AMİNO ASİTLERİN ÖZELLİKLERİ

1. AMİNO ASİTLERİN ÖZELLİKLERİ Prof. Dr. Esma GÜR

2. H COOH H + R – C – NH2 R – C – NH3 pH= 7 - COO ZWİTTERİYON İNSAN VÜCUDUNDA -amino asitler hakim

7. CO N R CORN prensibi ile L- amino asit (L-Ala)

8. Alifatik amino asitler

9. Aromatik amino asitler

10. Bazik amino asitler

11. Asidik amino asitler

12. Nötral-polar amino asitler

13. Yapısal önemi olan amino asitler

14. - + • [H ] [A ] Ka = [HA] - - [A ] [A ] -log Ka = -log [H ] - log + [HA] [HA] pH = pKa + log Denge Sabiti(Ka) Dissosiasyon Kat Sayısı -logKa = pKa

15. pKa1 + pKa2 pI = 2 pI = İzoelektrik Nokta Amino asitin 2’den fazla dissosiye olan grubu var ise pI = nötral formun iki tarafındaki pKa’ ların ortalamasıdır.

16. pI = (2.35 + 9.69) / 2 = 6.02

17. 2.09 3.86 9.8 pI = (2.09 + 3.86) / 2 = 2.98

18. Glutamik Asit

19. pKa1=3.2 pKa2=4.25 pKa3=9.67 pI = (3.2 + 4.25) / 2 = 3.7

20. pI = (9.2+ 10.8) = 10.0 2.16 9.2 10.8

22. Amino AcidpKa for a-COOHpKafor a-NH3+ pKa for R group Glycine2.349.6 Alanine2.349.69 Leucine2.369.6 Serine2.219.15 Threonine2.6310.43 Glutamine2.179.13 Aspartic acid2.099.823.86 Glutamic acid2.199.674.25 Histidine1.829.176.0 Cysteine1.7110.788.33 Tyrosine2.209.1110.07 Lysine2.188.9510.53 Arginine2.179.0412.48

23. 2 Doğru cevap seçin: • PK değerinin altındaki pH’ da iyonize olabilen gruplar protonlanır. • Eğer bir molekül düşük pK değerine sahipse, bu molekülün protonlara ilgisi yüksektir. • Asetik asitin pK’sı =4.7 dir. pH 7.4 de sadece asetik asit bulunur. • Amino asitler gibi moleküllerin sadece 1 pK değeri olur. • pK, amino asitlerin birbirine bağlanma şeklini tahmine yarar. • Eğer ortamın pH’sı X molekülünün pK sından yüksek ise, X molekülünün proton kaybetmiş formu hakim olur.

24. Proteinlerde Primer Yapının Saptanması • Örnek hidrolizi (6 M HCl 110°C 24 sa.) • Sekans (dize) Analizi : protein polipeptidlera.a. analizi veya Edman reaksiyonu Br-CN ile parçalanma

27. Edman reaksiyonu ile a.a. dizesi saptanması Fenil izotiyosiyanür

28. Amino asid dizesi saptanırken; • Protein zinciri denatüre edilerek çözülür • S-S bağları açılır • Daha küçük peptidlere parçalanır (proteazlar ile) • Küçük peptidlerin (oligopeptidler) dizeleri saptanır. • Büyük proteinin a.a. dizesi hesaplanır

29. (H3N-) Gly-Arg-Phe-Ala-Lys-Trp-Val(-COO) Tripsin (Lys ve Arg C-terminalinden) Gly-Arg + Phe-Ala-Lys + Trp-Val Gly-Arg + Phe-Ala-Lys + Trp-Val (H3N-) Gly-Arg-Phe-Ala-Lys-Trp-Val(-COO) Kimotripsin (Aromatik a.a.lerin C-terminalinden) Gly-Arg-Phe + Ala-Lys-Trp + Val(-COO) Gly-Arg Phe-Ala-Lys Trp-Val Gly-Arg-Phe Ala-Lys-Trp Val

31. Amino Asitlerin Kullanıldığı Reaksiyonlar • Peptid bağı oluşumu • Transaminasyon • Dekarboksilasyon • Deaminasyon

32. Peptid bağı oluşumu

38. Peptid zinciri

39. Peptid bağını gösterin.

40. Özel bir bağ: Disülfit bağı (S-S bağı)

43. Transaminasyon

44. AST (Aspartat Transaminaz)

45. Transaminasyon reaksiyonları -amino asit Enzim-Piridoksal -aminoasit -keto asit Enzim-Piridoksamin -keto asit

46. ALT reaksiyonu Alanin ALT -Piridoksal Glutamat Piruvat ALT-Piridoksamin -keto glutarat

47. Dekarboksilasyon