Evaluación Funcional de Redes Biológicas para la Predicción de la Estructura de las Proteínas

1. H R O | | | H-N-C-C-OH | | | H H H N Evaluación Funcional de Redes Biológicas para laPredicción de la Estructura de las Proteínas • Qué es una proteína? H R O H R O | | | | | | H-N-C-C-N-C-C-… | | | | | H H H =

2. Evaluación Funcional de Redes Biológicas para laPredicción de la Estructura de las Proteínas • Qué es una proteína? Representaciones tradicionales 7TAA PDB

3. Evaluación Funcional de Redes Biológicas para laPredicción de la Estructura de las Proteínas • Axioma: No existen dos seres vivos idénticos -Consecuencia: La estructura molecular de los seres vivos es distinta entre individuos. • Como demostrarlo? • Modelo de estudio: Estructura de proteínas (~83,000 estructuras, • 2,800 plegamientos)

4. Evaluación Funcional de Redes Biológicas para laPredicción de la Estructura de las Proteínas • Observación: No existen 2 proteínas que realicen la misma función en un organismo, si éstas no son idénticas. • Mapeo de los aminoácidos críticos para la función de las proteínas a partir • de la estructura 3D. • Evaluación de distintas formas de construcción de redes a partir de la estructura • 3D de las proteínas de gráficas y diversas medidas de centralidad • Closeness centrality (BMC Bioinformatics 2005, 6:213) • y Betweeness (trabajo en preparación)

5. Evaluación Funcional de Redes Biológicas para laPredicción de la Estructura de las Proteínas • Closeness Centrality: todo en uno.

6. Evaluación Funcional de Redes Biológicas para laPredicción de la Estructura de las Proteínas • Betweeness: todos pero en partes.

7. Evaluación Funcional de Redes Biológicas para laPredicción de la Estructura de las Proteínas • Betweeness: Confórmeros funcionales

8. Evaluación Funcional de Redes Biológicas para laPredicción de la Estructura de las Proteínas • Predicción de la estructura de proteínas Red AA críticos

9. Evaluación Funcional de Redes Biológicas para laPredicción de la Estructura de las Proteínas • Predicción de la estructura de proteínas (NIM) -Correlacionar los residuos conservados con los centrales observados en modelos -CASP6: Los modelos generados estuvieron a 2.0 A de la estructura experimental ASDFRGWENMVCLKPY A F M Y

10. Evaluación Funcional de Redes Biológicas para laPredicción de la Estructura de las Proteínas • Predicción de la estructura de las proteínas: UniGraph • Conjetura: Las redes derivadas de la estructura de las proteínas poseen • conjuntos únicos de aa centrales. - Aproximaciones: NIM, UniGraph.

11. Evaluación Funcional de Redes Biológicas para laPredicción de la Estructura de las Proteínas • Propiedades topológicas de las gráficas derivadas de la estructura 3D de las proteínas

12. Evaluación Funcional de Redes Biológicas para laPredicción de la Estructura de las Proteínas • Propiedades topológicas de las gráficas derivadas de la estructura 3D de las proteínas

13. Evaluación Funcional de Redes Biológicas para laPredicción de la Estructura de las Proteínas • Propiedades topológicas de las gráficas derivadas de la estructura 3D de las proteínas

14. Evaluación Funcional de Redes Biológicas para laPredicción de la Estructura de las Proteínas • Propiedades topológicas de las gráficas derivadas de la estructura 3D de las proteínas

15. Evaluación Funcional de Redes Biológicas para laPredicción de la Estructura de las Proteínas • UniGraph - Evaluación en CASP7 (Mayo-Agosto 2006) - Generación de grafos tipo estructura 3D de proteínas • Planteamiento de ecuaciones diferenciales para la combinatoria de • plegamientos observados.