Kompleksne DNA populatsioon, näiteks genoomne DNA, totaalne cDNA teatud koest jne.

1. Kompleksne DNA populatsioon, näiteks genoomne DNA, totaalne cDNA teatud koest jne. Spetsiifiline amplifitseerimine (DNA kloneerimine) Spetsiifiline detektsioon Spetsiifiliste DNA järjestusete üldised uurimismeetodid Meetodid Rakuline (in vivo) kloneerimine DNA kloneerimine in virto PCR-i abil Molekulaarne hübridisatsioon 1. Sobiv peremeesrakk 2. Replikon 3. Vahendid võõrDNA sisestamiseks replikoni ja selle ülekandeks peremeesrakku 1. Termostabiilne DNA polümeraas 2. Informatsioon järjestuse kohta, mille alusel saab sünteesida spetsiifilised praimerid 1. Märgitud DNA või RNA proov 2. Prooviga seondunud fragmentide detekteerimine Mida on selleks vaja

2. Hübridisatsiooni proovid Tüüp DNA RNA Oligonukleotiid DNA rakuline kloneerimine või PCR Transkriptsioon sobivasse vektorisse kloneeritud DNA-lt Keemiline süntees Päritolu Tavaliselt kahe- ahelaline 0,1 kb kuni 100 kb DNA kloonide puhul; 0,1 kb kuni  20 kb PCR-i produktide puhul Üheahelaline, kuni mõni 1000 nukleotiidi Üheahelaline tavaliselt 15-50 alust pikk Proovi iseloomustus Tavaliselt DNA polümeraasiga Riboproov Otsmärkimine Märkimine

4. DNA, RNA ja oligonukleotiidide perfektsete hübriidide Tm-e saab välja arvutada vastavate valemite alusel: DNA-DNA hübriidi jaoks Tm=81.5°C + 16.6 (log M) + 0.41 (%GC) – 0.61 (% form) – 500/L RNA-DNA hübriidi jaoks Tm= 79.8°C + 18.5 (logM) + 0.58 (%GC) – 11.8 (%GC)2 – 0.56(%form) – 820/L Mon monovalentsete katioonide molaarsus %GCon guanosiini ja tsütosiini protsent DNA-s %form on formamiidi protsent hübridisatsiooni lahuses L on dupleksi pikkus aluspaarides