ELVIN GIANTARA MUHARAM 230110080022

1. UJIAN KOMPREHENSIF ANALISIS KEKERABATAN IKAN MAS KOI (Cyprinuscarpio carpio koi)DAN IKAN MAS MAJALAYA (Cyprinuscarpio carpio)MENGGUNAKAN METODA RAPD DISUSUUN OLEH : ELVIN GIANTARA MUHARAM 230110080022 Dibimbing oleh : Ir. Ibnu Dwi Buwono, Msi. Yuniar Mulyani, SP. Msi.

2. LATAR BELAKANG

3. IDENTIFIKASI MASALAH Melihat sejauhmanatingkatkekerabatangenetikpada strain - strain ikanKoi (Kohaku, Tancho, Asagi, UtsiroUsuri, YamabukiOgon, danIkanMasMajalaya). Tingkat kekerabatandapatdideteksidenganteknik RAPD-PCR (Random Amplified Polymorphim DNA-Polymerase Chain Reaction). Tancho Kohaku Yamabuki Ogon

4. TujuanPenelitian Penelitianbertujuanuntukmelihatkekerabatangenetikdenganmelihatpetasidikjari(fingerprint) pada strain - strain ikanKoi (Kohaku, Tancho, Asagi, UtsiroUsuri, YamabukiOgon, danIkanMasMajalaya) denganteknik RAPD-PCR (Random Amplified Polymorphim DNA-Polymerase Chain Reaction). Shiro Utshuri Asagi Majalaya

5. MANFAAT PENELITIAN • Hasilpenelitianinidiharapkanmenjadiinformasibagi pembenih mengenaitingkatkekerabatangenetikikanKoiKohaku, Tancho, Asagi, UtsiroUsuri, yamabukiogon, danIkanMasMajalaya. • Mencegah terjadinya inbreeding pada strain ikan mas.

6. PENDEKATAN MASALAH

7. METODE PENELITIAN

8. Waktu dan Tempat • Waktu : Maretsampai Mei 2012 • Tempat : Sampel diambil di BBPBAT Sukabumi dan analisis data dilakukan di Lab. Bioteknologi FPIK

9. Alat dan Bahan • Alat • Botol plastic • Gunting • Pinset • Timbangan • Kamera • Cool box • Plastic bening • Autoclave • Microtube • Rakmikrotube • Penggerus • Centrifuge • Water bath • Mikropipetdanmicrotips • Vortex-mixer • Kulkas • Timer • Botolplastik • MesinThermal cycler • Microtube • Cetakanagarose • Hot plate magnetic stirrer • Alatelektoforesis • Power supply • Ultraviolet illuminator • Ember gelapdantertutup • Sendokpipih • Kamera digital • Computer • Freezer -200C • Spetofotometer • Timbangananalitik • Gelasukur

10. Bahan • IkanKoiKohaku, Tancho, Asagi, UtsiroUsuri, yamabukiogon, danIkanMasMajalayaberukuran 200-300 gr • Ethanol : gliserol (4:1) • Akuades • Ethanol 70% • Es curai • Es curai • CTAB (Cationic HexadecylTrimethyl Ammonium Bromide) • Merkaptoentanol • Kloroform : Isoamilalkohol (24:1) • Isopropanol • Fenol (P) : cloroform (C) : isoamilalkohol (I) 25 : 24 : 1 • Ethanol 80% dingin • TE 10:1 (1mM Tris-HCL, 0,1mM EDTA, pH 8) • Polyvinylpyrrolidone • Master mix • Primer RAPD OPA-02, OPA-03, OPA-05, OPA-12, OPA-13 • DNA • Nuklease free water (NFW) • Gel Agarose • Loading dye • Larutantrisborate EDTA (TBE) • Ethidium Bromide (EtBr) • Marker λ cut Ecor I/ hind III • Akuades • Buffer pemuat (loading buffer)

11. Prosedurpenelitian

12. HasildanPembahasan

13. Pengambilansampel Tancho Ogon Kohaku Patin

14. Sampelikan.. Majalaya Asagi Shiro

15. Isolasi DNA • MenggunakanMetoda CTAB (Mulyani 2003) Pelet DNA

16. λ K3 K4 O3 O4 M3 M4 λ K1 K2 T1 T2 O1 O2 A1 A2 S1 S2 M1 M2 P1 P2 21.226 bp 21.226 bp • Keterangan : • λ : Marker Lambda DNA/EcoR1 • K1 : sampel 1 ikan Koi strain Kohaku • K2 : Sampel 2 ikan Koi strain Kohaku • K3 : Sampel 3 ikan Koi strain Kohaku • K4 : Sampel 4 ikan Koi strain Kohaku • T1 : sampel 1 ikan Koi strain Tancho • T2 : Sampel 2 ikan Koi strain Tancho • O1 : sampel 1 ikan Koi strain Ogon • O2 : Sampel 2 ikan Koi strain Ogon • O3 : Sampel 3 ikan Koi strain Ogon • O4 : Sampel 4 ikan Koi strain Ogon λ K4 T1 O3 A1 S2 M4 P2 • A1 : Sampel 1 ikan Koi strain Asagi • A2 : Sampel 2 ikan Koi strain Asagi • S1 : Sampel 1 ikan Koi strain Shiro • S2 : Sampel 2 ikan Koi strain Shiro • M1 : Sampel 1 ikan Mas Majalaya • M2 : Sampel 2 ikan Mas Majalaya • M3 : Sampel 3 ikan Mas Majalaya • M4 : Sampel 4 ikan Mas Majalaya • P1 : Sampel 1 ikan Patin • P2 : Sampel 2 ikan Patin 21.226 bp

17. Amplifikasi DNA • MenggunakanmesinmesinMastercycler Personal dariEppendorf. • Primer OPA – 2 dan OPA - 3

18. Hasilamplifikasi DNA OPA - 2 OPA - 3 M K4 T1 O3 A1 S2 M4P2 M K4 T1 O3 A1 S2 M4P2 10000 bp 10000 bp 3000 bp 3000 bp 1500 bp 1500 bp 500 bp 500 bp

19. Analisishasilamplifikasi DNA

20. Analisiskeanekaragaman

21. Fenogram OPA 2

22. OPA - 3 • Fenogram

23. OPA - 2 dan OPA - 3 • Fenogram

24. Analisiskeanekaragaman • Strain Koikekerabatanrelatifjauhindekskesamaan 48 -53% • Strain Koikekerabatanrelatifdekatindekskesamaan 84% Tancho Shiro Kohaku Asagi Ogon

25. Lanjutan…. • HubungankekerabatanikanMasMajalayadanikanKoirelatifdengan (indekskesamaan 62%) • Primer OPA-2 lebihsensitifdibandingkan Primer OPA-3 MasMajalaya

26. Kesimpulan • Metode “Random Amplified Polymorphic DNA” dapatdigunakan untuk melihat hubungan kekerabatansampelikan Koi (Kohaku, Tancho, Ogon, Asagi, danShiro) dan ikan mas Majalaya. Hubungan kekerabatan ikan Mas Majalaya dengan ikan Koi relatif dekat. • Koi strain Kohaku, Shiro, dan Tancho memiliki hubungan kekerabatan yang relatif jauh dan berpotensi menghasilkan keturunan dengan heterozigositas tinggi. Koi strain Ogon dan Asagi memliki hubungan kekerabatan yang dekat berpotensi besar menyebabkan inbreeding. • Primer OPA-2 dapat mendeteksi hubungan kekerabatan pada setiap strain Koi dan mampu membedakan kelompok ikan Koi dan ikan mas Majalaya, sedangkan primer OPA-3 tidak mampu membedakan kelompok ikan Koi dan ikan mas Majalaya.

27. Saran • Primer OPA-2 baik digunakan untuk mendeteksi hubungan kekerabatan DNA genom pada spesies ikan Koi (Cyprinus carpio). • Perlu dilakukan penelitian lanjutan dengan jumlah sampel lebih banyak pada setiap strain ikan Koi agar menghasilkan hasil yang lebih baik.

28. TERIMA KASIH  

29. OPA - 2

30. OPA - 3