1 / 29

Temel Sitogenetik ve Nomenklatur ; Dünden Bugüne Kromozom Analizleri

Temel Sitogenetik ve Nomenklatur ; Dünden Bugüne Kromozom Analizleri. Prof. Dr. Seher Başaran İstanbul Üniversitesi, İstanbul Tıp Fakültesi, Tıbbi Genetik AD. Sitogenetiğin Tarihçesi. Kromozom,yunanca “ renkli cisim ” ( “ chroma + soma” ) (1888, Waldeyer )

alexis
Download Presentation

Temel Sitogenetik ve Nomenklatur ; Dünden Bugüne Kromozom Analizleri

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript

  1. Temel Sitogenetik ve Nomenklatur;Dünden Bugüne Kromozom Analizleri Prof. Dr. Seher Başaran İstanbul Üniversitesi, İstanbul Tıp Fakültesi, Tıbbi Genetik AD

  2. Sitogenetiğin Tarihçesi • Kromozom,yunanca“renklicisim” (“chroma + soma”) (1888, Waldeyer) • Kalıtımınfizikseltemelikromozomlardır (1892,Weissmann) • Kalıtımınkromozomalteorisivekromozomlarınyapısını, fonksiyonlarınıvehastalıkilişkisiniaraştıranbilimdalı“sitogenetik” (1902, Sutton) • Erkekler 47, dişiler 48 kromozom (1912, von Winiwarter) • Kromozomsayısı 48 (1923, Painter) • Kromozomlarboyandı (1924, Feulgen) • Kolşisin (1932, Blakeslee veEigsti) • Hipotoniksolusyonkullanıldı (1953), • Kolşisin+hipotonikşokkullanıldı (1955, Ford veHamerton) • İnsanda 2n=46 (1956, TijoveLevan) “Modern sitogenetiğinbaşlaması” • Down sendromu (1959, Lejeune) • Ph kromozomu (1960, Nowell) • “cat cry, 5p-” (1963, Lejeune) • QFA (1968, Caspersson ) • G band (1970, DretsveShaw ) • ISCN (International System for Human Cytogenetic Nomenclature,1971) • HRBT (Prometafaz, High Resolution Banding Technique, 1981) • ISH (1981) • FISH (1990, Lichter)

  3. G Bantlama (GTG) GTG- Karyotip Metafaz plağı Prometafaz plağı HRBT karyotip

  4. Metafaz Prometafaz(HRBT) ~ 500 bant çözünürlükte ~ 1 bant 6 milyon nükleotid (~6 Mb ve 10’larca gen) 450 500 600 700 bant/haploid set

  5. FluoresanIn SituHibridizasyon(FISH) Fluorescence in situhybridization (FISH) Need to suspect a specific diagnosis! Spektral karyotipleme Kromozom 21 Kromozom 13 Kromozom 18 Kromozom X Kromozom Y

  6. ~500 bant düzeyinde “Karyotipleme” • Tek test tüm genom/kromozomlar • Tüm sayısal anomaliler; 69,XXX 45,X .nucish(DXZ1x1) 47,XY,+13 .nucish(RB1x3) 47,XX,+ 21 .nucish(D21S65x3)

  7. 46,XX,5p- ~500 bant düzeyinde “Karyotipleme”Yapısal kromozom anomalilerinin araştırılmasında sitogenetik yaklaşım • Bant paternine göre • Karyotip;46,XX,5p- • Sadece delesyon ? • Derivatif kromozom ? Parental kromozom analizleri; Anne ve Baba “Normal” 46,XX,del(5)(p15.1->pter) dn FISH ile kırık noktalarının belirlenmesi ve konfirmasyon; 46,XX,del(5)(p15.1->pter).ishdel(5)(p15.1->pter)(CTNND2-) Yorum; Olgudaki 5p15.1->pter bölgesi için parsiyelmonozomininfenotipi etkilemesi beklenmektedir.

  8. ~500 bant düzeyinde “Karyotipleme” Fetus 46,XY,3p+ ,der(3)t(3;20)(p25.3;p11.2) mat ,der(3)(20pter->20p11.2::3p25.3->3qter)mat Anne 46,XX,t(3;20)(p25.3;p11.2) Yorum;Fetus, annedeki translokasyonunAdjacent-1 dağılımı ürünü derivatif 3 kromozomunu taşıdığından 20pter->p11.2 bölgesi için trizomik ve 3p25.3->pter bölgesi için monozomiktir ve fenotipik olarak etkilenmesi beklenmektedir.

  9. Kompleks Kromozom Anomalilerinin Aydınlatılması 46,XY,t(2q;8q;13q)? 2pq wcp 2pq subtel 46,XY,t(8;13)(q24.13;q21.2).ish ins(2)(p16.2q33.2q22.2)(wcp2, wcp8, wcp13, 2pqsubtel).ish ins(2)(pter->p16.2::q33.2->q22.2::p16.2->q33.2->qter)dn Karaman et al. 2009 Yorum;Mikroskobik olarak dengeli görünen bu de novo kompleks kromozom anomalisinin fenotip üzerine etkisinin a-CGH tekniği ile araştırılması gerekmektedir.

  10. ~500 bant düzeyinde “Karyotipleme” • Klinik yönlendirme varsa bilinen mikrodelesyon sendromları (~ 3-5Mb) • Klinik yönlendirme varsa bilinen mikrodelesyon sendromları (~ 3-5Mb) B A A. 46,--,del(22)(q11.2) . ishdel(22)(q11.2q11.2)(D22S75-) Yorum; Olguda saptanan 22q11.2 bandındaki delesyonunfenotipi etkilemesi beklenmektedir. Bu delesyon DGS/VCFS ile uyumludur. B. 46,--(D22S75x2) Yorum; FISH incelemesinde D22S75 probu ile delesyonsaptanmamıştır.

  11. Marker kromozom:Çoğunlukla normal kromozom setine ilave, rutin bantlama teknikleri ile tanınamayan kromozomlar D15Z4 47,XY,+mar SNRPN 47,XY,+mar 47,XY,+idic(15)(q12)(D15Z4++,SNRPN++) Yorum; 15. kromozom kökenli, izodisentrik ilave kromozom, olguda 15p->15q12 için tetrazomiye yol açmaktadır ve fenotipi etkilemesi beklenmektedir. Marker kromozomların yarısı fenotipi etkilemeyen ökromatin taşımayan kromozomlar olduğundan kromozomal kökeninin ve içeriğinin belirlenmesi gerekir (FISH veya a-CGH) !!!!

  12. KromozomalPolimorfizmler 1, 9, 16 ve Y ve tüm akrosentrik kromozomlarda sentromer, satellit bölgelerinde görülen uzama, duplikasyon, inversiyon, kısalma gibi özellikler “polimorfik bulgu” olarak tanımlanır ve toplumda yaygındır, sorun yaratmaz. Örn; inv9, Yqh++, 13ps++ Ender görülen heterokromatin bölge değişiklikleri ise yanlış tanıya götürebilir. Bu nedenle değişimin fenotip üzerine etkisi diğer tekniklerle araştırılmalı ve doğru tanıya gidilmelidir.

  13. Polimorfizm ya da yapısal anomali?? 46,--,22p+. ishdup(22)(q11.1->q13.1) (wcp22, N25x2) Yorum; duplikasyon 22q11.1->q13.1, Fenotipi etkilenmesi beklenmektedir. 46,--,22ps++ Yorum;polimorfik bir özellik ve fenotipi etkilemesi beklenmemektedir

  14. Mozaisizm • Tanım: Birorganizmada aynıbirzigottan kaynaklanan farklı genetik yapıda hücrelerinbulunmasıdır. • Mozaisizm, kromozom anomalileri ya da tek gen mutasyonları için olabilir. • Bir doku ile de sınırlı kalabilir. • FetalKromozom Analizlerinde Karşılaşılan Mozaisizmler ve Sınıflandırması: • 1. Psödomozaisizm(yalancı): Fetustabulunmayan • a. Tek kapta/klonda “Tekhücremozaisizmi (SCM)”- 1. düzey • b. Tek kapta “Çokhücremozaisizmi (MCM)”- 2. düzey • 2. >2 kap/klonda “Gerçekmozaisizm”- 3. düzey • Aynıbirkromozomanomalisinin; • farklıkültürkaplarında (“flask tekniği) • yadafarklıpreparatlarda (insitu tekniği) • >2 metafazda (monozomilerde >3 metafazda) • saptanmasıile“gerçekmozaisizm”tanısıkonur. • mos 45,X [25]/47,XXX [25]/46,XX [15] Mozaik Turner sendromu • mos 46,XY [25]/47,XY,+21 [25 ] Mozaik Down sendromu

  15. Fetalkaryotip analizlerinde mozaisizm saptanırsa?? Kadın-Doğum uzmanları ne bilmek ister? • Fetusnormal ? anormal ? • Kötü gebelik prognozu için risk artmış mı? Kadın-Doğum uzmanları ne duymak istemezler? • Yeni girişimler, ilave incelemeler, vs..

  16. yanlış doğrusu Örnek Olgu Rapordaki Bilgiler;İsim, materyalin cinsi (amniyon mayii), tarih ve “Amniyon sıvısı kültürlerinden elde metafaz plaklarının GTG bant tekniği ile yapılan mikroskobik değerlendirmesinde; 50 metafaz plağında; 38 plakta 46,XY 9 plakta 47,XXY 3 plakta 47,XY,+21 1 plakta 48,XXY,+21 kromozom kuruluşu gözlenmiştir. Gözlenen çoklu mozaik yapı nedeniyle fetusun kromozom kuruluşunun belirlenebilmesi için kord kanının değerlendirilmesi gereklidir.” • En önemli bilgi bu anomaliler kaç kültür kabında gözlendi?? • Amniosentez tekrarlandı ve sonuç; • fetus gerçek mozaik Klinefelter idi, • trizomi 21’ li hücreler ise görülmedi ve aile gebeliğe devam kararı aldı.

  17. İleri anne yaşı ve patolojik USG nedeniyle uygulanan CVS de Direkt Preparasyon 46,XX,5p+ 46,XX,5p+.ishidic(5)(p13.3)(wcp5pq++subtel5p-,5q++)

  18. Hücre Kültürü; 46,XX,del(5)(p13.3->pter)(subtel5p-) Fetalkaryotip; mos 46,XX,idic(5)(p13.3)/46,XX,del(5)(p13.3->pter)(subtel5p-) Yorum; Fetus 5p13.3->pter için monozomi ve 5p13.3->5qter için trizomi taşımaktadır. Mozaisizmin dokulara dağılımı kesin olarak belirlenemez. Fetusunfenotipinin etkilenmesi beklenmektedir.

  19. Olgu Kontrol Moleküler Karyotipleme Cy5 Cy3

  20. KARYOTİPLEME vs ARRAY • Wapner R, ISCA (InternationalStandartsforCytogenomicArrays) • 2012 Mikroarray Çalışma Sonuçları; • 4391 olgudan 51 olguda array sonuçsuz, başarı %98,8 • 4282 nonmozaikkaryotip ve 58 mozaik karyotip

  21. Wapner R, ISCA (InternationalStandartsforCytogenomicArrays) 2012 Mikroarray Çalışma Sonuçları; Normal karyotip saptanan prenatal olgu n:3822 1) Klinik anlamı bilinmeyen CNVs n: 94 (%2.5) Rapor edilmeyen CNVs n: 33 (%0.9) Rapor edilen CNVs n: 61 (%1.6) 2) Patolojik CNVs n: 35 (%0.9) Endikasyon gruplarına göre klinik ile ilişkili CNVs İleri anne yaşı n: 1966 n:34 %1.7 Positiv Tarama Testi n:729 n:12 %1.6 Patolojik USG n:755 n:45 %6 Klinik ile ilişkili CNVs %2.5

  22. Karyotipi “Normal” prenatal olgularda array sonuçları; Schaffer LG, et al, 2012;PrenatDiagn, 32, 979-985

  23. Olgu KS 112 Karyotip endikasyonu; PATUSG (ventrikulomegali, CCA, ikiz eşi)Karyotip; 47,XX,+mara-CGH endikasyonu; marker kromozomun aydınlatılması 47,XX,+mar. arr 9p24.3-q21.11 (0-71,226,556)x4/ 9p24.3-p23(0-10,016,576)x6

  24. Konfirmasyon; FISH wcp 9 arm spesifik 9 p ve q subtelomerik prob 47,XX,+mar1/48,XX,+mar1,+mar2 [56/4]. ish 47,XX,+i(9)(p?)/ 48,XX,+i(9)(p?), +idic(9)(q21) 9ptel30(43N6x6, wcp9p++/wcp9q+, D9Z3++)[56/4]. arr 9p24.3-q21.11 (0-71,226,556)x4/ 9p24.3-p23(0-10,016,576)x6 Yorum; Olguda saptanan 2 marker kromozom da 9. kromozom kökenlidir. Olgu 9p24.3->q21.11 bölgesi için tetrazomi ve 9p24.3->p23 bölgesi için hekzazomi taşımaktadır. Bu anomalinin fenotipi etkilemesi beklenmektedir.

  25. Olgu GDPrenatal tanı endikasyonu; İleri anne yaşı+2’li testte artmış risk+ICSI (donuk embriodan)CVS Karyotipi 13.GH; 46,--,t(2;4)(p23;q31.1)dna-CGH endikasyonu; görünürde dengeli de novoresiprokaltranslokasyona-CGH sonucu normal 22. GH, 2. düzey USG; Ense plisi kalınlığında artış PTPN11 dizi analizi; 13. ekzondaheterozigot c.1529A>C de novo (Leopardsendromu’nda tanımlanmış bir mutasyon)

  26. Kromozom Anomalierinin Tanısında Kullanılan Teknikler Tüm genomu inceler Dengeli kromozom anomalilerini tanır Düşük oranlı mozaikler saptanır 3n/4n tanısı mümkün Rezolüsyon daha düşüktür (5-10 Mb) Hücre kültürü gerektirir Tanı subjektiftir Otomatizasyon zordur Lokusa /kromozoma özeldir Rezolüsyonu yüksektir <3Mb) Otomatizasyona uygundur 3n/4n tanısı mümkün Endikasyona göre hücre kültürü gerekir Endikasyona göre kullanılır Tüm genomu inceler Rezolüsyonu en yüksek (>100 Kb) Hücre kültürü gerekmez Otomatizasyona uygundur Dengeli kromozomal değişimleri tanıyamaz Düşük oranlı (<%10) mozaikleri tanıyamaz Bioinformatik çalışma gerektirir Henüz pahalı

  27. ACOG (2009; ObstetandGynecol, 114:5,1161-1163) • SIGU çalışma grubu (2012;UltrasoundObstetGynecol, 39:384-388) • konvensiyonelkaryotipinyerini almaması gerektiği, • tüm gebeliklerde genel tarama için değil seçilmiş gebeliklerde özel tanı amacıyla kullanılması gerektiğini, • prenatal tanıda özel endikasyonlarda; • izole veya multiple USG anomalisi saptanan gebelikler • ii) karyotip analizinde dengeli bile görünse de novo yapısal kromozom anomalilerinde • marker kromozomların karakterizasyonunda tamamlayıcı ikinci bir test olarak kullanılmasını önermektedir • “hedefe yönelik array” testi öncesinde ve sonrasında verilecek danışmalarla, anne babalar a-CGH in tüm patolojileri yakalayamayabileceği ve a-CGH sonuçlarının yorumunun zor olabileceği konusunda bilgilendirilmeli • Array faydalı bir test olmakla birlikte, ilave çalışmalar (parental testler, konfirmasyonlar) gerekebilir ve maliyet artar

  28. ı

More Related