0,2

1. 40 30 nerovnoměrnost v používání kodónů (2) 20 10 7,82 3,84 0 0 0,2 0,4 0,6 0,8 index využití preferovaných kodónů (CAI)

2. pseudogeny čtyřikrát degenerované pozice introny přiléhající 3’ oblast netranslatovaná 3’ oblast 4 dvakrát degenerované pozice přiléhající 5’ oblast nepřekládaná 5’ oblast 3 nedegenerované pozice substitucí na bázi za 109 let 2 1 0 geny pseudogeny

3. cytosolická aspartát aminotransferáza aspartát aminotransferáza mitochondriální interleukin-6 interleukin-2 prolaktin interleukin-1 thrombomodulin laktoferin interleukin 1 IGF vázající protein aktivátor plasminogen urokinásy albumin somatotropin interleukin -7 alkalická fosfatáza střevní kortikotropin uvolňující faktor receptor somatotropinu fibrinogen  IGF vázající protein 3 inhibitor aktivátoru plasminogenu terminální transferáza receptor TGF 3 -1,4-galatosyl transferáza neurofysin II neurofysin I insulinu podobný růstový faktor 2 kyselá fosfatáza typu 5 ŕeceptor luteinizačního hormónu proopiomelanokortin alkalická fosfatáza jaterní TGF 1 neuroleukin  receptor acetylcholinu hexokináza I ornitin dekarboxyláza opsin protein disulfid osomeráza TGF 3 laktát dehydrogenáza A  receptor acetylcholinu insulinu podobný růstový faktor 1 D2 receptor dopaminu transporter glukozy TGF 2 ATP synthetáza  myelin proteolipid konexin ATP synthetáza  karboxypeptidáza 0,8 0,6 substituce/nukleotid 0,4 0,2 0

4. 100 místo vázající antigen D2 doména 80 nukleotidové záměny (100) 60 40 20 0 0 DQB vs DQB DQB vs DQB DQB vs DRB DQB vs DRB DPB vs DPB DPB vs DQB DPB vs DRB DRB vs DRB DPB vs DPB DPB vs DQB DPB vs DRB DRB vs DRB

5. 600 500 žralok 400 kapr skokan stáří molekulární (milionů let) 300 kuře aligátor 200 kunovec (vačnatec) 100 kráva (kalibrační bod) pavián 0 0 100 200 300 400 500 600 stáří paleontologické (milionů let)

6. C B A T2 T1

7. IGF vázající protein 1 1,0 trombomodulin interleukin 6 0,8 0,6 synonymní substituce 0,4 0,2 myelin proteolipid protein 0 0,2 0,4 0,6 0,8 nesynonymní substituce

8. a) somatotropin possum slepec křeček krysa myš morče slon kůň pes prase lama srnec kráva ovce králík lori makak člověk 0 1 2 2 5 2 0 2 0 1 1 1 2 0 12 5 1 17 4 50 71 4 0 0 0 0 1 100 1 0 0 150 (16) čas (mil. let) 200

9. b) prolaktin possum křeček krysa myš slon kůň kočka prase velbloud kráva ovce králík makak člověk 1 8 8 3 8 3 3 22 1 3 8 21 51 5 14 37 50 33 0 2 0 59 0 0 100 0 0 150 (13) čas (mil. let) 200

10. x3 (0,121) člověk x2 (0,192) krysa x1 (0,613) slepice

11. 0,002 0,0015 substituční rychlost 0,0010 0,0005 0 5000 10000 15000 20000 velikost populace

12. 1,0 0,8 0,6 skutečný index heterozygotnosti 0,4 0,2 0 0 0,4 0,6 0,8 1,0 0,2 očekávaný index heterozygotnosti

13. 10 hlodavci psi koně primati husy medvědi divergence sekvencí (%/milion let) želvy 1 mloci velryby pstruzi žáby želvy mořské želvy žraloci 0,1 0,01 0,1 1 10 100 1000 10000 100000 tělesná hmotnost (kg)

14. 100 80 nukleotidové záměny 60 40 20 0 0 10 15 20 25 5 doba od okamžiku divergence (mil. let)

15. a) Escherichia coli b) Saccharomyces cerevisiae 100 silně exprimované geny 100 silně exprimované geny 80 80 využítí kodónu (%) využítí kodónu (%) 60 60 40 40 20 20 0 0 CUG CUG CUG CUG CUA CUC UUG UUA CUG CUG CUG CUU 100 100 80 80 využítí kodónu (%) využítí kodónu (%) slabě exprimované geny slabě exprimované geny 60 60 40 40 20 20 0 0 CUG CUG CUG CUG CUA CUC UUG UUA CUG CUG CUG CUU

16. 0,30 0,25 0,20 substitučnírychlost 0,15 0,10 0,05 0 nesynonymní (Kn) synonymní (Ks) Kn/Ks

17. 0 4 5 3 7 14 19 17 10 18 2 6 16 13 12 8 15 20 9 11 1 B A