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Les logiciels au laboratoire de Biologie Structurale

Les logiciels au laboratoire de Biologie Structurale. Principe Organisation Accès Documentation. Commande système : ls, cp, netscape, etc. se trouve en /sbin, /bin, /usr/bin, /usr/local/bin, etc. est toujours accessible. Logiciel installé : cns, setor, truc, etc. se trouve en

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Les logiciels au laboratoire de Biologie Structurale

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Presentation Transcript

  1. Les logiciels au laboratoire de Biologie Structurale Principe Organisation Accès Documentation

  2. Commande système : ls, cp, netscape, etc. se trouve en /sbin, /bin, /usr/bin, /usr/local/bin, etc. est toujours accessible Logiciel installé : cns, setor, truc, etc. se trouve en /biolo/cns, ~/bin, /home/ripp/truc, etc. est visible à condition d’être dans le bon environnement ... Un programme

  3. Les ordinateurs

  4. L’espace disque • /home/ripp /work/ripp • /biolo /tools /local • sur DEC /biolo = /dec/biolo • sur SGI /biolo = /sgi/biolo • etc. • /local = /usr/local

  5. alias gcg8, setcns Les alias définis dans : /etc/csh.cshrc /tools/settools.com /biolo/setbiolo.com ~/.cshrc ~/.aliases vos propres alias fichier exécutable ls, cns, o, … Le fichier est accessible en temps que commande si le répertoire dans lequel il se trouve est cité dans le path (echo $path) C’est quoi une commande ?

  6. setxxxx Nous avons défini les alias setxxxx pour • mettre à jour le path • positionner des variables d’environnement • fichiers pris par défaut • valeurs initiales, etc. Pour comprendre : which setxxxx cat /biolo/xxxx/setxxxx.com

  7. Un exemple setcns(source /biolo/cns/setcns.com) set sys=`uname -s` if ( $sys == OSF1 ) set archi="dec-alpha-osf-4" if ( $sys == IRIX64 ) set archi="sgi-r8k10k-irix-6.2" unalias cnsrempath /biolo/cnsdev/$archi/object_library rempath /biolo/cns/object_library rempath /biolo/cns-0.3/object_library setenv CNS /biolo/cns-0.4 <<< important setenv CNS_PRELIB $CNS/prelib ... setenv CNS_HELPLIB $CNS_LIB/help source $CNS/$archi/arch_env addpath $CNS/$archi/object_library <<< le path addpath $CNS/$archi/utils <<< le path alias cns_help $CNS/bin/cns_help <<< d’autres alias cns_header $CNS/bin/cns_header <<< alias alias cns_info 'cat $CNS/bin/cns_info' lsx -C $CNS/$archi/utils

  8. /tools /tools/rrtools /tools/sced /tools/tex /tools/tiff /tools/timt /tools/urt /tools/xfig /tools/Rlangage /tools/aptools /tools/caldera /tools/iditis /tools/jmwtools /tools/endian /tools/java /tools/latex2html /tools/mpack /tools/mpeg /tools/perl /tools/povray /tools/raster3d /tools/raster3d-2.0 /tools/raster3d-2.3b /tools/rayshade

  9. /biolo 6d_mapman ALS ClustalW1.6 Midas Modeller2 Mopac93 Namot2 NucA Oml Pratt ProsaII3.0 Unichem3.0 Vrp Xray-s adxv arp babel-1.6 ballascope bbdep94 bbdep96 bin biotk cactvtools cathsift ccp4 clustalx cns-0.5 cnsdev confor connolly critxpl databases dejavu_etc dejavu_sgi delphi denzo1.9.1 denzonew dino discus-2.02 discus-2.02 dm dmmulti drawna ds dssp fragment grasp grs heavy hkl2000 i2tif iditis lgglib ligplot4.0 maps maputils mar marx modeller molscript molsoft mosflm msi msms namot2 ...

  10. … /biolo uhbd vmd voidoo_etc voidoo_sgi whatif xds xds1997_aout xplor xplor64 xrayview xtalview xutil_etc xutil_irix6 xutil_sgi ncbi newsetor norman novel_r nuclin-nuclsq o omac oops_all oprg over6 over622 pattern phases predict procheck profile3d promotif-v2.0 qdb rasse3.1 rave_doc rave_irix6 rave_r10k rave_sgi replace ribbons rnaang roadmap rotamer saps sas seg setor setup sfcheck.5.3 sftools sharp shelx sprout3.0 strategy threader tom trna

  11. Que fait chaque logiciel ? • … s’il y avait de la doc pour chacun, • … dans un fichier Abstract, • … au bon format …………………… • …………….. Ça se saurait !

  12. Pour le moment … on a • … des fois des README, TUTORIALs, WUP, • … peut-être des répertoires Doc • … des pages man • ………………………. ou rien • les fichiers d’installation Alire.rr (et autres)

  13. file:/home/ripp/html/labo/leslogidulabo.dir • Vous y trouverez • les README de /biolo et /tools • les *.doc • les fichiers d’installation Alire.rr • C’est en vrac … • C’est à jour aujourd’hui ...

  14. Alors n’hésitez pas • à fouiller dans les répertoires /biolo/…, • à écrire le fichier Abstract.xx, • à documenter sous HTML, • à faire part de vos remarques. • ... merci.

  15. De plus, il y en a ... • … chez chacun. Il faut donc : • les centraliser • sur /biolo/machin/… (vous en serez propiétaire responsable) • les documenter (un peu) • … ailleurs. • les essayer • les installer

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