SNELLE (MOLECULAIRE) DIAGNOSTIEK VAN KLEINE (GEVAARLIJKE) BEESTJES

SNELLE (MOLECULAIRE) DIAGNOSTIEK VAN KLEINE (GEVAARLIJKE) BEESTJES van high tech tot Senseo Dr. J. FransKlinisch Laboratorium Ipodium, 15/03/2008

WAT IS SNEL IN MICROBIOLOGIE? (kweek) • VROEGER (sputumkultuur): 3 dagen • Maandag: bodems maken, enten, gramkleuring • Dinsdag: aflezen primaire bodem en inzetten identificatiereeks en antibiogram • Woensdag: identificatiereeks en antibiogram aflezen; antwoorden (per brief) • NU (sputumkultuur): 1,5 dagen • Maandag: bodems nemen, enten, gramkleuring • Dinsdag: aflezen primaire bodem en om 8:00u inzetten op automaat (VITEK); ‘s middags rond 15:00u zijn er al afgewerkte resultaten (online)

WAT IS SNEL IN MICROBIOLOGIE? (antigen) • Via snelle antigendetectie, heel wat betrouwbare diagnostiek beschikbaar op primaire staal, binnen het kwartier: • Bloed: Malaria, (Mycoplasma IGM), EBV IgG en IgM, Paul&Bunnel • Feces: Adenovirus 40-41, Clostridium toxines, Helicobacter pylori, Rotavirus, Cryptosporidium,Giardia • Naso-pharyngeale wisser: Influenza, RSV • Urine: Legionella, S. pneumoniae Probleem: kost

WAAROM MOLECULAIRE? • Probleem: heel wat organismen zijn zeer moeilijk (langzaam) kweekbaar of aanvankelijk in heel kleine getallen aanwezig • Bv. Hepatitisvirussen, C. trachomatis, P. jirovecii • 1983: Kary Mullis: PCR • (idee tijdens nachtelijke rit langs Highway 1 na feestje) • 1993 Nobelprijs chemie http://www.virusmyth.net/aids

MOLECULAIRE: EXTRACTIE

MOLECULAIRE: AMPLIFICATIE

F F F F Q Q Q Q MOLECULAIRE: DETECTIE NASBA reactie 20 µl Fluorescent signaal (real-time) Normalized fluorescence 0 10 20 30 40 50 60 Time (minutes)

MOLECULAIRE: VOLAUTOMATISCH? • GeneXpert Technology (Cepheid) • “Sample in, Answer out” • TAT < 60 min, all inclusive • Biohazard Detection System • United States Postal Service • Anthrax testing in mail sorting facilities • Uitbreiding • Y. pestis, F. tularensis • Klinisch • MRSA (Imelda) • 28,80 EUR reagenskost • Enterovirus • 67,70 EUR reagenskost • Tumordetectie peroperatief http://www.cepheid.com/mrsa/video.html

MOLECULAIRE: SEQUENCING • Principe: Het 16 S ribosomaal RNA gen is sterk bewaard • Binnen eenzelfde species en tussen species van hetzelfde genus • Kunnen we dit stuk amplificeren, in stukken knippen, sequentie bepalen en de uitkomst vergelijken met een “genbank”? • Nieuwe “gouden standaard” voor identificatie van bacteriën tot op species niveau • Op gegroeide kolonies bacteriën • Rechtstreeks op staal!! • Casus: jongedame met pleura-empyeem door S. pyogenes • Casus: Histoplasma capsulatum bijnieren • Samenwerking labo VJZ-Hasselt (Dr. R. Cartuyvels): bacteriën • Samenwerking labo H-Hart Roeselare (Dr. E. Delaere): fungi • Voorlopig niet mogelijk voor virusdiagnostiek

MOLECULAIRE: MICRO-ARRAY

MOLECULAIRE: DAGELIJKSE PRAKTIJK • Chlamydia pneumoniae (BA, BAL, NP) • Chlamydia trachomatis (O, U, W) • CMV (A, B, O, U) • EBV (B) • Enterovirus (B, CSV, F, W) • HBV (S) • HCV (S) • HIV (B) • hMPV (NP) • HPV (+mRNA) (W) • HSV (BA, BAL, CSV, O, S, W) • Mycobacterium tuberculosis (Sp) • Mycoplasma pneumoniae (BA, BAL, NP) • Norovirus (F) • Parvo B19 (A) • Pneumocystis jirovecii (BA, BAL) • Polyomavirus (CSV, U) • Toxoplasma (A, CSV, O) • VZV (CSV, O, W) A: Amniosvocht B: Bloed (EDTA) BA: Bronchusaspiraat BAL: Broncho Alveolaire Lavage CSV: Cerebrospinaal Vocht F: Faeces NP: Nasopharyngeale wisser O: Oog S: Serumbube Sp: Sputum U: Urine W: Wisser Reeds uitgevoerd in Imelda

SNELLE (MOLECULAIRE) DIAGNOSTIEK VAN KLEINE (GEVAARLIJKE) BEESTJES