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生物計算 Computational Biology

生物計算 Computational Biology. 暨南大學資訊工程系 黃光璿 (Guan-Shieng Huang) 2005/02/21. 課程資訊 Information. 時間：星期一下午 2:00 ~ 5:00 地點：科三 119 先修課程 ：演算法 授課對象：大學部三年級以上同學. 老師辦公室：科三 314 分機 4703 助教：吳明峰 科三 106 分機 4708. 對於課程的要求. 考試不作弊 不抄襲作業 不遲交作業. 評量方式. 修課人數 <20 每章習題 60% ＋程式作業 20% ＋平常成績 20%

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  1. 生物計算Computational Biology 暨南大學資訊工程系 黃光璿 (Guan-Shieng Huang) 2005/02/21

  2. 課程資訊 Information • 時間：星期一下午 2:00 ~ 5:00 • 地點：科三 119 • 先修課程 ：演算法 • 授課對象：大學部三年級以上同學

  3. 老師辦公室：科三 314 分機 4703 • 助教：吳明峰 科三 106 分機 4708

  4. 對於課程的要求 • 考試不作弊 • 不抄襲作業 • 不遲交作業

  5. 評量方式 • 修課人數<20 • 每章習題60%＋程式作業20%＋平常成績20% • 修課人數≧20 • 期中期末考60%＋程式作業20%＋平常成績20% • 程式作業：C/C++, C#, java

  6. 課本 Text Book • An Introduction to Bioinformatics Algorithms, by N. C. Jones and P. A. Pevzner, MIT Press, 2004. 開發書局代理, 02-8242-3988 • 投影片 • http://www.bioalgorithms.info

  7. 課程大綱 Outline of the Course • Review of algorithms and complexity • Molecular biology primer • Exhaustive search • Dynamic programming algorithms • Divide-and-conquer algorithms • Graph algorithms • Combinatorial pattern matching • Clustering and trees • Hidden Markov models • Randomized algorithms

  8. 課程進度 • 2/21 • 第一章: Introduction • 第二章: Algorithms and Complexity • 3/7, 3/14 • 第三章: Molecular Biology Primer • 3/21, 3/28 • 第四章: Exhaustive Search

  9. 4/11 • 第五章: Greedy Algorithms • 4/18 • 期中考 • 4/25, 5/2 • 第六章: Dynamic Programming Algorithms • 5/9 • 第七章: Divide-and-Conquer Algorithms

  10. 5/16, 5/23 • 第八章: Graph Algorithms • 5/30, 6/6 • 第九章: Combinatorial Pattern Matching • 6/13, 6/20 • 第十章: Clustering and Trees • 6/27 • 期末考

  11. If (人數<20) • 第十一章: Hidden Markov Models • 第十二章: Randomized Algorithms

  12. Note • 課程安排與畢業典禮(6/4)無關 • 如有抄襲行為發生, 必定嚴厲處分

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