1 / 29

Lektion 2: Hardy-Weinberg

Lektion 2: Hardy-Weinberg. Genfrekvenser Genotypefrekvenser Gentællemetoden Kvadratrodsmetoden Hardy-Weinberg loven Kønsbunden nedarvning Kobling og gametfrekvenser. Codominant nedarvning. S betegner ”slow” albumin allel F betegner ”fast” albumin allel. Genotyper. Genotypefrekvens.

clinton-burnett
Download Presentation

Lektion 2: Hardy-Weinberg

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript

  1. Lektion 2: Hardy-Weinberg • Genfrekvenser • Genotypefrekvenser • Gentællemetoden • Kvadratrodsmetoden • Hardy-Weinberg loven • Kønsbunden nedarvning • Kobling og gametfrekvenser

  2. Codominant nedarvning • S betegner ”slow” albumin allel • F betegner ”fast” albumin allel Genotyper

  3. Genotypefrekvens

  4. Beregning af genotypefrekvenser • Genotypefrekvensen af SS: 36/106 = 0,34 • Genotypefrekvensen af SF: 47/106 = 0,44 • Genotypefrekvensen af FF: 23/106 = 0,22

  5. Beregning af genfrekvenser • Genfrekvens ud fra antal • Genfrekvens ud fra proportioner

  6. Genfrekvens ud fra antal • S: p = (236+47)/(2106) = 0,56 • F: q = (223+47)/(2106) = 0,44 • Total: p + q = 1,00

  7. Genfrekvens ud fra proportioner • S: p = 0,34+0,50,44 = 0,56 • F: q = 0,22+0,50,44 = 0,44 • Total: p + q = 1,00

  8. Multiple alleler • Genfrekvensberegning for mere end to alleler

  9. Beregning af genfrekvenser for multiple alleler • Allelfrekvensen af ”209”: p = (22+18)/(243) = 0,256 • Allelfrekvensen af ”199”: q = (20+12)/(243) = 0,140 • Allelfrekvensen af ”195”: r = 1 - p - q = 0,604

  10. Dominant nedarvning

  11. Beregning af genfrekvens ved dominant nedarvning • q 2 = qq = 18/200 = 0,09 • q = qq = 0,30 • p = 1-q = 1-0,30 = 0,70

  12. Hardy-Weinberg loven • Frekvensen af homozygoter er lig med det relevante gens frekvens i anden: p2 og q2 • Frekvensen af heterozygoter er lig med det dobbelte produkt af de relevante genfrekvenser: 2pq • Genfrekvenser og genotypefrekvenser er konstante fra generation til generation

  13. Hardy-Weinberg loven Genotypefrekvens: • SS: pp = 0,560,56 = 0,314 • FF: qq = 0,440,44 = 0,194 • SF: 2pq = 2  0,560,44 = 0,493

  14. 2-test • H0: Der er ikke forskel på observerede og forventede værdier • 2-værdi = S (O-E)2/E = 1,09 • Signifikansniveau: a = 0,05 • Frihedsgrader: df = 1

  15. 2-test • P > 0,20 P > a • H0 afvises ikke. Ingen signifikant forskel på observerede og forventede værdier Konklusion: Der kan ikke påvises nogen signifikant afvigelse fra Hardy-Weinberg ligevægten på albumintyper hos danske schæferhunde

  16. Kønsbunden nedarvningX-kobling • Der er ikke nødvendigvis samme genotypefrekvens hos hanner og hunner • Hos hanpattedyr er alle kønsbundne gener maternelle • Hos hanpattedyr udtrykkes kønsbundne gener direkte, dvs. genotypefrekvens er lig med genfrekvens • Genotypen hos hanner betegnes hemizygote

  17. Orangegenet hos kat • XX-individer: OO giver orange pelsfarve Oo giver blandings pelsfarve oo giver ikke-orange pelsfarve • XY-individer: O giver orange pelsfarve o giver ikke-orange pelsfarve

  18. Beregning af genfrekvenser for orangegenet hos kat • Ohun: p = (23+53)/(2173) = 0,17 ohun: q = (2117+53)/(2173) = 0,83 • Ohan: p = 28/177 = 0,16 • ohan: q = 149/177 = 0,84

  19. Kønsbunden nedarvning • Kønsbundne recessive sygdomme kan forventes, at forekomme i højere frevens hos hanner end hos hunner • Hanner: Genfrekvens q = 0,1 Genotypefrekvens = Genfrekvens • Hunner: Genfrekvens q = 0,1 Genotypefrekvens = q2 = 0,01

  20. Parringstype frekvenser under tilfældig sammenparring Parringstype Frekvens AA  AA p2 p2 = p4 AA  Aa 2  p2 2pq = 4p3 q AA  aa 2  p2 q2 = 2p2 q2 Aa  Aa 2pq  2pq = 4p2  q2 Aa  aa 2 2pq q2 = 4pq3 aa  aa q2 q2 = q4

  21. Monogenetisk arvelige sygdomme Nært beslægtede hunderacers genfrekvenser Parringstype frekvenser

  22. Gametfrekvenser ved kobling og koblingsuligevægt • Gametfrekvenser anvendes, når gener på to loci betragtes samtidigt • Det kan ske at en bestemt markørallel altid forefindes sammen med et skadeligt gen på et andet locus

  23. Gametfrekvenser ved kobling to gange to tabel Kobling Rekombination Repulsion A B A B A b a b a b a B

  24. Gametfrekvenser ved kobling: Beregningseksempel • Test for uafhængighed • H0: D = 0, c2 = 9,7, df = 1, a = 0,05 • H0 afvises  Koblingsuligevægt • D = r - p(A)  p(B) = 0,21-0,7  0,4 = - 0,07

  25. Gametfrekvenser ved kobling • Gameterne Ab og aB er i repulsionsfase • Obs. - Exp. = Afvigelse = D

  26. Genotypefrekvenser ved kobling: Kobling Rekombination Repulsion A B A B A b a b a b a B

  27. Koblingsuligevægt • Obs - Exp = afvigelse = D • D = u - q(a)q(b), el. D = ru - ts (= (f (AB/ab) - f (Ab/aB))/2 ) • Maksimalt disequilibrium (Dmax) opstår når alle dobbelt heterozygoterne enten er i koblings-fase (AB/ab) eller i repulsionsfase (Ab/aB). Dmax = 0.5

  28. Nedbrydning af koblingsuligevægt • Dn = D0(1-c)n, hvor D0 er uligevægten i udgangs populationen

  29. Gametfrekvenser ved kobling og koblingsuligevægt • I forbindelse med en ny mutation er der koblingsuligevægt i mange generationer fremover, da mutationen kun opstår på et kromosom • Der er altid maksimal koblingsuligevægt inden for en familie

More Related