דרכי גישה למאגר PubMed הגישה הנוחה והפשוטה היא דרך אתר הספריה הרפואית:

2. דרכי גישה למאגר PubMed • הגישה הנוחה והפשוטה היא דרך אתר הספריה הרפואית: http://library.md.huji.ac.il זוהי למעשה הדרך המומלצת משום שהיא מבטיחה גישה לעיתונים שהספריה מנוייה עליהם. • ניתן להגיע אל המאגר דרך כל מנוע חיפוש כמו גוגל למשל באמצעות הקשת המילה PubMed בתיבת החיפוש ולהגיע ישירות אל המאגר מכל מחשב המחובר לרשת האינטרנט. אם כי כאמור זוהי אופציה טובה לחיפוש בלבד.

3. Entrez PubMedהוא למעשה חלק ממערכת גדולה לאחזור מידע המבוססת על רשת האינטרנט, שפותחה ע"י המרכז הלאומי למידע ביוטכנולוגי (NCBI) : National Center for Biotechnology Information בספריה הלאומית הרפואית של ארה"ב. המערכת כוללת מאגרי מידע בתחומי מדעי החיים: רפואה, מבנה ורצף חלבונים, הגנום האנושי – ביולוגיה, טקסונומיה ועוד. PubMed הוא אם כן, מאגר אחד במערכת המאגרים הנרחבת, Entrez, לאחזור מידע בכל תחומי מדעי החיים.

4. PubMed הואשירות של הספריה הלאומית הרפואית של ארה"ב (NLM). כולל מעל 15 מליון הגדרות נושאים ביו-רפואיים משנות ה-50. בסיס המקורות הם המאגרים: • Medline – מאגר המידע הביבליוגרפי של ה-NLM המכיל כ- 13 מליון הפניות למאמרים משנת 1966, בכתבי עת בתחום מדעי החיים מתוך כ- 5000 עיתונים מארה"ב ומ- 70 מדינות מחוצה לה. חלק ניכר מן ההפניות כולל גישה לטקסט מלא, או גישה לתקצירי מחברים. תחומי הכיסוי הם רפואה, רפואת שיניים, סיעוד, וטרינריה, מערכת הבריאות, והמדע הפרה קליני. • OldMedline - מאגר מידע ובו הפניות למאמרים מהשנים 1950 – 1965, הכולל כ- 2 מליון הפניות. כיום אין אפשרות חיפוש לפי Mesh terms, במאגר זה.

5. ניתן לבצע חיפוש חופשי או לפי: • נושא • שם מחבר/ת • שנות פרסום המאמר המונחים יאותרו בשדות שונים, על ידי שימוש באופרטורים בוליאנים: AND OR NOT (באותיות גדולות – חשוב!!!) • LIMITS - ניתן לבקש הגבלה לשדה חיפוש שבו המונח יופיע, למשל בספרים או כתבי עת, בכותרת או בתקציר, בקישורים או בציטוטים, כך גם ניתן לבחור את שפת המאמר, את הגיל ואת המין של נושאי המאמר. • HISTORY- ניתן לשמור היסטוריה של חיפוש ולבצע חיפוש בתוצאות שנתקבלו ו/או נשמרו.

6. ביצוע חיפוש: 3 דרכים עיקריות • חיפוש פשוט, מילים בשפה החופשית, בהסתמך על המיפוי האוטמטי: הזנת מילים ב- Search • חיפוש באמצעות האינדקס: בשדות מוגדרים או בכולם יחד, מחבר, כותרת: חיפוש מתקדם Preview/Index • חיפוש באמצעות ה- Mesh: לפי נושאים עם תתי נושאים

7. מיפוי מונחים אטומטי מיפוי מונחים אוטומטי פירושו "בדיקת התאמה" של מונחים "בלתי כשירים" על פי הטבלאות שלהלן. מונחים "בלתי כשירים" - ללא הגדרת שדה חיפוש מראש. המונחים הנ"ל, אם כן, יעברו "בדיקת התאמה" על פי הסדר הבא: א. מול הMesh - עץ הנושאים הרפואי עליו נפרט. ב. מול טבלת תרגום מונחים ג. מול טבלת מונחים של כתבי העת ד. מול טבלה ואינדקס של מחברים בתהליך זה PubMed מתעלם ממילות עצר –stop words (in out of and) ומילות קישור.

8. MeSH הוא למעשה רשימת נושאים רפואיים מפותחת, בדמות עץ בעל ענפים כאשר כל רמה מתרחבת לרמות נוספות, למעשה זהו תיזאורוס מבוקר של הספריה הרפואית הלאומית של ארה"ב (NLM), המשמש למיפתוח מאמרים עבור ה- MEDLINE. ניתן להגיע ל MeSH בסרגל החיפוש האופקי או ברשימת הקישורים האנכית. מונחי MeSH מאפשרים אחזור עקבי של מידע עבור נושאים שניתן להגדירם במילים שונות. MeSH מארגן את התארנים במבנה היררכי כך שהדולה ימצא מאמרים באופן מדויק יותר. המבנה של MeSH מספק דרך יעילה עבור הדולה לעלעל MeSH כדי למצוא את התארנים המתאימים לו. למשל: "אקופונקטורה כעיסוק" או "אקופונקטורה כטיפול" "שעון יד" או "שעון קיר"

9. דוגמאות: • חיפוש פשוט-Search :הזנת מונחים למשל: Acupuncture AND hot flashes מתקבלות 25 תוצאות. חיפוש של Acupuncture מניב :  10786 חיפוש של Hot flashes מניב : 1453 שילוב באמצעות History: מניב גם הוא 25 תוצאות. • חיפוש באמצעות האינדקס Preview/Index: החיפוש יעשה על ידי הקשת המונחים ובחירת השדות שבהם אנו רוצים לחפש את המונח: בכותרת, בשם המחבר, בשם העיתון או כל שדה אחר מהרשימה הקיימת. כל מונח יצורף או ינותק מהמונחים הקודמים בהתאם לבקשה ((AND OR NOT כך שניתן ליצור מחרוזת חיפוש ארוכה ומורכבת כמו בדוגמה הבאה: AND risk factor [Title] AND risk factor [Mesh term][Title] anorexia Search • חיפוש באמצעות ה- Mesh : כניסה ל נושאים דרך הסרגל משמאל, הקשת מונח תציג את הנושא מהיבטים שונים, בחירה של היבט אחד ולחיצה עליו תציג את תתי הנושאים מהם ניתן לבחור את אלו הרצויים לחיפוש. (“Acupuncture Therapy" [MAJR:NoExp] OR "Acupuncture Therapy/nursing" [MAJR:NoExp]) עם קבלת המחרוזת הרצויה בתיבה אפשר לשלוח את החיפוש למאגר ה- PubMed/

10. טקסט מלא • כניסה דרך אתר הספריה מאפשרת גישה לטקסט מלא לכל העיתונים שהספריה מנוייה עליהם. • בנוסף, PubMedמכיל קישורים למאמרים בטקסט מלא של מול"ים ברשת, וקישורים לאתרים כמו ספריות ומרכזים שמציעים גישה חופשית וישירה למאמרים.

11. דוגמא לקישור/גישה לטקסט מלא: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?cmd=Select+from+History&db=pubmed&query_key=3

12. תצוגת התוצאות והקישור לטקסט מלא • האפשרותDisplay בצד שמאל מציעה צורות תצוגה שונות, בחירה באפשרות Abstract מציגה את התמצית של המאמר והקישור האפשרי לטקסט המלא, אם הוא בעיתון שלנו או מוצע באופן חופשי. הדפסה: כל מאמר ניתן להדפסה מכל מחשב בספריה: על ידי שליחה להדפסה למדפסת שבקומת הכניסה. • שימו לב: בפורמט PDF יש ללחוץ על סמל המדפסת בתוכנת Acrobat Reader, ולא על סמל המדפסת של בדפדפן. • בהצלחה