The objective of the research

1. Extracellular nucleic acids from blood and their using for noninvasive diagnostics and monitoring of cancer PhDTamkovich S.N. GrantY4-B-08-13 REC-008 Novosibirsk State University Institute of Chemical Biology and Fundamental Medicine SB RAS Intrainstitute Center of DNA Sequencing SB RAS The objective of the research istheinvestigation of features of tumor-specific gene alterations circulation on the whole extracellular nucleic acids and search of new DNA-markers in blood cancer patients plasma and cell-surface-bound extracellular nucleic acids.

2. The characterization of circulating DNA from blood plasma of healthy donors and breast cancer patients The experiment strategy: The isolation of plasma DNA from blood The hydrolysis of plasma DNA by EcoRI и Bsp143I The ligation of plasma DNA into pBlueScript II KS(-) as vector:insert= 500 ng : 50 ng The transformation of XL-Blue E. coli by electroporation The selection of white colonies and screening by PCR The production and isolation of plasmid recombinant DNA The sequencing and analysis of cloned DNA fragmentsby BLAST server (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/)

3. Chromosome localization of circulating DNA Healthy female Breast cancer patients

4. Sequence analysis Breast cancer patients Healthy female • Identified sequences in blood of breast cancer patients: • Repetitive elements - • Alu, LTR, (CAG)n, L1, THE, MST, MIR • Genes, associated with breast cancer - • GSTA1, ANKRD6, ZNF217, DKFZp566C0424

5. RESULT: Sequence analysis revealed that the number of circulating DNA fragments does not depend from the size of paternal chromosome both in normal and pathological state. Fragments from chromosome six were found in the healthy female bloodstream more frequently. BLAST analysis demonstrates that 10% of coding DNA fragments circulating in blood of the breast cancer patients is associated with development of this pathology. Moreover, in breast cancer patients blood frequency of genes, pseudogenes and CpG islands was below that in healthy female blood. The unidentified sequences of human genome and repetitive elements in health are presented loss frequently then in disease. Participation at the conference and courses for young scientists: • 25/06/-02/07/2004 – Main FEBS Congress (Poland, Warsaw) • 07/2005 – FEBS advanced course “Chemistry for Biology” (Greece, Island Spetses) • 22/09/-30/09/2006 – FEBS advanced course «Microarray and genosensor techniques in biomedical applications» (Czech Republic, Prague) • 05/03/2007-08/03/2007 - 11th CIMO winter school «Current challenges in health research: from molecules to epidemiology» (Finland, Tvärminne) • 21/05-26/05/2007 - FEBS Advanced Lecture Course «Matrix Pathobiology, Signaling and Molecular Targets» (Greece, Patras) • 05/05/2010 – 08/05/2010 – EMBO IMPAKT: Breast cancer Conference (Belgium, Brussels)

6. Project financing: • 2002 – стипендия для талантливых студентов CRDF REC-008 • 2004 – стипендия губернатора Новосибирской области для талантливых аспирантов высших учебных заведений • 2004 – стипендия Правительства Германии для молодых ученых DAAD • 2006-2008 - грант CRDF для молодых ученых • 2011 г – муниципальный грант г. Новосибирска по теме «Малоинвазивная диагностика ранних стадий и рецидивов опухолей молочной железы» • Грант Президента РФ 2008-2009 гг • Nucleotides, Nucleosides and Nucleic acids – 2004 – IF = 1.13 • Annals New York Academy of Science – 2004, 2006, 2008 – IF =2.67 • Clinical Chemistry – 2005 – IF = 6.26 • British Journal Cancer - 2006 – IF = 4.35 • Annals of Oncology – 2010 – IF = 3.2 28 articles, 6 Russian patents, 1 European patent, citation = 203, h = 7 Main publications:

7. Awards: 2005 – лауреат конкурса «Лучшие аспиранты РАН» 2008, 2009 - лауреат конкурса «Лучшие молодые ученые РАН» от Фонда содействия отечественной науке 2009 г - Премия администрации Новосибирской области молодым ученым – победителям конкурса, посвященного 85-летию академика РАМН Казначеева В.П. 2010 г – Лауреат конкурса «Женщины в науке-2010» UNESCO,L’Oreal, РАН 2010 г - Диплом II степени от администрации Новосибирской области молодым ученым за цикл работ «Циркулирующие нуклеиновые кислоты крови в диагностике онкологических заболеваний» Награждена почетным дипломом "Достояние Сибири" в номинации "наука и образование" за вклад в развитие сибирской науки (2007 г) Награждена дипломом I степени и премией за лучший устный доклад на конференции "Фундаментальные науки - медицине" (2007 г) Награждена дипломом III степени и ценным подарком за лучший устный доклад на конференции "Актуальные вопросы экспериментальной и клинической онкологии" (2007 г) Награждена дипломом II степени и ценным подарком за лучший стендовый доклад на конференции CRDF (2007 г). "Лучший бизнес-план на практикуме по коммерциализации технологий", Владивосток, май 2010 Зворыгинская премия в номинации «Инновационный проект 2010» Награждена почетной грамотой за вклад в развитие науки г. Новосибирска (2011 г)

8. Зворыгинская премия в номинации «Инновационный проект 2010»

9. Natural sources of exDNA Internal External Necrosis and Apoptosis of normal or tumor cell Secretion by normal and (or) tumor cell Pregnancy Bacteria DNA / RNA viruses Food Circulation Specific sequences Targets Viral NA Microsatellite instability Mutations mRNA HIV RNA Fetal DNA LOH Quantitation Promoter methylation hTERT K-Ras Normal XY XX (TA)5 (TA)2 Cancer