Weryfikacja predykcji mitochondrialnej lokalizacji białek związanych z metabolizmem RNA

1. Weryfikacja predykcji mitochondrialnej lokalizacji białek związanych z metabolizmem RNA

2. Weryfikacja predykcji mitochondrialnej lokalizacji białek związanych z metabolizmem RNA W projekcie analizowane będą następujące białka: Q9UNV9 Putative RNA helicase Q9NV06(Q8NCH8) WD repeat and SOF domain-containing protein 1 Q6P2J3(Q5W093) Hypothetical protein (PDCD11 protein) Q6ZSJ2 (Q96FR9) CDNA FLJ45480 fis, clone BRTHA2001304 A8K979 cDNA FLJ77472

3. Weryfikacja predykcji mitochondrialnej lokalizacji białek związanych z metabolizmem RNA Q9UNV9 gi:74762020 Predykcja mit: 69.9, p=1.4e-171 Putative RNA helicase wielkość: 595 aa (68 kDa) evidence at transcription level Helicase_C – helicase conserved C-terminal domain • Adnotacje bioinformatyczne: • Molecular function: ATP binding • Molecular function: helicase activity • Molecular function: nucleic acid binding Sec63 - This domain (also known as the Brl domain) is required for assembly of functional endoplasmic reticulum translocons (*) (*)This domain was named after the yeast Sec63 (or NPL1) protein in which it was found. This protein is required for preprotein translocation. Other yeast proteins containing this domain include pre-mRNA splicing helicase BRR2, HFM1 protein and putative helicases.

4. Weryfikacja predykcji mitochondrialnej lokalizacji białek związanych z metabolizmem RNA Q9UNV9 homolog drożdżowej helikazy Slh1p (ygr271w) (1998) (Putative RNA helicase related to Ski2p, involved in translation inhibition of non-poly(A) mRNAs; required for repressing propagation of dsRNA viruses) Praktycznie identyczne z nieznanym ludzkim A2RRQ7(możliwa redundancja lub alternatywny splicing) Zauważalna jest homologia dwóch typów sekwencji: białko posiada wysoce konserwowane homologi niemal identycznej wielkości szeroko rozpowszechnione (Mus, Danio, Arabidopsis, Oryza, grzyby) o nieznanej funkcji. Drugim typem są długie sekwencje wysoce konserwowane jądrowych rybonukleoprotein (snRNP) zaangażowanych w splicing mRNA (jak ludzki U5 snRNP), w których białko pokrywa swoją sekwencją dwa charakterystyczne rejony C-końcowe. Prawdopodobnie Q9UNV9 i jego homologi nie są związane funkcjonalnie z tymi RNP. Homologia do drożdżowej Slh1p jest właśnie tego typu

5. Weryfikacja predykcji mitochondrialnej lokalizacji białek związanych z metabolizmem RNA Q9UNV9 Activating signal cointegrator 1 (U5 small nuclear ribonucleoprotein helicase)

6. Weryfikacja predykcji mitochondrialnej lokalizacji białek związanych z metabolizmem RNA Badane białko Q9UNV9

7. Weryfikacja predykcji mitochondrialnej lokalizacji białek związanych z metabolizmem RNA Q9NV06 gi:160358731 Predykcja mit: 69.9, p=9.1e-57 WD repeat and SOF domain-containing protein 1 Wielkość: 445 aa (51 kDa) evidence at protein level Gen: WDSOF1 (chr. 8) Zawiera 7 powtórzeń motywu WD Function: Possible role in ribosomal RNA processing (By similarity). Subcellular localization: Nucleus, nucleolus (By similarity). Bardzo silnie konserwowane pośród wszystkich eukariontów, prawdopodobnie jest to białko procesujące rybosomalne RNA, rodzaj snRNPs, brak jednak eksperymentalnych dowodów lokalizacji

8. Weryfikacja predykcji mitochondrialnej lokalizacji białek związanych z metabolizmem RNA Q9NV06 WD-40 repeats (also known as WD or beta-transducin repeats) are short ~40 amino acid motifs, often terminating in a Trp-Asp (W-D) dipeptide. WD-containing proteins have 4 to 16 repeating units, all of which are thought to form a circularised beta-propeller structure. WD-repeat proteins are a large family found in all eukaryotes and are implicated in a variety of functions ranging from signal transduction and transcription regulation to cell cycle control and apoptosis. The underlying common function of all WD-repeat proteins is coordinating multi-protein complex assemblies, where the repeating units serve as a rigid scaffold for protein interactions. The specificity of the proteins is determined by the sequences outside the repeats themselves. Examples of such complexes are G proteins (beta subunit is a beta-propeller), TAFII transcription factor, and E3 ubiquitin ligase Alternative splicing dwie formy splicingowe o wspólnym N-końcu

9. Weryfikacja predykcji mitochondrialnej lokalizacji białek związanych z metabolizmem RNA izoformy Q9NV06

10. Weryfikacja predykcji mitochondrialnej lokalizacji białek związanych z metabolizmem RNA Q6P2J3 gi:74758244 Predykcja mit: 39.1, p=4.9e-58 Hypothetical protein (PDCD11 protein) Wielkość: 1434 aa (158 kDa)evidence at transcription level Gen: PDCD11 (chr. 10) • Adnotacje bioinformatyczne: • Molecular function: RNA binding Dość wyraźnie konserwowane u Eukarya, prawdopodobnie niepełna sekwencja C-końcowa, choć nie powinno przeszkodzić to w analizie

11. Weryfikacja predykcji mitochondrialnej lokalizacji białek związanych z metabolizmem RNA The S1 domain of around 70 amino acids, originally identified in ribosomal protein S1, is found in a large number of RNA-associated proteins. It has been shown that S1 proteins bind RNA through their S1 domains with some degree of sequence specificity. The solution structure of one S1 RNA-binding domain from Escherichia coli polynucleotide phosphorylase has been determined. It displays some similarity with the cold shock domain (CSD). Both the S1 and the CSD domain consist of an antiparallel β barrel of the same topology with 5 β strands. This fold is also shared by many other proteins of unrelated function and is known as the OB fold.

12. Weryfikacja predykcji mitochondrialnej lokalizacji białek związanych z metabolizmem RNA Arabidopsis thaliana: pre-rRNA processing protein Q6P2J3

13. Weryfikacja predykcji mitochondrialnej lokalizacji białek związanych z metabolizmem RNA Q6ZSJ2 oraz A8K979 są dwoma różnymi izoformami, produktami alternatywnego splicingu tego samego genu

14. Weryfikacja predykcji mitochondrialnej lokalizacji białek związanych z metabolizmem RNA Q6ZSJ2 A8K979

15. Weryfikacja predykcji mitochondrialnej lokalizacji białek związanych z metabolizmem RNA Q6ZSJ2 gi:74758810 Predykcja mit: 79.3, p=1.4e-26 CDNA FLJ45480 fis, clone BRTHA2001304 Wielkość: 279 aa (31 kDa) evidence at transcription level Gen: EXOD1 (chr. 16) • Adnotacje bioinformatyczne: • Cellular component: intracellular • Molecular function: nucleic acid binding • Molecular function: exonuclease activity Domeny Pfam: Exonuc_X-T

16. Weryfikacja predykcji mitochondrialnej lokalizacji białek związanych z metabolizmem RNA A8K979 Predykcja mit: nie określono cDNA FLJ77472 Wielkość: 598 aa (67kDa) evidence at transcript level Gen: EXOD1 (chr. 16) • Adnotacje bioinformatyczne: • Molecular function: nucleic acid binding • Molecular function: zinc ion binding Domeny Pfam: Exonuc_X-T, SHR3 chaperone (frag.), zf-GRF

17. Weryfikacja predykcji mitochondrialnej lokalizacji białek związanych z metabolizmem RNA Exonuc_X-T - This entry includes a variety of exonuclease proteins, such as ribonuclease T and the epsilon subunit of DNA polymerase III. Ribonuclease T is responsible for the end-turnover of tRNA,and removes the terminal AMP residue from uncharged tRNA. DNA polymerase III is a complex, multichain enzyme responsible for most of the replicative synthesis in bacteria, and also exhibits 3' to 5' exonuclease activity SHR3 chaperone - ER membrane protein SH3, This family of proteins are membrane localised chaperones that are required for correct plasma membrane localisation of amino acid permeases (AAPs) [1]. SH3 prevents AAPs proteins from aggregating and assists in their correct folding. In the absence of SH3, AAPs are retained in the ER (przynależność do rodziny nie jest istotna statystycznie – słaba homologia lub brak) Zf-GRF – GRF zinc finger, This presumed zinc-binding domain is found in a variety of DNA-binding proteins. It seems likely that this domain is involved in nucleic acid binding. It is named GRF after three conserved residues in the centre of the alignment of the domain

18. Weryfikacja predykcji mitochondrialnej lokalizacji białek związanych z metabolizmem RNA Predykcja lokalizacji – inne narzędzia Q9UNV9 Predotar:mit 0.52 Psort II: mit 56.5% Q9NV06Predotar:mit 0.05 Psort II: 21.7% Q6P2J3Predotar:mit 0.00 Psort II: mit21.7% Q6ZSJ2 Predotar:mit 0.77 Psort II: mit 52.2% A8K979 Predotar:mit 0.00 Psort II: mit 17.4%

19. Weryfikacja predykcji mitochondrialnej lokalizacji białek związanych z metabolizmem RNA Grupy Q9UNV9 Putative RNA helicase HEL Q9NV06(Q8NCH8) WD repeat and SOF domain-containing protein 1WDR Q6P2J3(Q5W093) Hypothetical protein (PDCD11 protein) S1R Q6ZSJ2 (Q96FR9) CDNA FLJ45480 fis, clone BRTHA2001304EXD A8K979 cDNA FLJ77472EZF