1 / 43

Mikroorganismu gēnu inženierija

Mikroorganismu gēnu inženierija. 7 . Praktiskais darbs. Informācijas meklāšanas un saņemšanas sistēma, kura meklē un izsniedz datus no vairākām savstarpēji savienotām datu bāzēm. Ar katru gadu šo datu bāzu saistība un atsauces vienai uz otru palielinās, tiek integrētas arī ārējas

randall-rosario
Download Presentation

Mikroorganismu gēnu inženierija

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript

  1. Mikroorganismu gēnu inženierija 7. Praktiskais darbs Mikrobioloģijas un biotehnoloģijas katedra ML

  2. Informācijas meklāšanas un saņemšanas sistēma, kura meklē un izsniedz datus no vairākām savstarpēji savienotām datu bāzēm. Ar katru gadu šo datu bāzu saistība un atsauces vienai uz otru palielinās, tiek integrētas arī ārējas datu bāzes. Mikrobioloģijas un biotehnoloģijas katedra ML

  3. Ļauj piekļūt aptuveni 19 miljoniem dokumentu no "MEDLINE" un citiem informācijas resursiem. Pavisam aptverot ap 5 400 prestīžākos zinātniskos biomedicīnas un citus dabas zinātņu žurnālus no visas pasaules. Pārsvarā angļu valodā izdotos rakstus (~90%). ~ 79% -iem ierakstu ir pieejami kopsavilkumi (abstrakti). Mikrobioloģijas un biotehnoloģijas katedra ML

  4. (Medical Literature Analysis and Retrieval System Online) ir NML katalogs, kurā apkopota informācija par aptuveni 18 miljoniem dokumentu (biomedicīnas zinātnisko žurnālu rakstu), kuri iznākuši sākot no 1947. gada. Tieša piekļuve MEDLINE ir ierobežota. Aptuveni 98% datubāzes ierakstu pieejami ar PubMed starpniecību. Mikrobioloģijas un biotehnoloģijas katedra ML

  5. Parasti ierakstā piedāvātā informācija: - raksta nosaukums (virsraksts), - autoru vārdi, - raksta kopsavilkums (abstract), - MeSH (Medical Subject Headings), - informācija par raksta novietojumu žurnālā, - raksta publicēšanas valoda, - publikācijas tips. Pievienotas saites uz datu bāzēm, kurās var saņemt pilna teksta rakstus. Mikrobioloģijas un biotehnoloģijas katedra ML

  6. Medical Subject Headings Specializēto terminu sistēma, kas palīdz klasificēt informāciju, lai izvairītos no dažādu terminu/sinonīmu lietošanas, kas apgrūtina vajadzīgās informācijas atrašanu. Izveidoti 16 galvenie zari 1. +Anatomy [A] 2. +Organisms [B] 3. +Diseases [C] 4. +Chemicals and Drugs [D] 5. +Analytical, Diagnostic and Therapeutic Techniques and Equipment [E] 6. +Psychiatry and Psychology [F] 7. +Phenomena and Processes [G] 8. + . . . http://www.nlm.nih.gov/cgi/mesh/2010/MB_cgi Mikrobioloģijas un biotehnoloģijas katedra ML

  7. 3. -Diseases [C] * Bacterial Infections and Mycoses [C01] + * Virus Diseases [C02] + * Parasitic Diseases [C03] + * Neoplasms [C04] + * Musculoskeletal Diseases [C05] + * Digestive System Diseases [C06] + * Stomatognathic Diseases [C07] + * Respiratory Tract Diseases [C08] + * Otorhinolaryngologic Diseases [C09] + * Nervous System Diseases [C10] + * Eye Diseases [C11] + * Male Urogenital Diseases [C12] + * Female Urogenital Diseases and Pregnancy Complications [C13] + * . . . Mikrobioloģijas un biotehnoloģijas katedra ML

  8. 3.-Diseases [C] * Bacterial Infections and Mycoses [C01] Bacterial Infections [C01.252]  + Brain Abscess [C01.323]  + Central Nervous System Infections [C01.395]  + Infection [C01.539]  + Mycoses [C01.703]  + Zoonoses [C01.908] + * Virus Diseases [C02] + * . . . Mikrobioloģijas un biotehnoloģijas katedra ML

  9. Bacterial Infections [C01.252]  + Bacteremia [C01.252.100] + Central Nervous System Bacterial Infections [C01.252.200] + Endocarditis, Bacterial [C01.252.300] + Eye Infections, Bacterial [C01.252.354] + Fournier Gangrene [C01.252.377] Gram-Negative Bacterial Infections [C01.252.400] + Gram-Positive Bacterial Infections [C01.252.410] + Pneumonia, Bacterial [C01.252.620] + Sexually Transmitted Diseases, Bacterial [C01.252.810] + Skin Diseases, Bacterial [C01.252.825] + Spirochaetales Infections [C01.252.847] + . . . Mikrobioloģijas un biotehnoloģijas katedra ML

  10. Bacterial Infections [C01.252]  + Gram-Negative Bacterial Infections [C01.252.400] + . . . Burkholderia Infections [C01.252.400.170] + Campylobacter Infections [C01.252.400.177] Cat-Scratch Disease [C01.252.400.200] Chlamydiaceae Infections [C01.252.400.210] + Desulfovibrionaceae Infections [C01.252.400.260] Enterobacteriaceae Infections [C01.252.400.310] + Flavobacteriaceae Infections [C01.252.400.349] Flexibacteraceae Infections [C01.252.400.368] Fusobacteriaceae Infections [C01.252.400.388] + Helicobacter Infections [C01.252.400.466] . . . Mikrobioloģijas un biotehnoloģijas katedra ML

  11. . . . Enterobacteriaceae Infections [C01.252.400.310] + Dysentery, Bacillary [C01.252.400.310.229] Escherichia coli Infections [C01.252.400.310.330] + Granuloma Inguinale [C01.252.400.310.416] Klebsiella Infections [C01.252.400.310.503] + Proteus Infections [C01.252.400.310.708] Salmonella Infections [C01.252.400.310.821] + Serratia Infections [C01.252.400.310.850] Yersinia Infections [C01.252.400.310.980] + . . . Mikrobioloģijas un biotehnoloģijas katedra ML

  12. . . . Enterobacteriaceae Infections [C01.252.400.310] + . . . Escherichia coli Infections [C01.252.400.310.330] + Meningitis, Escherichia coli [C01.252.400.310.330.500] . . . . . . MeSH indeksācija ieviesta 1960. gadā, un katru gadu vienreiz gadā tā tiek pārskatīta un papildināta. Mikrobioloģijas un biotehnoloģijas katedra ML

  13. Visi ieraksti datu bāzē tiek numurēti: PMID xxxxxxxx (PubMed Unique Identifier) Dažkārt izdevēji informāciju par rakstiem iesūta jau pirms žurnāla iznākšanas, tādēļ aiz PMID tiek pievienota ieraksta statusa birka (tag): [PubMed - as supplied by publisher] [PubMed - in process] [PubMed - indexed for MEDLINE] Mikrobioloģijas un biotehnoloģijas katedra ML

  14. Ieraksti, kuri nav indeksēti atbilstoši jaunajai MeSH sistēmai, kura ieviesta 2005. gadā, glabājas OLDMEDLINEdatu bāzē (pamatā 1947 - 1965. gada izdevumi), tie tiek atzīmēti ar birku [PubMed - OLDMEDLINE] un to formāts var būtiski atšķirties no jaunajiem ierakstiem. Mikrobioloģijas un biotehnoloģijas katedra ML

  15. PubMed datu bāzē sastopami raksti, kuriem netiek piešķirts MEDLINEindekss, tie marķēti kā [PubMed]vai [PubMed - as supplied by publisher] Iemesls: - raksts nav attiecinams uz biomedicīnas jomu, - raksts iznācis pirms MEDLINE uzsācis attiecīgā žurnāla MeSH indeksēšanu, - žurnāls nav "MEDLINE žurnāls", - PubMed Central (PMC)publicēts e-raksts pirms 2005. gada. Mikrobioloģijas un biotehnoloģijas katedra ML

  16. Ievadītie termini (frāzes) vispirms tiek meklēti MeSH vārdnīcā, autoru un žurnālu vārdnīcu tabulās. Ja atrasto ierakstu skaits nav liels, meklējumi tiek turpināti visos pārējos laukos. Ja ievadītā frāze visā pilnībā netiek atrasta*, tā tiek sadalīta pa vārdiem un meklējumi tiek veikti ar atsevišķiem vārdiem, izmantojot AND / OR loģiskos operātorus dažādās kombinācijās. Mikrobioloģijas un biotehnoloģijas katedra ML

  17. Tam, kā dotais uzdevums ticis pārtulkots meklēšanas komandu valodā un izpildīts, var sekot laukā "Search details". Results: 1 to 20 of 286 conjugation[All Fields]AND ("f factor"[MeSH Terms]OR"f factor"[All Fields])AND ("dna"[MeSH Terms]OR "dna"[All Fields]) Mikrobioloģijas un biotehnoloģijas katedra ML

  18. Var atkārtot meklēšanu ar pārveidotām komandām: Results: 1 to 20 of 178 conjugation[All Fields]AND "f factor"[MeSH Terms]AND "dna"[MeSH Terms] Mikrobioloģijas un biotehnoloģijas katedra ML

  19. Var atkārtot meklēšanu ar pārveidotām komandām: Results: 1 to 20 of 576474 conjugation[All Fields]OR "f factor"[MeSH Terms]OR "dna"[MeSH Terms] Mikrobioloģijas un biotehnoloģijas katedra ML

  20. Var atkārtot meklēšanu ar pārveidotām komandām: Results: 1 to 20 of 556628 "dna"[MeSH Terms] Mikrobioloģijas un biotehnoloģijas katedra ML

  21. Loģiskās komandas jāievada ar LIELAJIEM BURTIEM. "desa"[All Fields]Results: 1 to 20 of 278 "salmonella"[All Fields]Results: 1 to 20 of 66249 "desa"[All Fields]ORResults: 1 to 20 of 66526 "salmonella"[All Fields] 66249 + 278 = 66527 ??? Mikrobioloģijas un biotehnoloģijas katedra ML

  22. Loģiskās komandas jāievada ar LIELAJIEM BURTIEM. "desa"[All Fields]Results: 1 to 20 of 278 "salmonella"[All Fields]Results: 1 to 20 of 66249 "desa"[All Fields]ANDResults: 1 "salmonella"[All Fields] Vienā ierakstā atrodami abi vārdi Mikrobioloģijas un biotehnoloģijas katedra ML

  23. Loģiskās komandas jāievada ar LIELAJIEM BURTIEM. "desa"[All Fields]Results: 1 to 20 of 278 "salmonella"[All Fields]Results: 1 to 20 of 66249 "desa"[All Fields]NOTResults: 1 to 20 of 277 "salmonella"[All Fields] 278 - 1 = 277 Mikrobioloģijas un biotehnoloģijas katedra ML

  24. Veselas frāzes meklējumos tiek izmantotas, ja: 1. tās atrodamas MeSH vārdnīcā vai autoru un žurnālu vārdnīcu tabulās, conjugation[All Fields]AND ("f factor"[MeSH Terms]OR"f factor"[All Fields])AND ("dna"[MeSH Terms]OR "dna"[All Fields]) Mikrobioloģijas un biotehnoloģijas katedra ML

  25. Veselas frāzes meklējumos tiek izmantotas, ja: 2. speciāli tiek dota komanda lietot veselas frāzes. Citos gadījumos frāzes tiek sadalītas atsevišķos vārdos, kuri tiek papildus apstrādāti. differential[All Fields]AND ("rna splicing"[MeSH Terms]OR ("rna"[All Fields]AND"splicing"[All Fields]) OR "rna splicing"[All Fields]OR "splicing"[All Fields]) Results: 1 to 20 of 2760 Mikrobioloģijas un biotehnoloģijas katedra ML

  26. ? ? ? differential[All Fields]AND ("rna splicing"[MeSH Terms]OR ("rna"[All Fields]AND"splicing"[All Fields]) OR "rna splicing"[All Fields]OR "splicing"[All Fields]) Automatic explosion of MeSH terms (automatic term mapping) Mikrobioloģijas un biotehnoloģijas katedra ML

  27. Results: 1 to 20 of 687 Results: 1 to 20 of 687 Komandas veselas frāzes meklēšanai: - frāzei pievieno birku [tw] , - frāzi ietver pēdiņās: "differential splicing", differentialsplicing[tw] "differentialsplicing"[All Fields] Mikrobioloģijas un biotehnoloģijas katedra ML

  28. Results: 1 to 20 of 687 Results: 1 to 20 of 687 Komandas veselas frāzes meklēšanai: - vārdus savieno ar svītriņu: differential-splicing , - lieto aprautās frāzes zīmi: differential splicing* . differential-splicing[All Fields] differentialsplicing[All Fields] Mikrobioloģijas un biotehnoloģijas katedra ML

  29. Results: 1 to 20 of 687 Results: 1 to 20 of 19296 Results: 1 to 20 of 14351 Taču, meklējot "uzspiestās" frāzes, jāpievērš lielāka uzmanība alternatīvu apzīmējumu iespējamībai, differentialsplicing[tw] alternative splicing[tw] alternative splicing[MeSH Terms] Mikrobioloģijas un biotehnoloģijas katedra ML

  30. kā arī tam, ka meklējumi notiek nevis pilnajā datu bāzē, bet gan automātiski sastādītos datu bāzes indeksos. Var gadīties, ka "uzspiestā" frāze datu bāzes ierakstos reāli pastāv, taču nav tikusi iekļauta datu bāzes indeksos. Ja meklējumos ar "uzspiesto" frāzi ieraksti nav atrasti, vēlams ļaut sistēmai veidot savus meklēšanas algoritmus ar atsevišķiem frāzes vārdiem. Mikrobioloģijas un biotehnoloģijas katedra ML

  31. Vai arī meklējuma uzdevumus kombinēt ar MeSH datu bāzes palīdzību, kur iespējam uzlikt arī dažādus papildus ierobežojumus meklēšanai. Mikrobioloģijas un biotehnoloģijas katedra ML

  32. Results: 1 to 20 of 51 822 Aprautā vārda (frāzes) zīmi "*" lieto arī lai meklētu visus apzīmējumus ar norādīto sakni, piemēram, splic* gadījumā tiks meklēti ieraksti ar terminiem: splice, spliceability, spliceable, splicecenter, spliced, spliceforms, spliceome, spliceopathy, spliceosoma, spliceosomal, spliceosome, splicing utt. Mikrobioloģijas un biotehnoloģijas katedra ML

  33. Results: 1 to 20 of 168 030 Ja izmantotā aprautā vārda daļa datu bāzes indeksos būs pārstāvēta ļoti plaši, meklējumiem tiks izmantoti tikai pirmie 600 termini, un lietotājs par to tiks informēts. Piemēram, lietojot spl* : Mikrobioloģijas un biotehnoloģijas katedra ML

  34. Loģiskās komandas var izmantot kombinējot iepriekš veiktos meklējumus sadaļā "Advanced Search", kur glabājas Jūsu meklējumu vēsture. #1 AND#4Results: 1 to 20 of 4800 Mikrobioloģijas un biotehnoloģijas katedra ML

  35. Izmantojot meklējumu vēsturi iespējams meklējumu precizēt uzliekot papildus ierobežojumus - dodoties uz sadaļu "Limits". #1AND ("loattrfull text"[sb]AND Review[ptyp]AND "2009/03/27"[PDat]: "2010/03/26"[PDat]) Izmantotie ierobežojumi: - pieejams pilnais teksts, - apskata raksts, - publicēts pēdējā gada laikā. Results: 1 to 20 of 74 Mikrobioloģijas un biotehnoloģijas katedra ML

  36. Meklējumu vēstures sarakstā tiek saglabāti ne vairāk kā 100 pēdējie ieraksti. 8 stundas pēc pēdējās aktivitātes beigām visi meklējumu vēstures ieraksti tiek dzēsti. Lietotājs meklējumu vēstures ierakstus var dzēst (visus vai katru individuāli). Mikrobioloģijas un biotehnoloģijas katedra ML

  37. Your search for konjugation F factor DNA retrieved no results. However, a search for conjugation f factor dna retrieved the following items.. Ierakstītos terminus analizē "Spell Check" funkcija (piedāvā citu vai labo kļūdaino terminu), taču tā var nenostrādāt, ja attiecīgā kļūda arī ierakstos sastopama stipri bieži vai gadās ļoti reti. Sistēma bieži pieļauto kļūdu vārdnīcā atrada raksturīgu kļūdu un automātiski to izlaboja. Mikrobioloģijas un biotehnoloģijas katedra ML

  38. Mazāk raksturīga kļūda - sistēma piedāvā citu vārda variantu, bet meklējumi tika veikti kļūdaino vārdu izlaižot, jo tam neviens ieraksts datubāzē neatbilda. Results: 1 to 20 of 751 Mikrobioloģijas un biotehnoloģijas katedra ML

  39. "Stop vārdi" - termini, kuri meklēšanā tiek ignorēti, jo tie sastopami pārāk daudz ierakstos, piemēram: Ii, if, in, into, is, it, its, itself Jjust Kkg, km Mmade, mainly, make, may, mg, might, ml, mm, most, mostly, must Mikrobioloģijas un biotehnoloģijas katedra ML

  40. Ja vajadzīgā tēma grūti formulējama, un starp atrastajiem ierakstiem ir tikai daži vēlmēm atbilstoši ieraksti, var lietot pie atrastajiem ierakstiem izvietoto funkciju "Related Articles" - vadoties no virsrakstā, kopsavilkumā un MeSH tabulā izmantotajiem terminiem, sistēma piedāvās komplektu ar vislīdzīgākajiem rakstiem. Mikrobioloģijas un biotehnoloģijas katedra ML

  41. Ja tiek piedāvāts pārāk daudz ierakstu, var uzlikt specifiskus ierobežojumus pēc: - publicēšanas laika, - objekta sugas, - publikācijas veida, - objekta dzimuma, - publikācijas valodas, - objekta vecuma, - ieraksta īpatnībām, - noteikta meklēšanas lauka. Mikrobioloģijas un biotehnoloģijas katedra ML

  42. Uzliktie ierobežojumi tiek uzrādīti arī pirms meklējumu rezultātiem: Turpat uzliktos ierobežojumus var mainīt vai atcelt. Mikrobioloģijas un biotehnoloģijas katedra ML

More Related