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Famiglie di DNA ripetuto

Famiglie di DNA ripetuto. Lezione 7. Famiglie di DNA ripetuto non genico. DNA RIPETUTO IN TANDEM: i blocchi possono mappare su piu’ cromosomi a seconda delle dimensioni medie delle unita si suddivide in:. DNA satellite DNA minisatellite DNA microsatellite.

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Famiglie di DNA ripetuto

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Presentation Transcript

  1. Famiglie di DNA ripetuto Lezione 7 By NA

  2. Famiglie di DNA ripetuto non genico • DNA RIPETUTO IN TANDEM: i blocchi possono mappare su piu’ cromosomi a seconda delle dimensioni medie delle unita si suddivide in: • DNA satellite • DNA minisatellite • DNA microsatellite • DNA RIPETUTO INTERSPERSO: Le singole unita’ sono sparse nel genoma. Contengono sequenze che possono essere retrotrasposte attraverso un intermedio di RNA. By NA

  3. Il DNA satellite Al pari del DNA codificante si distingue in: ripetuto in tandem intersperso RIPETUTO IN TANDEM SATELLITE, tipico delle sequenze centromeriche (a-satellite, monomero di 171 bp) MINISATELLITE, monomero 6-64bp, altamente polimorfico. Utilizzato per esami di fingerprint del DNA. Es.DNA telomerico (TTAGGG) MICROSATELLITE, 2-4 bp ripetuti in tandem. Espansioni di triplette sono responsabili di alcune patologie By NA

  4. DNA ripetuto in tandem By NA

  5. DNA ripetuto in tandem By NA

  6. Origine DNA ripetuto By NA

  7. HSA C-BANDE By NA

  8. PTR Eterocromatina By NA

  9. GGO C-BANDE By NA

  10. Il centromero cinetocore By NA

  11. Struttura del centromero pairing domain: INCENP cohesin outer plate: CENP-E CENP-F Dynein Mad’s Bub’s kinetochore microtubules kinetochore central domain: CENP-B a-satellite DNA inner plate: cenDNA CENP-C CENP-A CENP-G CENP-H CENP-I middle plate By NA

  12. Le proteine centromeriche CENP-C CENP-A/CENP-C CENP-B Inner Plate Central domain By NA

  13. SATELLITI CENTROMERICI UMANI By NA

  14. DNA ALFOIDE HOR: higher order repeat By NA

  15. DNA alfoide organizzazione genomica Enzimi di restrizione diversi su genomico totale umano pBR12 Decamero Tetramero Dimero By NA

  16. DNA alfoide:mappatura Genomico totale di ibridi somatici uomo-hamster digeriti con lo stesso enzima HSA CHO pBR12 By NA

  17. Variabilta’ dell’alfoide nella popolazione 23 kb 9.4 6.5 4.3 2.3 2.0 Genomici totali di individui diversi digeriti con lo stesso enzima pBR12 By NA

  18. Alfoide specifico per il crom.Y pLAY5.5 By NA

  19. Alfoide specifico per il crom.X pDMX1 By NA

  20. Alfoide specifico per il crom.15 pMC15 By NA

  21. Alfoide per i crom.13,21 13 13 21 21 p21ZA Questi cromosomi condividono l’alfoide anche ad alta stringenza By NA

  22. Alfoide per i crom.14,22 14 22 14 22 Questi cromosomi condividono l’alfoide anche ad alta stringenza By NA

  23. PRINS a1-a2 si vedono alfoidi anche in regioni non centromeriche PCR in situ: un ciclo di estensione con primers costruiti sulla sequenza consensus • sono le tracce di riarrangiamenti avvenuti durante l’evoluzione recente By NA

  24. L’uomo e le great apes HSA PTR • Un po’ di dati sulle divergenze: • HSA-PTR (Pan troglodytes) 5.5 mya • HSA-GGO (Gorilla gorilla) 6.7 mya • HSA-PPY (Pongo pygmeus) 8.2 mya GGO PPY • Alcune differenze citogenetiche: inversioni pericentriche e paracentriche fusione per dare l’attuale cromosoma 2 traslocazione reciproca in GGO tra 5 e 17 Localizzazione dell’eterocromatina By NA

  25. Il cariotipo comparativo By NA

  26. Il cromosoma 2 di HSA HSA PTR GGO PPY HSA PTR GGO PPY 2 HSA=uomo PTR= scimpaze’ GGO=gorilla PPY=orango By NA

  27. LISTA DI ALFOIDI probe chr. pBR12 12 p14.1 14+22 pMC15 15 pZ16A 16 pZ17-14 17 2Xba 18 pZ20 20 pZ21A 21+13 pI90.22 22 pDMX1 X pLAY5.5 Y pTRI-6 Sat.I pTRI-2 Sat.III probe chr. pAL1 1 pBS4D 2 pAE0.68 3 p4n1/4 4 pZ4.1 4+9 pZ5.1 5+1+19 pG-A16 5+19 pEDZ6 6 pZ7.5 7 pZ8.4 8 pMR9A 9 pZ101.3 10 pRB11 11 Ognuna di queste sonde e’ diversa per organizzazione genomica, HOR anche quelle che mappano sullo stesso cromosoma: questo vuol dire che ogni cromosoma ha piu’ di un subset, inoltre a bassa stringenza..... By NA

  28. FISH a bassa stringenza Una sonda specifica per un cromosoma riconosce anche altri centromeri.... Ma sempre gli stessi e ogni alfoide specifico per uno di loro, vede anche gli altri e solo quelli p2Xba (fam.2) pDMX1 (fam 3) By NA

  29. Famiglie sopracromosomiche 1: 1-3-5-6-7-10-12-16-19 2: 2-4-8-9-13-14-15-18-20-21-22 3: 1-11-17-X 4: Y Alexandrov et al.1993 Questa classificazione e’ operativa, probabilmente evidenzia un meccanismo evolutivo che ha generato questi raggruppamenti By NA

  30. Organizzazione di subset diversi sullo stesso cromosoma Monochr. hybrid (#19) Sonde alfoidi specifiche per (1-5-19) (5-19) Fibre By NA

  31. Organizzazione di subset diversi sullo stesso cromosoma Cromosoma 18 Fibre By NA

  32. Organizzazione di subset diversi sullo stesso cromosoma Cromosoma 15 Fibre By NA

  33. Organizzazione di subset diversi sullo stesso cromosoma Cromosoma 4 Fibre By NA

  34. Organizzazione di subset diversi sullo stesso cromosoma Cromosoma 1 Fibre By NA

  35. Sonda alfoide p82H su cromosomi di babbuino By NA

  36. Cromosomi di topo By NA

  37. GGO HSA X X X Cosa succede se si ibridano le sonde umane su cromosomi di Great Apes? pDMX1 By NA

  38. GGO 12 12 Cosa succede se si ibridano le sonde umane su cromosomi di Great Apes HSA 12 12 pBR12 By NA

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