Gestió i anàlisi de la biodiversitat mitjançant bases de dades en línia i el programari VegAna X. Font.

1. Gestió i anàlisi de la biodiversitat mitjançant bases de dades en línia i el programari VegAna X. Font. Departament de Biologia Vegetal. Universitat de Barcelona

3. Fonts d’informació:

5. Tabla 1. Responsable taxonómico, fecha de inicio de la recogida de datos, número de taxones recopilados, volumen de citas recopiladas y artículos informatizados, para cada uno de los grupos taxonómicos tratados en el BDBC (hasta diciembre de 2005).

15. 1– Territorio oropirenaico 2 – Territorio iberopirenaico 3. – Territorio subpirenaico 4a. – Territorio transcatalanídico 4b – Territorio aquitánico 5a – Territorio xeropirenaico 5b – Territorio precatalanídico 6 – Territorio ruscínico-layetano 7 – Territorio tarraconense 8 – Territorio urgeliense 9 – Territorio monegrino 10 – Franja litoral

19. Projecte B-VegAna Miquel de Cáceres1 Xavier Font1 Francesc Oliva2 Rafael Quadrada1 1Departamento de Biologia Vegetal 2Departamento de Estadística Universidad de Barcelona (UB) http://biodiver.bio.ub.es/vegana/

20. B-VegAna • B-VEGANA (Biodiversity-VEGetation edition and ANAlysis) es un paquete de programas destinado a la gestión y análisis de datos sobre biodiversidad, vegetación o ecológicos en general. Contiene 4 programas, que pueden ser ejecutados independientemente: • Fagus: un editor y gestor de citas de organismos. • Quercus: un editor de tablas de datos del tipo inventario. • Yucca: una herramienta de representación cartográfica de datos. • Ginkgo: programa orientado a la representación y clasificación de individuos a partir de datos multivariantes.

21. D D D D D d d As A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A a A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A a A A A A

22. Generalidades • Todos los programas funcionan por proyectos de trabajo. • Cada proyecto se asocia a un fichero de configuración. • Los datos están asociados a ficheros tesauros (taxones, sintaxones y bibliografía) • Tanto los ficheros de datos como los ficheros de configuración se guardan en formato XML. • Es posible definir nuevos campos específicos para los inventarios (ecología, geografía, estructura…) y hacer búsquedas sobre ellos (aunque no se trate de una Base de Datos tiene funciones parecidas)

23. Tesauros de los editores QUERCUS y FAGUS

24. FAGUS • Fagus es un editor de citas floristicas: • a) Pliegos de herbario • b) Observaciones de campo • c) Citas bibliográficas • Es posible asociar a la cita taxonómica nuevos campos definidos por el usuario. Ello permite realizar busquedas según dichos campos. • Fagus elabora los datos de citas para generar: • 1. Floras • 2. Etiquetas de herbario • Distribuciones • Espectros • Mapas (en relación con Yucca)

25. FAGUS

27. QUERCUS - Generalidades • QUERCUS se ha concebido como una herramienta de edición, manipulación y almacenaje de inventarios de vegetación. • Como valores de abundancia de taxones admite: • a) escala de Braun-Blanquet • b) porcentajes de cobertura • c) presencia/ausencia • Es posible definir nuevos campos específicos para los inventarios (ecología, geografía, estructura…) y hacer búsquedas sobre ellos.

28. QUERCUS - Procesamiento de inventarios • Editor de tablas de Trabajo • Procesamiento de la nomenclatura • Elaboración y publicación de tablas (RTF) • Espectros de atributos. • Generación de tablas sintéticas • Exportación para análisis multivariante

30. YUCCA • Herramienta de visualización cartográfica de información georeferenciada. • Se puede generar mapas de distribuciones de taxones, sintaxones, abundancia de citas florísticas, etc • Las distribuciones pueden creadas/modificadas editando los cuadros UTM (lambert o geográficas) de los mapas. • Para ello es necesario disponer de imágenes de mapas en las que dibujar los símbolos así como calibrar las imágenes con puntos de referencia. • En la página de VEGANA se pueden obtener configuraciones de mapas para las áreas geográficas catalana, pirineos, y el suroeste europeo.

32. GINKGO - Operaciones y Módulos

33. GINKGO - Construcción del espacio de análisis Medidas de Disimilaridad Euclidean Distance (ED) Squared ED Binary ED Squared Binary ED Absolute Value Distance Manhattan metric Bray-Curtis Distance Chord distance Hellinger Distance 2 Distance 2 Metric Canberra Metric Mahalanobis Distance • 1. Manipulación de los datos: • Transformación por valor (sqrt(x),log(x),…). • Estandarización por columnas. • Transposición de matrices. • Transformaciones para emular distancias. • Estudio de características asociadas a classificaciones de los datos. • 2. Matrices de semejanza: • Construcción de matrices de similaridad y disimilaridad. Medidas de Similaridad Simple Matching Coefficient Jaccard index Ellenberg index Gleason index Sørensen index Motyka index Spatz index Kulczynski index 2similarity Pearson linear correlation index.

34. Métodos no canónicos Métodos canónicos Principal component analysis (PCA) Redundancy analysis (RDA) Correspondence analysis (CA) Canonical correspondence analysis (CCA) Metric multidimensional scaling (MDS) Related metric scaling (RMDS) Non-metric scaling (NMDS) GINKGO - Reducción de la dimensión

35. a.Clustering Jerárquico Aglomerativo: • Single Linkage, Complete Linkage,UPGMA, WPGMA, UPGMC, WPGMC, método de Ward, Flexible clustering. • b.Clustering Partitivo: • K-means: • Fuzzy C-means: • c.Clustering No-Partitivo: • Possibilistic C-means. • d.Analisis discriminante: • Linear Discriminant • Cuadratic Discriminant • Distance-based Discriminant (Cuadras et al., 1997). GINKGO - Métodos de Classificación

36. Aspectos técnicos • Todo el software presentado ha sido enteramente desarrollado en Java. • Requerimientos: Pentium III - 256Mb • La distribución de VEGANA es gratuita. • Las actualizaciones del programa se realizan automáticamente gracias a la tecnología Java Web Start. http://biodiver.bio.ub.es/vegana

38. Perpectives de futur • Nou Conveni? (enguany finalitza l’actual) • Nous grups i nous especialistes • Complementar la BD amb les dades de les col·leccions • Anàlisis de les dades

39. http://biodiver.bio.ub.es/ Moltes gràcies

41. xml xml

42. Conservación/Protección Criterios IUCN, Leyes,etc. Class: Insecta Taxonomía y nomenclatura Mapa genético Order: Lepidoptera Synonym: Pyralis nubilalis Hübner, 1796 Locus: AAL35331Definition: acyl-CoA Z/E11 desaturase 1 mvpyattadg hpekdecfed... Family: Pyralidae Genus: Ostrinia Hübner, 1825 Descripción Species: Ostrinia nubilalis (Hübner, 1796) Diagnosis: Wingspan 26-30mm; sexually dimorphic;male: forewings ochreous to dark brown; female: forewings pale yellow; … Vernacular (EN): European Corn-borer Vernacular (ES): Piral del maíz Vernacular (FR): Pyrale du maïs Bibliografía i recursos Web Familia: Gramineae Imágenes Pheromones of Ostrinia http://www.nysaes.cornell.edu/fst/faculty/acree/pheronet/phlist/ostrinia.html Alimentación: Zea mais L. Colección: LU Lepidoptera Record id: LU_003217 País: Galicia Coordenadas 03.047˚E 48.730˚N Fecha: 28 Junio 2005 Recolector: P. Pando Interaciones ecológicas Datos abiòticos Especimen y observación Average Rainfall Location: 48.82°N 2.29°E Jan Feb Mar Apr ... 182.3 120.6 158.1 204.9 ...