Projet de biologie moléculaire ou de physiologie

1. Projet de biologie moléculaire ou de physiologie But : Recherche bibliographique Organisation d’un projet Rédaction d’un protocole expérimental Bonnes pratiques de laboratoire Démarche scientifique en biologie moléculaire Durée : 20h de travail préparatoire, 20h de travail expérimental (CIME-bio) Sujets : 1. Mesure de l’interaction antigène-anticorps par SPRi FB & DD 2. Mesure de la spécificité de l’hybridation de l’ADN par la modification électrochimique du pH local VS & DD 3. Dosage de la créatinine FB 4. Invalidation de gène MW 5. Expression de protéine fluorescente MW Evaluation : étude bibliographique, rapport d’avancement du projet, cahier de laboratoire, soutenance orale Note : certains projets pourront se prolonger sur le projet d’instrumentation de 3A

2. Peptide NH2 COH COH NH2 SH 1.Mesure de l’interaction antigène-anticorps par SPRi La détermination des constantes d’association et de dissociation vis-à-vis de l’antigène est un des éléments clés pour l’utilisation d’un anticorps monoclonal en biotechnologie. La technique de SPRi permet de déterminer ces paramètres et de mesurer des concentrations. Antibody peptide of interest Notre but est d’immobiliser trois peptides sur un prisme de SPRi et de mesurer les constantes d’association et de dissociation d’anticorps monoclonaux correspondants. glutaraldehyde cystamine SAM • Techniques à mettre en œuvre: • Fonctionalisation de surface • Résonance plasmonique de surface Au franz.bruckert@grenoble-inp.fr didier.delabouglise@grenoble-inp.fr

3. Fluorophore DNA DNA NH2 COH COH NH2 SH 2.Mesure de la spécificité de l’hybridation de l’ADN par la variation électrochimique du pH de surface Un paramètre clé pour l’utilisation des biopuces ADN est la mesure de la spécificité de l’hybridation sonde-cible. L’hybridation dépend de la température, du pH et de la concentration ionique potentiostat I Vref V microscope Notre but est d’immobiliser deux sondes sur une surface conductrice, de réaliser l’hybridation avec un ADN fluorescent et de mesurer la dissociation de l’ADN cible en appliquant des impulsions de courant sur la surface. On étudiera la relation Fluorescence(Courant) en fonction de la spécificité sonde-cible target DNA probe glutaraldehyde cystamine SAM • Techniques à mettre en œuvre: • Fonctionalisation de surface • Electrochimie • Microscopie de fluorescence Au valerie.stambouli-sene@grenoble-inp.fr didier.delabouglise@grenoble-inp.fr

4. 3.Dosage de la créatinine La créatinine est un produit de dégradation de la créatine phosphate, une forme de stockage d’énergie dans les muscles. Elle est entièrement éliminée par les reins, la mesure de sa concentration dans le sérum permet donc d’évaluer la fonction rénale créatinine picrate Notre but est de parvenir à doser la créatinine dans la salive et non dans le sérum dans un test portable simple. Pour cela nous évaluerons la sensibilité aux interférences d’une méthode utilisée en clinique Composé coloré (520 nm) • Techniques à mettre en œuvre: • Spectroscopie • Diagnostic in vitro franz.bruckert@grenoble-inp.fr Service de Néphrologie CHU Grenoble

5. 4. Invalidation de gène dans l’amibe Dictyostelium discoideum La délétion d’un gène permet d’obtenir un mutant “null” qui n’exprime plus la protéine ciblée. L’analyse du comportement du mutant permet de’attribuer un rôle fonctionnelle à la protéine. Notre protéine cible est SHK2, une kinase contenant un somaine SH2 Stratégie pour l’obtention de mutant « null » • Techniques à mettre en œuvre: • PCR, clonage, culture cellulaire et transformation • caractérisation du mutant marianne.weidenhaupt@grenoble-inp.fr

6. shkB 5. Expression d’une protéine fluorescente Le couplage d’une protéine à la GFP (green fluorescent protein) rend la protéine fluorescente et observable en temps réel dans la cellule. Sa localisation cellulaire dans différentes conditions peut être suivie. Notre protéine cible est SHK2, une kinase contenant un somaine SH2 Schéma du plasmide de surexpression de protéine recombinante-GFP • Techniques à mettre en œuvre: • PCR, clonage, culture cellulaire et transformation • observation par microscopie fluorescence marianne.weidenhaupt@grenoble-inp.fr