DE 2 DE 2 DE 2 DE frakcionace - C4 SDS-PAGE SDS-PAGE SDS-PAGE SDS-PAGE SDS-PAGE SDS-PAGE SDS-PAGE SDS-PAGE SDS-PAGE SDS-PAGE SDS-PAGE SDS-PAGE SDS-PAGE SDS-PAGE SDS-PAGE SDS-PAGE SDS-PAGE SDS-PAGE SDS-PAGE SDS-PAGE SDS-PAGE SDS-PAGE SDS-PAGE iTRAQ 1 iTRAQ 1 iTRAQ 1 iTRAQ 1 iTRAQ 1 iTRAQ 1 iTRAQ 1 iTRAQ 1 iTRAQ 1 iTRAQ 1 iTRAQ 1 iTRAQ 1 iTRAQ 1 iTRAQ 1 iTRAQ 2 iTRAQ 2 iTRAQ 2 iTRAQ 2 iTRAQ 2 iTRAQ 2 iTRAQ 2 iTRAQ 2 iTRAQ 2 iTRAQ 2 iTRAQ 2 iTRAQ 2 SDS-PAGE In gel digest (300) In gel digest (300) In gel digest (300) In gel digest (300) In gel digest (300) In gel digest (300) In gel digest (300) In gel digest (300) In gel digest (300) In gel digest (300) In gel digest (300) In gel digest (300) In gel digest (300) In gel digest (300) In gel digest (300) In gel digest (300) In gel digest (300) In gel digest (300) In gel digest (300) In gel digest (300) In gel digest (300) In gel digest (300) In gel digest (300) In gel digest (300) In gel digest (300) In gel digest (300) In gel digest (300) In gel digest (300) In gel digest (300) In gel digest (300) In gel digest (300) In gel digest (300) In gel digest (15-30) In gel digest (15-30) In gel digest (15-30) In gel digest (15-30) In gel digest (15-30) In gel digest (15-30) In gel digest (15-30) In gel digest (15-30) In gel digest (15-30) In gel digest (15-30) In gel digest (15-30) In gel digest (15-30) In gel digest (15-30) In gel digest (15-30) Smíchání Smíchání Smíchání Smíchání Smíchání Smíchání Smíchání Smíchání Smíchání Smíchání Smíchání Smíchání Smíchání frakcionace IEC frakcionace IEC frakcionace IEC frakcionace IEC frakcionace IEC frakcionace IEC frakcionace IEC frakcionace IEC frakcionace IEC frakcionace IEC frakcionace IEC frakcionace IEC frakcionace IEC MALDI/TOF MS (/MS) MALDI/TOF MS (/MS) MALDI/TOF MS (/MS) MALDI/TOF MS (/MS) MALDI/TOF MS (/MS) MALDI/TOF MS (/MS) MALDI/TOF MS (/MS) MALDI/TOF MS (/MS) MALDI/TOF MS (/MS) MALDI/TOF MS (/MS) MALDI/TOF MS (/MS) MALDI/TOF MS (/MS) MALDI/TOF MS (/MS) MALDI/TOF MS (/MS) MALDI/TOF MS (/MS) MALDI/TOF MS (/MS) MALDI/TOF MS (/MS) MALDI/TOF MS (/MS) MALDI/TOF MS (/MS) LC-MS/MS LC-MS/MS LC-MS/MS LC-MS/MS LC-MS/MS LC-MS/MS LC-MS/MS LC-MS/MS LC-MS/MS LC-MS/MS LC-MS/MS LC-MS/MS LC-MS/MS LC-MS/MS LC-MS/MS jednotlivých frakcí LC-MS/MS jednotlivých frakcí LC-MS/MS jednotlivých frakcí LC-MS/MS jednotlivých frakcí LC-MS/MS jednotlivých frakcí LC-MS/MS jednotlivých frakcí LC-MS/MS jednotlivých frakcí LC-MS/MS jednotlivých frakcí LC-MS/MS jednotlivých frakcí LC-MS/MS jednotlivých frakcí

More Related