Le monde microbien

1. Le monde microbien K. RISSO – Interne Infectiologie/Pneumologie

2. Objectifs de ce cours • Au terme de ce cours l’étudiant devra être capable: • De définir le terme « microbien » • De définir les différents agents qu’il comporte • De définir les réservoir de chacun de ces agents

3. Les micro-organismes ? Micro-organisme : organisme visible au microscope • Bactéries • Virus • Champignons • Parasites • Prions (ATNC)

5. Les Bactéries

6. structure d’une bactérie :

8. Bactéries Dès l’arrivée au laboratoire : • examen direct (parfois), résultat immédiat • puis mise en culture, résultat >= 24h • puis antibiogramme, résultat >= 48h Cocci Gram- Cocci Gram + Bacille gram - Bacille gram +

9. Classification des bactéries • Forme : • Cocci • Bacilles • Propriétés tinctoriales : GRAM • Gram + • Gram – • Pouvoir respiratoire : • Aérobie • Anaérobie • Aéro-anaérobies • Mobilité

10. Les bactéries • Morphologie variable selon les espèces: • Sphérique (cocci) • Allongée (bacille) • Incurvée (vibrion) • Spiralée (spirelle) • Irrégulière (corynébactérie) • Ramifiée (actinomycète) • Bactéries aérobies: ont besoin d’oxygène pour se développer • Bactéries anaérobies: se développent dans les milieux dépourvus d’oxygène

13. Cocci gram + • Staphylocoques • Staphylocoque doré ( staphylocoque aureus : SA) • Staphylocoque non doré ( staphylocoque coagulase négative, S. blanc, S. Epidermidis …) • Streptocoques • S. Pneumoniae (Pneumocoque) • Autres streptocoques • Entérocoque Cocci Gram +

14. Cocci gram - • Neisseria (meningitidis, gonorrhoeae, neisseria)

15. Bacilles gram + • Corynébactéries • Anaérobies: Clostridium (difficile, perfringens, tetani, botulinum)

16. Bacilles gram - • Entérobactéries : • Colibacille (E.coli...), • Proteus (vulgaris, mirabilis), • Serratia, • Entérobacter, … • Non entérobactérie • Pseudomonas (dont P. aeruginosa = Pyocyanique) • Acinetobacter Bacille gram -

18. Principaux Germes des IN 85 % = BACTERIES ENTEROBACTERIES STAPHYLOCOQUES PYOCYANIQUES ENTEROCOQUES Mais TOUTE Bactérie peut être responsable Cas particuliers  Bacille de Koch (aérien, endoscopies)  Légionella (eau)

19. Reservoirs 1014 bactéries / être humain 100 000 000 000 000 • 10 x plus que de cellules eucaryotes • rhinopharynx : 108/ml • colon : 1011/ml FLORES DE L'ENVIRONNEMENT • Eau potable : 100 bact/ml • Air : 100 à 100 000 bact/cm3 • Sol : 106 à 107 bact/gr

20. S aureus : • Habitat : flore cutanée (nez, périné) • Infections sur matériel (KT, SU, prothèse…) • ISO, pneumopathies, infect° cutanée…. • S epidermidis • Habitat : Flore cutanée • ILK, ISO (os)…. • Clostridium difficile : • Habitat : Flore digestive • colite • enterocoque • Habitat : Flore digestive • IU, septicémie, inf abdominales, (ISO…)

21. E coli : • Habitat : Flore digestive, génitale • IU, septicémie (ISO, inf° cut-muq…) • Autres entérobactéries : Kpne, E aerogenes, E cloacae, Proteus mirabilis…) • Habitat : Flore digestive • IU, septicémie, pneumoP (ISO, inf° cut-muq…)

22. Pseudomonas aeruginosa • Habitat : Environnement • Peu pathogène • ISO, Pneumopathie, IU, septicémie, peau… • Acinetobacter baumannii : • Habitat : Environnement / peau • Peu pathogène • ISO, Pneumopathie, IU, septicémie, peau…

24. Peau • Flore résidente – flore transitoire • Provenance : Autres mains, tube digestif, rhinopharynx, milieu extérieur / surfaces • Bactéries : Staph coag nég, strepto, S.aureus (gites), anaérobies

25. Naso-pharynx • Staphylocoque doré • Streptocoque pneumoniae • autres streptocoques • neisseria sp Donc surtout des Cocci Gram +

26. Tube digestif • Anaérobies (Bacteroïdes, Clostridium...) • Entérobactéries (E.coli, P.mirabilis, K.pneumoniae, Enterobacter, Citrobacter, Serratia) • Streptocoques • Entérocoques • Serratia sp • P.aeruginosa Donc surtout des Bacille gram -

27. Les bactéries • Les mycobactéries mycobactérium tuberculosis mycobactérium non tuberculosis (avium, xenopi...) • Bactérie atypiques: Chlamydia (pneumoniae, trachomatis), ureaplasma, mycoplasama pneumoniae • Les bactéries anaérobies: clostridium, propionibacteries...

28. Les virus • Définition • Micro-organismes visibles seulement au microscope électronique • Taille: 0,2 à 0,3 µm • Ils tirent leur énergie exclusivement du métabolisme de la cellule qu'ils infectent. • Multiplication intracellulaire obligatoire • Architecture des virus : le virus n’est pas une cellule, acaryotes (limite entre le vivant et le non vivant) . • Ils ont tous : • Une capside protéique • Un acide nucléique (ARN ou ADN) • Quelquefois : des glucides et des lipides

29. Les virus • VHB – VHC – VIH • VRS • Grippe : HxNy • Autres • Exemples de maladies virales : • rougeole, oreillons, poliomyélite, rhume, varicelle, grippe, fièvre jaune, dengue, Chikungunya, SIDA

30. Classification • Acide nucléique : ADN – ARN • Enveloppe ou non : virus nus beaucoup plus résistants • Forme : cylindrique, cubique, hélicoïdale • Diagnostic : culture difficile (cellules), biologie moléculaire (PCR), sérologie

31. Champignons • Mousses, champignons, levures, moisissures • Pas de photosynthèse, tous st hétérotrophes • Eucaryote: plusieurs chromosomes • Etres unicellulaire (levure) ou pluricellulaire (mycélium) qui appartiennent au règne végétal. • Levures : Candida albicans…. • Ch. filamenteux : Aspergillus

33. Champignons • Environnement : Aspergillus CHEZ l’IMMUNODEP. • Pneumopathies • Infections systémiques graves • ISO • Flore endogène : Candida • Infections localisées • Infections généralisés

34. Parasites • Définition: être vivant animal ou végétal qui pendant une partie ou la totalité de son existence vit aux dépendsd’un autre organisme appelé Hôte. • Les parasites de l’homme sont répartis en plusieurs classes : • Les protozoaires : être unicellulaire doté de mouvement • amibe, trypanosome, giardia, trichomonas, toxoplasme • selon les cas il se déplace grâce à des plasmopodes (rhizopodes), des flagelles, une membrane ondulante ou des cils. • Existent sous forme asexuée ou à potentiel sexué, mobile ou enkystée, intra ou extracellulaire • Les métazoaires (vers). • nématodes (vers ronds) • trématodes (vers plats) • cestodes (vers plats segmentés)

35. Transmission : • Soit directesans l’intermédiaire d’un individu • Soit indirecte, avec l’intervention d’un facteur extérieur qui se trouve soit au niveau de l’environnement ou soit un organisme actif comme un moustique. C’est un vecteur : c’est quelqu’un ou quelque chose qui transmet l’infection d’un individu à un autre.La pénétration du parasite se fait soit par voie trans-cutanée soit par voie buccale.

36. Ectoparasites • Ectoparasites : • Ectoparasites : poux, gale, puces… • Transmission inter-humaine (poux – gale…) • Environnement : poux de poules…. • Transmission – épidémie – traitement contraignant en cas d’épidémie

37. Les agents transmissibles non conventionnels (ATNC) Définition Il s'agit de particules infectieuses, non bactériennes, non virales, susceptibles de s'accumuler dans les cellules de l'hôte, principalement au niveau du système nerveux central, les organes lymphoïdes. Ces sont des protéines pathogènes résistantes, responsables d'une spongiose et d'une mort neuronale suivies de la mort du patient.

38. Les agents transmissibles non conventionnels (ATNC) Maladie de Creutzfeld Jacob • Prions C’est la plus petite particule infectante connue décrite en 1982, constituée de protéines hydrophobes ne renfermant ni ADN ni ARN. De ce fait, les prions ne sont pas des virus. Ils sont responsables de certaines encéphalopathies à évolution lente (exemple de la maladie de la vache folle) • Iatrogène (hormone de croissance, neuro-chirurgie ...) • Familiale • Sporadique • Nouveau variant (viande de boeuf) .