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Modélisation moléculaire

Modélisation moléculaire. Les outils de la librairie de molécules. Un bref historique. 1989 : RasMol 1998 : Chime 2002 : RasTop 2004 : Librairie de molécules 2005 : Jmol remplace Chime dans la librairie 2007 : MinUSc et fichiers CIF

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Presentation Transcript

  1. Modélisation moléculaire Les outils de la librairie de molécules

  2. Un bref historique • 1989 : RasMol • 1998 : Chime • 2002 : RasTop • 2004 : Librairie de molécules • 2005 : Jmolremplace Chime dans la librairie • 2007 : MinUSc et fichiers CIF • 2010 : Librairie interactive (clé concours) • 2012 : Scribmol (construction de molécules)

  3. Quelles nouveautés ? • Types de données utilisables et donc objets étudiables • Traitements applicables aux molécules • Ergonomie des outils, conception des logiciels (interface Homme/Machine)

  4. Utiliser de nouvelles données • Nouvelles déterminations (veille scientifique) • Structures minérales • « Petites » molécules • Cryo-microscopie électronique 3D • Conservation de séquences et autres annotations (domaines, localisation des membranes…)

  5. Réaliser de nouveaux traitements • Superposer automatiquement des modèles • Démonter des modèles • Calculer des surfaces • Déterminer les interactions non covalentes (hydrophobes,…)

  6. Ergonomie et interfaces • Visualiser les actions de l’utilisateur : sélection, survol d’un résidu, calcul en cours • Conserver le travail réalisé : cacher au lieu de restreindre • Garder le sens de l’orientation : centrer les rotations sur l’affichage • Donner du sens : informer sur la signification des représentations (légendes, informations)

  7. L’informatique dans le nuage • Les applications sont disponibles en ligne : pas d’installation, utilisation hors les murs possible • Les données utilisables et le travail réalisé sont stockés sur le serveur. Pas de manipulation de fichiers. • Les documents sont échangeables entre utilisateurs • Les statistiques informent en direct sur les usages

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