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Software per la Bioinformatica

Software per la Bioinformatica. Università degli studi di Siena sett.-nov. 2004. Cosa è esattamente la Bioinformatica?. È la scienza che si occupa del trattamento ed analisi dei dati biologici con metodi informatici

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Software per la Bioinformatica

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Presentation Transcript

  1. Software per la Bioinformatica Università degli studi di Siena sett.-nov. 2004

  2. Cosa è esattamente la Bioinformatica? • È la scienza che si occupa del trattamento ed analisi dei dati biologici con metodi informatici • In altre parole è la scienza che, attraverso algoritmi, processa i dati biologici per formulare ipotesi sui processi vitali • Algoritmi → software

  3. Il Bioinformatico • È uno sviluppatore • È un utilizzatore

  4. Perché un corso di bioinformatica? • Insieme alle biotecnologie, la bioinformatica sta dando il maggior impulso alla ricerca nelle scienze della vita • È utilizzabile in tutti i campi della biologia molecolare • L’uso dei software bioinformatici sta diventando di routine… • …forse troppo?

  5. Dove posso trovare risorse per la Bioinformatica? • Su internet si possono trovare • Servizi online • Software gratuiti • Che genere di informazioni si ottengono? • Primarie • Derivate • Parametri • confronti • I punti di partenza: • www.expasy.org • www.ncbi.nlm.nih.gov • www.embl-heidelberg.de

  6. Le parole da sapere • Banca dati (database) • entry • query • flat-file • cross-reference • XML (eXented Markup Language) • Server & client • algoritmo • implementazione • software • online

  7. Quali dati posso trattare? • Sequenza • Funzione • Struttura

  8. Banche dati • Primarie • Derivate • Interconnesse

  9. Banche dati di acidi nucleici • Genbank • Annotated nucleic acids sequences database • Problemi: • mantenere le annotazioni • Sovrapposizioni delle sequenze • Polimorfismo e varanti

  10. Il DNA • Trascrizione • Trascritto primario (pre-mRNA) • mRNA • cDNA • Traduzione • Precursore • Proteina nativa

  11. Banche dati di proteine • Swissprot • Annotated protein sequences database • Problemi: • Derivano per lo più da traduzioni

  12. Banche dati di strutture • Protein Data Bank • 3D protein structures database

  13. Banche dati derivate • PROSITE • Pattern funzionali • ProDom • Domini proteici • FSSP, SCOP, CATH • Famiglie strutturali • OMIM • Geni e malattie geniche associate

  14. Genbank Swissprot ORFinder ClustalW BLAST Expasy tools Prosite PDB CATH SCOP Pfam Deepview Esempi

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