Tema 3. Propiedades de los ácidos nucleicos Métodos de análisis

1. Tema 3. Propiedades de los ácidos nucleicos Métodos de análisis

2. contenido • Propiedades químicas: vistas en estructura (tema 2) • Propiedades físicas: - absorción luz UV - desnaturalización - reasociación - viscosidad • Caracterización: - efecto hipercrómico - curvas Cot - secuenciación (tema 29) • Aislamiento y caracterización: - centrifugación - electroforesis • Detección: - marcaje radiactivo - hibridación: tipos, FISH, chip, Southern - amplificación (PCR - tema 29)

3. UV Absorción de luz ultravioleta (UV)

4. desnaturalización y reasociación

5. viscosidad • Viscosidad del DNA en solución • disminuye al • fragmentarse: • agitación mecánica, sonicación (ultrasonido) • desnaturalizarse: • calor, baja fuerza iónica, pH alcalino, urea, …

6. efecto hipercrómico

7. efecto hipercrómico por desnaturalización del DNA

13. cinética de reasociación

14. Curvas Cot

19. Cot1/2 = 1/k Cot1/2 puro = f Cot1/2 mezcla X R = f N 1/2 = 1/(1 + k Cot ) 1/2 X = a Cot 1/2

21. genoma nuclear humano

22. no todo el DNA codifica proteínas Britten y Kohne, 60’s

24. centrifugación rotores y centrífugas

25. centrifugación diferencial

26. centrifugación zonal gradiente de sacarosa separación por tamaño

27. centrifugación isopícnica gradiente de CsCl separación por densidad

32. SeparaciónDNA2c y DNAss 1. centrifugación isopícnica 2. tratamiento con nucleasas específicas de DNA2c o DNAss 3. columnas de hidroxiapatito: retienen DNA2c y pasa el DNAss (el DNA2c puede ser eluido aumentando la temperatura o la concentración salina) 4: filtros de nitrocelulosa: unen DNAss y no DNA2c

33. electroforesis

37. marcaje radiactivo radio

39. isótopos pesados - isótopos más usados en biología: N14 y N15; C12 y C13 - uso en centrifugación isopícnica

40. hibridaciónmolecular

41. hibridación DNA/RNA

42. hibridación en filtro

43. hibridación en colonia

44. FISH

46. FISH centrómeros telómeros

47. cariotipo espectral humano

48. chips de DNA

50. microarrays