Nicotiana benthamiana

1. Nicotiana benthamiana Malva parviflora AY591807 Abutilon andrewsianum EF219369 A. grandifolium EF219363 A. eremitopetalum 760 774 EF219364 A. eremitopetalum 521 EF219365 A. menziesii 999 EF219367 A. sandwicense 1000 EF219366 A. sandwicense EF219368 A. incanum AY591808 A. sp. La Duke s.n. AY863058 Typhonium divaricatum 1000 1000 AY863059 A. indicum DQ006017 A. theophrasti N. benthamiana 721 DQ287984 A. theophrasti HM437879.1 1000 AY591815 Bastardiopsis densiflora 774 HM437882.1 AY591812 Bakeridesia gloriosa 1000 726 AY591859 B. gaumeri M. parviflora A. megapotamicum 826 HM446943.1 674 1000 AY591818 Briquetia sonorae GU135393.1 AY591817 Billieturnera helleri AY591851 Robinsonella lindeniana GQ982301.1 533 Nicotiana benthamiana 769 AY591824 Fryxellia pygmaea AY371673.1 1000 632 DQ006130 Justicia americana GQ478107 Sida fallax 951 977 AY371675.1 995 DQ006018 S. spinosa RCA22 Peristrophe spp. (Cuba) 652 635 RCA21 PCR1 FJ038996.1 1000 Peristrophe speciosa (Potsdam) 1000 RCA21 PCR2 RCA21 PCR1 1000 JF708219 Peristrophe japonica 955 AY591855 Tetrasida weberbaueri 1000 RCA21 PCR2 EF679734 Althaea armeniaca 994 GQ435144 Rhinacanthus nasutus 523 EF679733 Althaea officinalis DQ006201.1 S. spinosa 1000 797 EU725798 Rhinacanthus nasutus EF419541 Althaea cannabina 1000 DQ006200.1 A. theophrasti 1000 1000 EF419540 Althaea cannabina EU725795 Rhinacanthus nasutus 824 1000 GQ435057.1 1000 EF419539 Althaea cannabina GQ995666 Dyschoriste albiflora HQ415485.1 GU166763 Alcea hohenackeri 999 999 1000 GQ995627 Ruellia ciliatiflora 773 GU166772 Alcea rhyticarpa AB617863.1 1000 GU166759 Alcea glabrata 1000 GQ995634 R. paniculata 537 AB617862.1 587 EF419547 Anisodontea malvastroides GQ995631 R. foetida AB452562.1 996 EF635464 Hoheria populnea 1000 980 HM348802 Plagianthus divaricatus GQ995657 R. pringlei 681 AB452563.1 870 EF152583 Cristaria insularis 598 0.01 0.01 GQ995658 R. pringlei GQ995665 R. speciosa GQ995655 R. laslobasensis 0.02 GQ995629 R. eumorphantha a b c Cubana_1302_Suppl. Figure 1

2. 3A 4A 2A 5A 11A A1/A2 2645 2699 2593 2593 2336 2017 2050 1921 1968 1833 1833 1829 1876 1847 1803 1819 1738 1712 1675 1675 1592 1650 1627 1603 1627 1581 1495 1406 1333 1325 1234 1234 1226 1071 1039 1030 1014 1008 979 997 1003 1003 965 991 985 968 968 968 956 934 940 902 892 903 908 872 880 872 857 852 833 833 829 826 824 862 815 828 787 787 779 770 810 761 766 769 736 728 704 720 716 693 688 693 704 704 689 678 676 678 675 670 655 659 678 666 648 668 645 645 663 641 638 641 613 620 609 613 613 613 607 599,593 590 587 597 590 584 559 556 549 535 546 546 540 537 540 537 535 531 531 497 514 514 514 508 494 492 476 476 481 478 478 466 468 473 465 457 468 439 435 435 431 431 435 432 435 437 420 418 417 415 401 396 406 392 401 406 370 372 372 376 348 349 350 353 353 353 349 347 353 353 359 331 332 330 308 293 293 286 284 279 288 273 277 264 262 268 262 266 267 242 245 249 251,258 259 244 250 229 221 230 232 235 226 226 216 224 215 225 215,213,205 215,205 195 200 202 192 185 186 194 188 181 178 188 173 175 162 162 163 153 174 154 147 139 132 134 105 105 105 105 93,87,76 105 78 92 72-9 9 9 43,9 61-6 88-6 Predicted DNA A ud 2632 1252 698 -681 348-371 256-293 Calculated ethidium bromide invert Cubana_1302_Suppl. Figure 2

3. 5B 10B 3B 11B B1 4B 2645 2699 2593 2598 2593 2336 2017 2050 1921 1968 1894 1833 1876 1847 1819 1738 1712 1675 1675 1592 1610 1650 1627 1603 1627 1547 1581 1495 1406 1383 1333 1325 1248 1234 1234 1226 1071 1039 1014 1008 979 997 1003 1003 984 991 985 968 968 968 946 956 934 940 892 903 908 872 872 857 852 833 833 824 862 815 828 787 790 752 787 779 810 761 766 748 736 728 704 720 695 716 693 693 704 704 689 678 676 678 670 679 655 659 678 666 648 653 645 645 663 653 641 658 638 641 620 621 613 613 613 616 607 590 590 587 585 597 590 584 535 559 556 549 540 537 540 537 531 531 514 514 514 508 492 476 481 478 478 474 468 473 465 457 456 468 439 435 435 423 432 435 437 420 418 415 403 401 396 406 401 406 370 372 372 376 353 353 353 353 353 359 332 330 311 308 300 293 293 286 284 272 288 273 277 256 264 262 268 262 266 256 242 245 249 259 244 250 238 232 229 231 230 232 235 219 224 225 204 200 202 185 186 194 182 183 182 181 167 173 152 152 162 162 153 136 143 123 139 132 126 126 128 122 108 105 111 114 117 111 108 78 92 108 65-14 76-4 69-6 16 76-6 76-6 Predicted DNA B ud 2632 1252 698 -681 348-371 256-293 Calculated ethidium bromide invert Cubana_1302_Suppl. Figure 3

4. A1/A2 3A 5A 4A 11A 1820 1765 1752 1739 1803 1829 1833 1688 1582 1427 1446 1336 1176 1030 1005 1005 976 982 965 965 937 921 902 880 889 874 845 826 829 826 821 770 785 763 754 769 746 682 682 682 678 671 678 671 667 671 676 675 634 634 620 613 613 599,593 593 573 563 554 557 551 551 551 554 535 548 542 546 546 535 538 517 497 515 512 494 497 489 466 476 451 431 431 445 440 417 420 417 417 400 405 381 362 365 365 365 353 348 349 349 347 353 340 340 298 290 294 286 279 267 253 251,258 235 221 229 229 224 224 224 220 215 226 226 216 215,213,205 215,205 192 194 196 197 189 177 188 168 178 175 174 147 105 116 105 105 105 93,87,76 105 66 61-6 88-6 9 9 43,9 Predicted DNA A 2A ud 2632 1252 688 668 698 -681 609 494 435 392 350 348-371 331 256-293 215 195 188 163 154 134 Calculated DNA A hybridization 72-9 Cubana_1302_Suppl. Figure 4

5. 10B 3B B1 5B 11B 4B 2359 2598 1827 1894 1610 1663 1563 1502 1547 1390 1383 1299 1245 1231 1248 1174 1154 1071 1013 975 970 970 984 939 934 919 899 904 946 876 817 796 784 748 790 756 748 725 748 752 695 660 678 660 676 654 679 637 627 627 658 653 653 601 616 621 583 577 590 565 585 525 535 487 490 474 449 444 442 456 432 413 423 403 375 319 300 311 272 259 272 258 250 256 248 256 256 232 231 238 209 187 204 219 182 182 183 142 140 167 139 152 152 136 126 143 128 122 126 123 114 117 111 108 105 111 108 108 69-6 76-6 76-4 65-14 76-6 16 Predicted DNA B 698 -681 348-371 256-293 Calculated DNA B hybridization Cubana_1302_Suppl. Figure 5