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Analisi di sequenze

Analisi di sequenze. Iniziamo con operazioni semplici ... Il formato FASTA Uso di ReadSeq Esempi. Analisi di sequenze. Inverso complementare Uso di BCM Reverse Complement Esempi. Traduzione Il codice genetico Senza sovrapposizione  triplette  codoni

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Analisi di sequenze

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Presentation Transcript

  1. Analisi di sequenze Iniziamo con operazioni semplici ... Il formato FASTA Uso di ReadSeq Esempi

  2. Analisi di sequenze • Inverso complementare • Uso di BCM Reverse Complement • Esempi

  3. Traduzione • Il codice genetico • Senza sovrapposizione  triplette  codoni • 20 amminoacidi e 4 nucleotidi  4, 42, 43=64  piu’ parole del necessario  degenerazione (tutti i codoni hanno un significato  alcuni aa sono specificati da piu’ codoni. • Numero di codoni per aa: da 1 a 6 • Vacillamento nella terza posizione. Analisi di sequenze

  4. Es. Serina Codone tRNA anticodone UCU o UCC tRNAser1 AGG + vacillamento UCA o UCG tRNAser2 AGU + vacillamento AGU o AGC tRNAser3 UCG + vacillamento Codoni di STOP: UAG, UGA e UAA Diversi codici genetici Codice genetico mitocondriale di animali • AUA  Met invece di Ile • UGA  Trp invece di STOP • AGA e AGG  STOP invece di Arg (UAA, UAG, AGA, AGG) Altri codici in micoplasmi, protozoi e funghi.

  5. Uso di BCM 6 frames translation

  6. Mascheramento 25% del genoma degli eucarioti e formata da DNA altamente ripetitivo Ripetizioni in tandem, DNA a sequenza semplice (LCR regioni a bassa complessita’) Sequenza delle ripetizioni e’ specie specifica Primati: alpha satellite 340 basi Minisatellite (6 bp) telomeri Microsatellite (unita’<4 bp, <150 ripetizioni) Uso di BCM RepeatMasker

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