UE ISSM 7.30 Méthodologies de la recherche médicale et chirurgicale

1. UE ISSM 7.30Méthodologies de la recherche médicale et chirurgicale GC Faure 08/10/09 Faculté de Médecine et CHU Laboratoire d’Immunologie, EA 4369 Chargé de mission à la documentation UHP

2. Filière Médicale Francophone Nancy-Wuhan • 2008 • Un nouveau diplôme universitaire (DU) associant Nancy et Wuhan

3. Diplôme d’Université (DU/DIU) • Méthodologies de la recherche médicale et chirurgicale • Intégré dans le cursus de Master • Objectifs: • Acquérir ou conforter les connaissances de base des méthodologies utiles à la pratique de la recherche médicale

4. DU: Thèmes abordés • 3 modules de base • Information scientifique et techniques de communication • Bases de données, publications, projets de recherche • Méthodes en biologie moléculaire, génomique, protéomique • ADN, ARN, gènes, protéines… • Méthodes en biologie cellulaire, d’organes et d’organisme • Isolement, imagerie, cellulaire, de tissus, modèles animaux

5. DU: Illustration par le biais de projets en cours à Nancy • 3 modules applicatifs • Applications en recherche médicale • Hémato-oncologie, Nutrition, • Pathologies du vieillissement (cardiovasculaire, articulaire) • Pathologies inflammatoires aigues et chroniques • Applications en recherche chirurgicale • Chirurgie robotique, coeliochirurgie, microchirurgie • Greffes et transplantations • Applications dans les biothérapies • Thérapies cellulaires et génique • Thérapies moléculaires innovantes

6. Programme 2009 (1) • 8 octobre • GC Faure Introduction, Chercher et Trouver, Lire et écrire • J. Mistral Accès à la documentation au SCD • 15 octobre • C Philippe Génomique • B Chenuel Physiologie et Systèmes biologiques • 22 octobre • C Nemos Transcriptomique/Protéomique • J Felblinger Imagerie • 29 octobre • T Lecompte Hémostase • P Rossignol Recherche clinique

7. Programme 2009 (2) • 5 novembre • MC Béné Cytomique (1) • GC Faure Cytomique (2) • 12 novembre • T Lecompte Recherche clinique dans le SAPL • J Hubert, P Eschwège Chirurgie robotique et Urologie • 19 novembre • C Baumann Santé publique • B Namour Biochimie • 26 novembre • P Gillet Pharmacologie • N Tran Chirurgie expérimentale

8. Chercher et trouver • Des exemples, des méthodes • Quelles recherches • Recherche Médicale • Recherche Chirurgicale • Recherche Clinique • Recherche Biologique • Recherche Imagerie

9. Où fait-on de la recherche? • Universités, Facultés, UFRs • EPST (Inserm, CNRS, INRA, Inria…) • EA (AERES) • CHUs • CIC, CEC, CIT, CICancer, CIB • CRB, Thèques… • Cancéropôles • Industrie • Laboratoires Pharmaceutiques • Laboratoires Biotechnologies, Imagerie

10. Qui soutient la recherche? • Les états • Les organismes publics • Les Ministères (Recherche, Enseignement supérieur, Industrie, Innovation) • Les Régions • L’Europe • Les organismes privés • Industrie • Associations charitables • Ligue, ARC, x Associations

11. Que fait-on en recherche médicale et chirurgicale? • Faire des expériences? • Faire des manipulations? • Travailler dans un laboratoire? • Travailler avec des animaux? • Travailler avec des patients? • Travailler dans un service hospitalier? • Recueillir des données et faire des statistiques? • Lire et écrire

12. Lire… et écrire • Accéder à l’information • Papier ou numérique • Centres de documentation, bibliothèques, • En ligne, via internet • Sélectionner l’information • Stocker l’information • Utiliser l’information

13. Information scientifique et technique: • Matière première • du médecin, du scientifique, du malade, du consommateur • Produit fini • du médecin, du scientifique, du chercheur • Produit à haute valeur ajoutée • Produit à valeur stratégique

14. Un peu d ’histoire • L ’information scientifique et technique • un phénomène récent, un siècle environ • du « savant fou »... aux équipes pléthoriques • de la monographie, • à la publication avec plusieurs centaines d ’auteurs • Quel futur au 3ème millénaire?

15. Circulation de l’information scientifique • Analogue au circuit de l’eau dans la nature • les récepteurs reçoivent l’information sous forme variée, pluie, neige, grêle... • les émetteurs produisent de l’information… • celle-ci s’accumule dans des réservoirs, mer, lacs, neiges éternelles, glaciers • les conservateurs stockent l ’information

16. Quelques questions • Quels outils de recherche d’information utiliser??? • Quelles bases de données? • Quels journaux? • VULGARISATION • SCIENTIFIQUE

17. En images MASSE d'information en croissance exponentielle INTERNATIONALISATION évidente l’anglais est devenu la langue vernaculaire Influence de la NUMERISATION Evolution des OUTILS d’accès à l’INFORMATION et des SUPPORTS

18. LES DOCUMENTS PRIMAIRES • L'INFORMATION SECONDAIRE • LA LITTERATURE GRISE

19. La littérature scientifique • Littérature en noir et blanc: les documents primaires • Littérature en couleur: journaux et magazines • Littérature grise • Littératuremulticolore: les catalogues commerciaux,

20. ANATOMIE D'UN ARTICLE SCIENTIFIQUE • REVUES GENERALES Journaux de REVUES LES DOCUMENTS PRIMAIRES • JOURNAUX (25 000) ET ARTICLES • ARTICLES ORIGINAUX • LETTRES • LIVRES ou Book series • DIDACTIQUES... TEXTBOOKS

21. Quelles fonctions pour une revue scientifique? • La dissémination de l’information • Le contrôle de qualité de la recherche • la constitution d’archives « canoniques » • la reconnaissance portée aux auteurs

22. La forme JOURNALest apparue la plus adéquate • Regroupement d’articles dans un ensemble diffusé en bloc aux abonnés • Parution à dates données, régulières • Traitement des articles, qualité typographie, langage • non modification après publication • garantie de retrouver un article/référence

23. Apprendre à lire, à écrire • Ce qu’on ne nous a jamais appris à la Fac! • Apprendre à trouver • connaître les bases de données • apprendre à interroger ces bases • Lire, sélectionner... • sur les bases de données: • TITRE, auteurs, mots-clés, résumé… • Classer et retrouver...

24. Anatomie macroscopique d’un article scientifique: • Titre «self-explaining» • Auteurs (Noms, prénoms, titres...), Adresses • Résumé (structuration) • Mots Clés (indexation) Abréviations (etc!) • Introduction (rationale) • Matériel et méthodes (reproductibilité) • Résultats (statistiques) • Figures et tableaux (légendes, PAO, visibilité) • Discussion (des résultats aux hypothèses) • Références (normes à respecter) • Remerciements (collaborations, financements)

25. Un exemple d ’article • Format pdf, exemple

26. Apprendre à lire, à écrire • Lire un article:Désordre de Lecture remerciements!, fin de l’introduction, ou début de la discussion, méthodes, références, légendes des figures et tableaux, introduction ou discussion, résultats • Ecrire:..... au maximum 4 pages double interligne à l ’heure

27. LA PRODUCTION D'INFORMATION Physiologie d'un article scientifique • Conception • Développement • Naissance • Vie • et Mort Le concept d'EVALUATION

28. Développement et physiologie d’un article scientifique • Conception • Fécondation in vitro ou sexualité de groupe • Embryologie • beaucoup plus long que chez les éléphants • les avortements sont fréquents, et l’accouchement difficile • beaucoup de partenaires, quelques bonnes fées et des accoucheurs • Vie et mort d’un article • beaucoup d’appelés, peu d’élus

29. Embryologie • Bibliothèques et paillasses • lecture, expérimentation, observation • consignation dans un cahier • Ordinateur, postes et publishers • rédactions et écritures • un manuscrit, soumission, éditeur, Peer Review, referees, refus ou! • révisions, manuscrit, éditeur, referees, accepté! • imprimeur, bon à tirer, publication, diffusion, bibliothèques

30. Physiologie: Vie, Mort et à quoi ça sert • Lieu de naissance • Vie personnelle d’un article • Etre lu par des chercheurs, médecins, journalistes, étudiants • Etre compris • Etre évalué, être CITE • Rester inconnu, être oublié, ressusciter

31. Physiologie: Vie, Mort et à quoi ça sert • Vie sociale des articles • Etre utile à ses auteurs (DEA, Thèse, Titres et travaux... position) • Etre utile à son environnement (équipe, unité, université, ville, hôpital) • ETRE EVALUE

32. Le Concept d’évaluation • Distribution des fréquences de citation des articles scientifiques • 1 citation: 56% • 2-4: 24% • 50-99: 1% cumulé: 99.56% • 1000: 1300 / 32 728 729=0.00004 • Facteur d’impact… • durée de citation...

33. L'information SECONDAIRE ou TERTIAIRE ou PLUS • Journaux Médicaux quotidiens hebdomadaires MAGAZINES d'actualités • Journaux non médicaux quotidiens hebdomadaires mensuels autres • AUDIO-VISUEL: RADIO, TELEVISION • INTERNET: sites spécialisés

34. L ’information grise • Les Thèses • Les Brevets et Normes • Sites spécifiques • Les Rapports publics • Les Rapports privés • Internet? Trop d’information tue l’information

35. La littérature multicolore • Les catalogues des fabricants • ex: SIGMA, R&D • Les revues «interface» • Les sites internet spécialisés

36. LES ACCES A L'INFORMATION • ABONNEMENTS • BIBLIOTHEQUES • PHOTOCOPIES • TIRES A PART SOMMAIRES de Revues Index de Sommaires REVUES de Sommaires ... + Résumés (Summaries)

37. Bases de données:Medline, PuBMeDPascalCurrent Contents, Web of Science Scopus

38. PubMed: le site est encore amélioré

39. Les opportunités de l ’électronique • indexation en texte intégral • outils de recherche intelligents • inclusion de données actives • liens hypertextes vers d’autres ressources • open peer comments…living seminar • multimédia • utilisation du réseau

40. Numérisation: intérêt pratique • A Nancy et ailleurs... • des étagères et du PEB aux périodiques en texte intégral… • marcher • feuilleter • «cliquer»

41. Sans bouger de chez soi! • Regarder en haut à droite • Elsevier, Academic Press,Wiley... • Open access

42. Les Revues électroniques • Qu’est ce qui a changé? • l’accès au réseau, dans les universités, dans les Hôpitaux • l’accès aux bases de données PUBMED (références, et résumés) • l’accès aux éditeurs et aux instructions aux auteurs • Qu’est ce qui va changer? • le réseau • les accès au document primaire ? et son format? • les BU /SCD • A qui sont ces articles ? QUI PAYE? • Qu’est ce qui ne change pas? • les end-users ! • les nécessités: • de lire d’avoir des résultats, d’écrire... • d’un peer-review

43. L’UMVF: • Fédération Inter-Universitaire pour l’Université Médicale Virtuelle Francophone • GIP FIU-UMVF • MEN, MESR, MEFI • JO 13 Aout 2003 • 33 Universités • http://www.umvf.prd.fr/info/qui/presentation.html

44. L’UMVF: ses missions • mettre en œuvre les technologies de l’information et de la communication pour l'enseignement (TICE) de la médecine en formations initiale et continue. • Centre de ressources interactif dans le domaine de la santé • Centre d’information et de prévention pour le public • Diffusion et de promotion de la science médicale française dans le monde. • produire des ressources documentaires venant en complément des cours. • Etudiants de 2e cycle préparant les Epreuves Classantes Nationales (ECN)… une banque de données • Plus d'une trentaine de campus numériques disciplinaires • soutenue par • la Conférence des Présidents d’Université • la Conférence Nationale des Doyens des Facultés de Médecine.

45. Les Campus Numériqueshttp://www.umvf.prd.fr/ressources/campus.php • Plus de 45 en fait, • Toutes disciplines du premier cycle • Histologie-embryologie • Microbiologie • Statistiques • à l’ECN • Néphrologie • Neurologie • Rhumatologie…

46. ASSIM: RAISIL Réseau d’accès à l’information scientifique en lignehttp://www.assim.refer.org • Les questions du module 8 Immunologie • De 112 à 127 • Une structure en briques de connaissance • Des cas cliniques • Des réponses • Pas de QCMs

47. Doc’UMVF • Nouvelle Page ECN 2010 • 345 items • Plus de 2000 documents pédagogiques • CISMEF Rouen • S Darmoni • JP Thirion

48. Autres ressources d’intérêt en langue française • CNCI • http://www.cnci.univ-paris5.fr/welcome.html • Concours Médecins étrangers • Annales QCM 2005-2007: 3x120 • http://www.cnci.univ-paris5.fr/medecine/Annales_ETR.html • Les pages ECN de l’HAS +++ • http://www.has-sante.fr/portail/jcms/c_646948/examen-classant-national-ecn-mot-du-president-sommaire-mode-d-emploi • Mise à jour mensuelle • ORPHANET++

49. Aimez vous les vidéos? Utilisez vous les podcast? • UMVF: canal U • http://www.canal-u.tv/themes/sciences_de_la_sante_et_du_sport • Au NIH, cela dépasse l’internat • NIH videocasting and podcasting • http://videocast.nih.gov/

50. Les moteurs de recherche • Google, Yahoo, Bing… • Wikipedia? • Nature Medicine 2007;13: 231-233