1 / 57

Corvallis, OREGON ABD 28 Aralık 2007-28 Şubat 2008

Ilıman İklim Meyve Türlerinde Çeşit ve Tiplerinin Moleküler Tekniklerle Karakterizasyonu Arzu SEZER Fındık Araştırma Enstitüsü Giresun. Corvallis, OREGON ABD 28 Aralık 2007-28 Şubat 2008. Department of Horticulture. Prof.Dr. Shawn MEHLENBACHER (Fındık Islah ve Genetiktisi).

lacey
Download Presentation

Corvallis, OREGON ABD 28 Aralık 2007-28 Şubat 2008

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript

  1. Ilıman İklim Meyve Türlerinde Çeşit ve Tiplerinin Moleküler Tekniklerle Karakterizasyonu Arzu SEZERFındık Araştırma EnstitüsüGiresun

  2. Corvallis, OREGONABD28 Aralık 2007-28 Şubat 2008

  3. Department of Horticulture Prof.Dr. Shawn MEHLENBACHER (Fındık Islah ve Genetiktisi)

  4. National Clonal Germplasm Repository Dr. Nahla BASSIL (Moleküler Genetikçi))

  5. OSU Fındık Islah Programı • Amaç: • “Eastern filbert blight”’a dayanıklı çeşitler • İç fındık market taleplerine uygun çeşitler • Kozalak akarına dayanıklılık • Orta büyüklük, yuvarlak şekil • Yüksek iç yüzdesi • Erken verime yatma ve yüksek verim • Kolay beyazlama özelliği • Az kusur (boş, küflü, ikiz vs.) • Erken olgunlaşma • Kendiliğinden dökülen meyve • EFB’a dayanıklı süs bitkisi olarak çeşitler

  6. OSU Fındık Islah Programı • Her yıl: • 40 melezleme • 100’er fidan (toplam 4000 adet/yıl) • 7.yılda 20 adet ağaç • 8.yılda en iyi seleksiyonlarla proses yeniden başlıyor.

  7. OSU Fındık Islah Programı: • 6 yeni çeşit • 8 tozlayıcı • 2 süs bitkisi

  8. The National Clonal Germplasm Repository • Gen bankası • Ilıman İklim Meyveleri • Sert kabuklu Meyveler • Diğer Ürünler

  9. National Clonal Germplasm Repository • İn vivokoleksiyon: • 670 fındık ağacı • 37 farklı ülkeden • 355 çeşit • 19 Corylustürü İn vitroda orta vadede saklama Cryopreservation ile uzun süreli saklama

  10. Moleküler Yöntemler • Mikrosatellit DNA (SSR) markırları • ABD fındık koleksiyonundaki bazı örneklerin parmakizi analizi • AFLP yöntemi • Bazı böğürtlen çeşitlerinin karşılaştırılması

  11. Moleküler Yöntemler (Moleküler Markırlar) Genetik Kaynak Yönetiminde • Çeşitlerin tanımlanması • Farklılıkların değerlendirilmesi • Duplikasyonların giderilmesi Islah Programlarında • MAS - Marker-assisted selection (Markır Destekli Seleksiyon) • Haritalama

  12. Yöntem Seçimi A. DNA dizisi biliniyorsa SSRs (Simple Sequence Repeat Markers) Microsatellite Markers = Basit Dizi Tekrarları B. DNA dizisi hakkında bilgi yoksa RAPD (Random Amplified Polymorphic Markers) = Rastgele oligonükleotid primerleri ile çoğaltılmış polimorfik DNA AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphisms) =Çoğaltılmış parça uzunluğu polimorfizmi

  13. 130 132 125 140 Moleküler Analiz Basamakları (1) Örneklerin toplanması (2) DNA Ekstraksiyonu (3) PCR (4) Electrophoresis agarose gel elecrophoresis-capillary elecrophoresis (5) Marker Analizi

  14. (1) Örneklerin toplanması

  15. (2) DNA Ekstraksiyonu 1-Genç dokulardan 2-Puregene kit (Gentra Systems) protokol (2 x 96 örnek) 3-DNA konsantrasyonunun ölçümü ( VICTOR V multilabel plate reader (Perkin Elmer) 4-İstenen konsantrasyonun ayarlanması

  16. Doku ezici Mixer Mill 301

  17. 3- PCR

  18. kromozom çekirdek Çift sarmal DNA molekülü PCR için hedef bölge nükleotidler DNA

  19. 5’ 3’ 5’ 3’ Kalıp DNA 3’ 5’ 3’ 5’ İplikciklerin ayrılması (denaturasyon) Forward primer 5’ 3’ 3’ 5’ 5’ 3’ 5’ 3’ Kopyaların oluşması (extend primers) Reverse primer Primerlerin ilavesi (annealing)) PCR ile DNA Çoğaltımı 32 döngüde 1.07 milyonkopya

  20. PCR komponentleri • Steril deionize su • 10X PCR buffer • dNTP mix • Primer • Taq DNA polymerase • MgCl2 • DNA

  21. (4) Electrophoresis •Agarose gel electrophoresis (Ethidium Bromidele boyama ve UV görüntüleme) • Acrylamide gels (gümüş nitrat veya radyoizotop kullanarak) • Otomatik sequencer’da capillary electrophoresis (floresan etiketli primerler kullanarak)

  22. (5) Marker Analizi

  23. CEQ™ 8000 Genetic Analysis System

  24. Fluorescently labeled run on capillary DNA “Sequencer”

  25. Fragment Analizi

  26. Simple Sequence Repeats (SSRs) Mikrosatellitler? 1-6 bp nucleotid tekrarları . (GAAG)12

  27. SSRs-Mikrosatellitler AT10 240 bp AT10AT14 240 bp 248 bp AT14 248 bp

  28. SSR Marker Geliştirme Mikrosatellit kaynaklarının tespiti (kütüphaneler, GenBank) Microsatellit Belirleme (SSRIT, BLAST, …) Primer3 kullanarak primer dizaynı Gradient PCR (Ta) Polymorpfizmin taranması (agarose) Fragment analizi(floresan forward primerler kullanarak)

  29. A B İki SSR lokusuna göre iki çeşit arasındaki farklılığın fragment analizinde gözlenmesi

  30. Genetik Parmakizi

  31. SSRs Avantajları: Ko-dominant ve locus-specific markırlar Yüksek oranda polimorfik Genomda bol sayıda ve rastgele dağılmışlardır Laboratuarlar arasında paylaşımı kolaydır Yüksek genotiping özelliği Dezavantajları: İlk Markır geliştirme pahalı ve çok zaman alıcıdır Taxa-spesifik

  32. SSRs • Uygulama Çalışması

  33. USDA National Clonal Germplasm Repository • İn vivokoleksiyon: • 670 fındık ağacı • 37 farklı ülkeden • 355 çeşit • 19 Corylustürü • İn vitroda orta vadede saklama • Cryopreservation ile uzun süreli saklama

  34. Yedek Corylus Koleksiyonu (Parlier, CALIFORNIA) • 1996-1997’de Parlier, California’da yedek Corylus koleksiyonu • Koleksiyonu Eastern Filbert Blight (EFB)’a karşı korumak amacıyla • 184 örnek

  35. Problemler! Corvallis Ana Koleksiyon:Kendinden köklü ağaçlar Parlier YedekKoleksiyon:Aşılı ağaçlar 29 yedek koleksiyon ağacı atipik veyakarışıkmorfolojide

  36. Amaç İki koleksiyondaki DNA’ların SSR’lar ile karşılaştırılması 12 SSR’lık parmakizi analiz setinin test edilmesi 29 örneğin tanımlanmasını güncellemek

  37. Fingerprinting Set

  38. Genetik Parmakizi

  39. Closca Molla P Closca Molla C TGDL P TGDL C Artellet P2 Artellet P1 Artellet C Louisen Zell P Louisen Zell C Pallagrossa P Pallagrossa C Kunzemuller Zell P Kunzemuller Zell C Tonda Bianca C Kruse P Kruse C Butler P Butler C Royal P Royal C Freehusker P Freehusker C Cosford P Cosford C Istrska Okrogloplodna P Istrska Okrogloplodna C Tonda di Giffoni P Tonda di Giffoni C Tombul Ghiaghli P Garibaldi P Garibaldi C C.hyb. NY104 P C.hyb. NY104 C Gasaway P Gasaway C Dundee P Dundee C Morrisoka P Morrisoka C Laroka P Laroka C C.hyb. Chinese Trazel J1 P C.hyb. Chinese Trazel J1 C Tonda Bianca P Negret P1 Negret C Grifoll P Grifoll C SantJ aume P Sant Jaume C Negret P2 Tonda Romana P Tonda Romana C Tombul Ghiaghli C Bulgaria XI8 P Bulgaria XI8C 0.1 Cluster Analysis, PowerMarker Yanlış etiketlenmiş ağaçlar: ‘Tonda Bianca’ ‘Tombul Ghiaghli’ ‘Negret’

  40. SSR Fingerprinting Panel Verifies Tree Identities in Backup USDA Hazelnut Genebank Nahla Bassil1, J. Postman1, K. Hummer1, M. Botu2 and A. Sezer3 1USDA-ARS, NCGR, Corvallis, OR 2Fruit Growing Research & Extension Station, Valcea, ROMANIA 3Hazelnut Research Institute, Giresun, TURKEY

  41. RAPD (Random Amplified Polymorphic Markers) DNA İzolasyonu 10 bp’lık primerlerle PCR Agarose gelde ayrım UV transilluminator ile görüntüleme

  42. RAPD Marker • Avantajları • Basit PCR • Düşük Maliyet • Universal primerler Dezavantajları Düşük tekrarlanabilirlik

  43. AFLP Prosedür: - Restriksiyon-Digestion - Adaptor Ligation - Amplification - Electrophoresis

  44. Restriksiyon-Digestion Adaptor Ligation Amplification Electrophoresis

  45. AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphisms) =Çoğaltılmış parça uzunluğu polimorfizmi

More Related