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Distancia entre dos secuencias: Jukes - Cantor

Distancia entre dos secuencias: Jukes - Cantor. Probabilidad de que la base original sea k. Probabilidad de mutar desde k hasta s 1 en el tiempo v 1. Probabilidad de mutar desde k hasta s 2 en el tiempo v 2. posición j. Longitud de tiempo generacional. Longitud de tiempo generacional.

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Distancia entre dos secuencias: Jukes - Cantor

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Presentation Transcript

  1. Distancia entre dos secuencias: Jukes - Cantor

  2. Probabilidad de que la base original sea k Probabilidad de mutar desde k hasta s1 en el tiempo v1 Probabilidad de mutar desde k hasta s2 en el tiempo v2 posición j Longitud de tiempo generacional Longitud de tiempo generacional posición j posición j Secuencia 1 Secuencia 2 ¿Con qué probabilidad puede ocurrir que en la secuencias 1 y 2 observadas aparezcan las bases s1 y s2 en la posición j, suponiendo que evolucionaron de una secuencia común, y se desconoce la base en la posición j de la secuencia original? De otra forma, cuál es la verosimilitud de las bases s1 y s2 en estas dos secuencias? Si la secuencia original tiene m sitios entonces

  3. Recordemos que posición j Para ver como se calcula la verosimilitud veamos un caso particular Longitud de tiempo generacional Longitud de tiempo generacional posición j posición j Secuencia 1 Secuencia 2

  4. posición j Longitud de tiempo generacional Longitud de tiempo generacional posición j posición j Secuencia 1 Secuencia 2 Este resultado es asombroso, bajo el modelo que hemos aceptado. Nos dice que la verosimilitud de las dos secuencias depende del tiempo v1 + v2 y no del valor de la base en el nodo inicial. Dicho de una manera más gráfica: el árbol no tiene raíz (en el proceso de estimación de los parámetros).

  5. m bases s coincidencias = Trabajaremos entonces con las dos secuencias Supongamos que Secuencia 1 Secuencia 2 Mutar y asumir una base No mutar o mutar pero elegir la misma base Función de verosimilitud ¿Para qué valor de p esta función de verosimilitud es máxima?

  6. Estimador máximo verosímil Porcentaje de aciertos

  7. T A C G Descripción de la distancia de Jukes-Cantor de manera ingenua… Número esperado de mutaciones en el tiempo v Hay 16 posibles mutaciones de las cuales 12 son observables, ¿de acuerdo? Luego la distancia “mutacional” esperada será

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