Co studentům nabízí Ústav ZF - Mendeleum

1. Co studentům nabízí Ústav ZF - Mendeleum Kolektiv pracovníků Mendelea

2. Laboratoř MOLEKULÁRNÍ GENETIKY • Laboratoř IN VITRO • TECHNICKÝ IZOLÁT • Laboratoř APLIKOVANÉ VIROLOGIE

3. Laboratoř MOLEKULÁRNÍ GENETIKY Termockler pro Real Time - PCR termocyklery Kalibrační křivka pro kvantifikaci neznámé DNA

4. Genetický analyzátor - Transkripční profil - Sekvenace

5. Termocyklery, Florometr Mikropipety Analyzátor suspenzí (buňky, zákaly – velikost, počet) Horizontální elektroforéza • Identifikace odrůd a klonů na • základě jejich DNA profilů • Analýzy příbuznosti mezi odrůdami • Studium epigenetických změn v souvislosti se stresem; studium exprese genů • Identifikace a kvantifikace cílových sekvencí (GMO, viry popř. další choroby rostlin)

6. Hlubokomrazicí box -80°C Termokomora Centrifuga Box pro práci s RNA Fastprep, Vakuová odparka

7. Laboratoř IN VITRO • Ozdravování rostlin in vitro (chemoterapie, termoterapie) • Množení certifikovaných podnoží ovocných dřevin in vitro (GF 677, GF 305) • Převody rostlin do nesterilních podmínek • Kontakt: Ing. Břetislav Křižan Ph.D. Bretislav.Krizan@seznam.cz Kalusové kultury na třepačce Váhy Profimyčka

8. Preparace meristému česneku Česnek před odběrem meristému Regenerace rostlin z nodálních segmentů Foto B. Křižan Celkový pohled do kultivační místnosti Česnek regenerovaný z meristému

9. Regenerace GF 305-podnož broskvoní • Multiplikační médium • Zakořeňovací médium Multiplikace - Aronia melanocarpa Regenerace révy vinné z kalusových kultur

10. TECHNICKÝ IZOLÁT Laboratoř APLIKOVANÉ VIROLOGIE Účelem technického izolátu v Lednici je: • Získávání a produkce certifikovaného viruprostého rozmnožovacího materiálu révy vinné a teplomilných peckovin pro prostorové izoláty v celé ČR • Udržování zdravých matečných rostlin • V laboratoři aplikované virologie se proto provádí testování rostlin na viry metodou ELISA

11. Analýza fytoplazmy metodou PCR • Pro technický izolát se provádí molekulární detekce virů a fytoplazem na révě a teplomilných peckovinách Stolbur na révě Foto V. Holleinová Svinutka na révě Foto V. Holleinová Analýza svinutky metodou RT-PCR

12. Laboratoř ELISA Promývačka Spektrofotometr Digestoř Homogenizér Pozitivní vzorky na mikrotitrační desce

13. Technický izolát - Lednice Technický izolát Foto M. Adam a V. Holleinová

14. Seznámit se s prací v těchto laboratořích a naučit se ji můžete, když: budete studovat navazující magisterské studium: • Program: N-ZI Zahradnické inženýrství • Obor: Řízení zahradnických technologií • Modul: Zahradnické biotechnologie

16. MOŽNOSTI VÝBĚRU • Modul: jakost rostlinných potravinových zdrojů • Modul: vinohradnictví a vinařství • Modul zahradnických biotechnologií http://www.zf.mendelu.cz/cz/studium/studijni_plany

20. Molekulární genetika eukaryot • Přednášky: Základy genetiky eukaryot, regulace genové exprese, molekulární mechanizmy přenosu signálů • Cvičení: • - Izolace DNA z rostlinných pletiv • - Izolace DNA z lidské bukální sliznice • - Analýza rostlinné DNA pomocí RAPD • - Analýza lidské DNA (fingerprinting pomocí standardního kitu) Ukázka RAPD profilu

21. Základy funkční genomiky • Struktura a organizace jaderného genomu - typy sekvencí a jejich uspořádání v genomu, submukroskopická struktura genomu a její souvislost s funkcí, mechanizmy změn velikosti a struktury genomu, metody studia velikosti a struktury genomu. • Funkce genomu • Mimojaderné genofory - struktura a funkce mitochondriového a chloroplastového genoforu, interakce jaderného a mimojaderných genomů. • Variabilita a nestabilita genomu • Metody studia genomu: sekvenační strategie, genové knihovny, reverzní genetika, analýzy proteomu a metabolomu • Evoluce genomu; komparativní genomika prokaryot a eukaryot; souvislost makroevoluce a molekulární evoluce.

22. Pokročilé biometrické metody • Předmět navazuje na základní znalosti získané v předmětu "Biometrika" případně "Statistika" na bakalářském stupni. • V rámci předmětu Pokročilé biometrické metody budou studenti seznámeni se základy pokročilých vícerozměrných metod. • V předmětu se studenti seznámí s praktickou aplikací širokého spektra vícerozměrných metod (vícerozměrná regrese, shluková analýza a další) v biologických vědních disciplínách.

23. Molekulární metody ve šlechtění rostlin • Přínos molekulárních metod pro šlechtění rostlin, oblasti možných aplikací molekulárních metod, návaznost na klasické šlechtitelské programy. Cvičení: • základní principy fungování PCR • Real-time PCR ; základy měření výtěžku amplifikace a kvantifikace cílového templátu DNA • využití DNA markerů při hodnocení genetické diverzity a identifikaci odrůd • principy a rozdíly při praktických aplikacích nejčastěji používaných metod – RAPD, SSR a AFLP

24. Aplikované biotechnologie • Cílem předmětu je na teoretické úrovni představit studentům nejpoužívanější praktické aplikace biotechnologických metod spolu s výraznými novými trendy v biotechnologiích, a to i mimo obor zahradnictví. • V rámci cvičení se pak posluchači prostřednictvím praktických úloh seznámí s moderními přístroji využívanými v biotechnologických laboratořích. Program cvičení: • Sekvencování neznámého DNA templátu a jeho identifikace na základě porovnání získané sekvence s veřejnými databázemi (4 hod.) • In silico návrhy podmínek pro PCR a Real Time PCR na vybrané úseky DNA (4 hod.) • Sledování exprese vybraných genů révy vinné pomocí Real Time PCR (4 hod.).

25. Bioinformatika • Vědní obor na pomezí biologie a informatiky. • Důraz je kladen na oblast databází z obecného hlediska a z hlediska molekulárně genetických databází. • Využití dostupných on-line databází. • analýzy získaných dat • interpretaci modelových biologických procesů

26. Aplikované techniky in vitro v zahradnictví • Mikropropagace zahradnických druhů rostlin spadajících do rodů (Prunus, Pyrus, Vaccinium, Rubus, Vitis, Actinidia, Rododendron, Syringa, Allium, a dalších). • Multiplikace, zakořeňování, otužování, převody do nesterilních podmínek, mikroroubování (Prunus, Vitis), afinita. • Ozdravování rostlin, termoterapie (Prunus, Vitis), chemoterapie, izolace meristému (Allium), kultivace meristémů • Kalusové a suspenzní kultury, iniciace kalogeneze. V rámci cvičení je plánována odborná exkurse (Itálie) na pracoviště Vivai Piante Battistini s roční produkcí více než 5 mil. rostlin ovocných druhů.

27. Symptomatologie a aplikovaná virologie • Cílem - rozšíření všeobecných znalostí ze zahradnické fytopatologie - praktické poznatky se zaměřením na symptomatiku, determinaci původců chorob a příčin poruch rostlin • Praktická cvičení budou zaměřena na polní diagnostiku patogenů a diagnostiku na biologických indikátorech. • Laboratorní cvičení budou orientována hlavně na detekci virů a fytoplazem pomocí imunoenzymatických metod (ELISA) a molekulárních metod (RT-PCR, Real-time RT-PCR). • Posluchači budou seznámeni s technickým izolátem v Lednici a v rámci exkurze navštíví i další technické a prostorové izoláty a diagnostická pracoviště v ČR.

28. Pro studium těchto předmětů byla pro Vás na Mendeleu vybudována nová laboratoř s moderním vybavením.

29. Centrifuga, termocykler, orbitální třepačka Učebna

30. Kultivační komora Fotokomora, Horizontální elekroforézy, Analytická váha Mikrobiologický bezpečnostní box

31. Minimální počet studentů pro otevření modulu je 6. • Cvičení bude probíhat v již zmiňované laboratoři maximálně po 12 studentech. • Tento počet studentů umožňuje individuální přístup a Vám vše si vlastnoručně vyzkoušet.

32. Vaše možné budoucí uplatnění v praxi • SRS–Státní rostlinolékařská správa • ÚKZÚZ–Ústřední kontrolní a zkušební ústav zemědělský • Firmy uplatňující In vitro množení • Šlechtitelské stanice • Semenářské firmy • Manažeři prodeje - vybavení a spotřebního materiálu biotechnologických laboratoří • Diagnostické a analytické laboratoře • Výzkumné ústavy • Česká zemědělská a potravinářská inspekce • Práce v oboru fytopatologie

33. Děkuji za pozornost. Těšíme se na Vaše dotazy a v případě zájmu Vás rádi provedeme našimi laboratořemi.