1 / 35

Инструкция DeepView – The Swiss- PdbViewer

Федеральное агентство по образованию Федеральное государственное автономное образовательное учреждение высшего профессионального образования «СИБИРСКИЙ ФЕДЕРАЛЬНЫЙ УНИВЕРСИТЕТ» Институт фундаментальной биологии и биотехнологии Кафедра биофизики. Инструкция DeepView – The Swiss- PdbViewer.

chaz
Download Presentation

Инструкция DeepView – The Swiss- PdbViewer

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript

  1. Федеральное агентство по образованию Федеральное государственное автономное образовательное учреждение высшего профессионального образования «СИБИРСКИЙ ФЕДЕРАЛЬНЫЙ УНИВЕРСИТЕТ» Институт фундаментальной биологии и биотехнологии Кафедра биофизики Инструкция DeepView– The Swiss-PdbViewer Display Modes EC 1.15.1.1Супероксиддисмутаза Артеменко Карина Красноярск 2014

  2. Режимы отображения 3 режима отображения

  3. Display>Slab - Сечение изображения • Глубину плиты можно регулировать в Preferences> Display superoxide dismutase (Fe) Normal and slab display.

  4. Нормальный Режим отображения • Этот режим используется по умолчанию для Mac и Windows. Это позволяет быстро реальный отображение времени и высокую частоту кадров рендеринга. Таким образом, это наиболее подходящий режим для простой работы. • Этот режим позволяет применять все команды DeepView, в том числе всех вычислений и инструментам настройки. • Под Preferences меню вы можете настроить несколько вариантов, регулирующие внешний вид молекул при нормальном дисплее.

  5. 3D - изображение 1. Use OpenGL Rendering - ОтображаютсяЛенты и Поверхности 2. Render in solid 3D - Отображаются боковые цепи

  6. Управление изображением

  7. Preferences>Ribbons

  8. Preferences>3D Rendering

  9. Другие 3D-функции, которые можно установить вPreferences>3DRenderingsвключают в себя: • использование сеток для рисования твердых объектов: это сделает более хорошие, но медленные, изображения • реальное время показа твердых изображений Наконец, нажав Preferences>3D Light, для определения позиции и интенсивности до трех источников света для освещения 3D визуализации.

  10. Текущие ограничения OpenGL 3D визуализации включают в себя: • Mac только: изображения появляются в 256 цветах на экране (но они будут всегда экономиться в миллионах цветов). Вы должны выделить достаточный объем оперативной памяти для программы, так чтобы все изображения (24 бита) могли находиться в памяти. • Изображения, больше, чем экран, не могут быть предоставлены (для больших изображений следует использовать POV-Ray).

  11. POV-Ray изображение • File>Save>Pov3 или File>Save>MegaPov (то же самое как Pov3, но с еще более гладкими цветами)

  12. STEREOSCOPIC MODES • Click Display>Stereo View:это включает вид стерео и выключает. • Swiss-PdbViever поддерживает три различных стерео режима: красный и синий (red and blue), бок о бок (side by side), и аппаратное стерео (hardware stereo). • Stereoscopic View Settings Preferences>Stereo Display. По умолчанию используется режим Side by side.

  13. Red and blue Отображаются красные и синие перекрывающиеся изображения. Красное изображение вращается -2 градуса вокруг вертикальной оси и синее изображения вращается +2 градуса: Preferences>Stereo Display. Угол поворота между двумя изображениями (2+2=4° по умолчанию).

  14. Side by side Левое изображение - изображение контроля. По умолчанию левое изображение вращается –2 градуса вокруг вертикальной оси, правое изображение +2 градуса:

  15. Два фактора, корректируемые в диалоговом окне Stereoscopic View Settings dialog, влияющие на“side by side” стерео восприятие: • угол поворота в градусах • разделение в пикселях

  16. Hardware stereo Два режима стерео: • Первый режим Above/Belowстерео (AB). В этом режиме экран разделен по вертикали на две части (Выше/ниже). Левое изображение отображается в верхней части экрана, а правое – нижней. • Второй режим - истинный OpenGL стерео в окне. Этот режим стерео использует способность OpenGL для поддержки различных экранных буферов для левого глаза и правого глаза. Этот режим является более удобным, чем стерео формат (AB).

  17. Супероксиддисмутаза EC 1. -. -. -Оксидоредуктазы (катализируют перенос электронов от одной молекулы, восстановитель, на другую ,окислитель).   EC 1,15. -. - Включает в себя ферменты, которые действуют на супероксид- радикалов в качестве акцепторов. ЕС 1.15.1 -. Действует на супероксид в качестве акцептора. EC 1.15.1.1 Супероксиддисмутаза.

  18. Супероксиддисмутаза • Супероксиддисмутаза (СОД) -относится к группе антиоксидантных ферментов. • Вместе с каталазой и другими антиоксидантными ферментами она защищает организм человека от постоянно образующихся высокотоксичных кислородных радикалов.

  19. Основной вид белка

  20. Вторичная структура

  21. Риббон диаграмма

  22. Водородные связи в белке

  23. Атомная структура

  24. Ван-дер-Ваальсовы связи

  25. Вторичная структура + Ван-дер-Ваальсовы связи

  26. Электростатический потенциал вводе (ε=80)

  27. Электростатический потенциал вэтиловом спирте (ε=27)

  28. Доступность растворителю

  29. Окрашивание по B-factor

  30. Цветовое распределение всех аминокислотных остатков

  31. Карта Рамачандра

  32. http://www.pdb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=3TQJ • Структура супероксиддисмутазы (Fe) (SODB) от Coxiellaburnetii

More Related