1 / 22

Sodobni pogled na drevo življenja: mikrobiologova zgodba Contemporary view of a tree of life:

Sodobni pogled na drevo življenja: mikrobiologova zgodba Contemporary view of a tree of life: the microbiologist’s tale Gorazd Avguštin Univerza v Ljubljani, Biotehniška fakulteta, Oddelek za Zootehniko, Katedra za mikrobiologijo in mikrobno biotehnologijo, Groblje 3, 1230 Domžale

jorjanna-gomez
Download Presentation

Sodobni pogled na drevo življenja: mikrobiologova zgodba Contemporary view of a tree of life:

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript

  1. Sodobni pogled na drevo življenja: mikrobiologova zgodba Contemporary view of a tree of life: the microbiologist’s tale Gorazd Avguštin Univerza v Ljubljani, Biotehniška fakulteta, Oddelek za Zootehniko, Katedra za mikrobiologijo in mikrobno biotehnologijo, Groblje 3, 1230 Domžale e-naslov: gorazd.avgustin@bfro.uni-lj.si

  2. A: drevo življenja, kot ga je narisal von Haeckel leta 1866 Monera

  3. B. B: drevo življenja, kot je narisano v večini modernih bioloških in mikrobioloških visokošolskih učbenikov

  4. Koncept vrste (species) in debla (phylum) v mikrobiologiji Biološki koncept vrste vs. filofenetski koncept vrste

  5. okolje mutacije & genetske rekombinacije genetska informacija Biološka raznovrstnost - fiziološka, morfološka, ekološka

  6. Molekularni kronometri (markerji) v mikrobni taksonomiji 16S rRNK 23S rRNK β-podenota ATPaze Elongacijski faktor Tu

  7. Predlagani koncept prokariontske vrste (filofenetski koncept): “vrsta je monofiletsko in genomsko skladna gruča individualnih organizmov, ki izkazujejo visoko stopnjo podobnosti v številnih neodvisnih značilnostih in jo lahko prepoznamo po diskriminativni fenotipski lastnosti”. Arbitrarne meje: ● 97% identitete 16S rRNK ● 70% DNK:DNK homologija ● ΔG+C < 5 mol% “mikrobna vrsta”

  8. Useful culture dependent and culture independent methods. ● RFLP restriction fragment length polymorphism ● ARDRA ampliWed rDNA restriction analysis, ● DGGE denaturing gradient gel electrophoresis ● TGGE temperature gradient gel electrophoresis, ● SSCP single-stranded conformation polymorphism ● FISH Xuorescence in situ hybridization

  9. Scheme of construction and screening of environmental metagenomic libraries

  10. Microbial diversity in the deep sea and the underexplored ‘‘rare biosphere’’ Sogin et al., PNAS, 2006, 103(32): 12115-12120.

  11. C. C: drevo življenja, kot ga prikazuje specializirano spletno orodje iTOL, ki vključuje tudi sekvence, pridobljene neposredno iz okoljskih vzorcev, torej brez osamitve in gojenja mikroorganizmov. http://itol.embl.de/

  12. Eukaryota

  13. Archaea

  14. Bacteria

  15. Bo Barker Jørgensen and Antje Boetius. Nature Microbiology Reviews, 2007,5:770-781

More Related