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Réseaux géniques et métaboliques : vers des modèles intégrés. Réunion du groupe de travail « Analyse dynamique de réseaux de régulation biologiques » Grenoble, 6-7 mai 2004. Transduction des signaux. Réplication et réparation de l’ADN. Metabolisme. Régulation génique. Mobilité.
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Réseaux géniques et métaboliques :vers des modèles intégrés Réunion du groupe de travail « Analyse dynamique de réseaux de régulation biologiques » Grenoble, 6-7 mai 2004
Transduction des signaux Réplication et réparation de l’ADN Metabolisme Régulation génique Mobilité Modèles des fonctions cellulaires • Les biologistes distinguent plusieurs fonctions cellulaires, avec des bases moléculaires différentes Type d’interactions moléculaires, échelle de temps, nombre de molécules • Différents types de modèles pour différentes fonctions cellulaires Cellule
Transduction des signaux Réplication et réparation de l’ADN Metabolisme Régulation génique Mobilité Modèles intégrés de la cellule • Fonctions cellulaires sont étroitement couplées en réalité • Vue globale de la cellule demande des modèles intégrés : « cellules virtuelles » Premier pas : modèles intégrés des réseaux géniques et métaboliques Cellule
. R R R R R R m1 1 m . e2m2 e 2 E E 2 + e 2 F F F G G Modèles intégrés : débuts • Importance des modèles intégrés est réalisée dès les débuts de la biologie moléculaire Modèle de Goodwin (1963) de l’auto-inhibition d’un gène • Thèmes encore pertinents aujourd’hui : • Intégration de différents types d’interactions moléculaires • Hiérarchies temporelles M
Modèles intégrés : l’ère post-génomique • Disponibilité des outils expérimentaux à haut débit a changé le contexte des modèles intégrés • Emergence de nouveaux thèmes : • Echelle génomique : réseaux complexes de grand taille • Outils informatiques d’analyse et de simulation • Couplage entre modélisation et expérimentation
Programme • 14h15-15h15: Athel Cornish-Bowden (CNRS, Marseille) Analyse stochiométrique du métabolisme : un outil puissant pour le dessin des médicaments • 15h45-16h45: Jean-Philippe Vert (Ecole des Mines, Paris) Analyse et reconstruction de voies métaboliques • 16h45-17h45: Julien Gagneur (CellZome, Heidelberg) Étudier le métabolisme à l’équilibre : une approche par contraintes