Universidad Pablo de Olavide-CSIC.

1. Universidad Pablo de Olavide-CSIC. CURSO DE FORMACIÓN EN SEVILLA: “ACCESO AL GENOMA NO CULTIVADO” ORGANIZA: UNIVERSIDAD PABLO DE OLAVIDE COMITÉORGANIZADOR: Manuel Ferrer Ramón Rosselló-Mora Eduardo Santero Juan Luis Ramos 2ª reunión Metagenómica-Consolider. Enero ‘09

2. Universidad Pablo de Olavide-CSIC. CURSO DE METAGENÓMICA: • FORMATO: • 1.1. Contenido: teórico-práctico • 1.2. Idioma: español salvo algunas sesiones de bioinformática • 1.3. Duración: del 2 al 6 de febrero de 2009 2ª reunión Metagenómica-Consolider. Enero ‘09

3. Universidad Pablo de Olavide-CSIC. 2. CONTENIDOS DEL CURSO • 2.1 CONTENIDOS TEÓRICOS: • Lunes 2 de febrero • - La edad de oro de la “eco-genómica” Dr. Manuel Ferrer (ICP) • - Aislamiento de DNA ambiental y creación de “eco-genotecas” Dra. Ana Beloqui (ICP) • Martes 3 de febrero • - Secuenciación masiva de DNA: aplicaciones y retos Dr. Julián Pérez (SECUGEN) • Miércoles 4 de febrero • - Biodiversidad y moléculas con actividad biológica Dra. Olga Guenilloud (MERCK) • -Bioinformática aplicada a (meta)genómica bacteriana • Dr. Javier Tamames (Instituto Cavanilles) • Jueves 5 de febrero • - Revelando la identidad de los fragmentos de ADNDr. Ramón Rosselló-Mora (IMEDEA) 2ª reunión Metagenómica-Consolider. Enero ‘09

4. Universidad Pablo de Olavide-CSIC. 2. CONTENIDOS DEL CURSO (cont.) 2.2 CONTENIDOS PRÁCTICOS: 2.2.1.CONSTRUCCIÓN DE LIBRERÍAS METAGENÓMICAS EN DIVERSOS VECTORES 1.- EXTRACCIÓN Y CUANTIFICACIÓN DE MUESTRAS DE ADN AMBIENTAL Extracción directa manual y con kits de purificación Enriquecimiento en bacterias con la resina Nicodenz® Cuantificación del ADN ambiental con Quant-iT™ PicoGreen® 2.- PREPARACIÓN DEL ADN AMBIENTAL Fragmentación de las muestras de ADN al tamaño adecuado Amplificación de ADNr bacteriano ambiental con los cebadores 16F530 y 16R1492 3.- PREPARACIÓN DE VECTORES Lambda-ZAP Fósmidos pCC1FOS y derivados pLAFR3 pGEMT-Easy y pUC19 4.- LIGACIÓN, EMPAQUETAMIENTO (EN SU CASO) Y TRANSFECCIÓN (O ELECTROTRANSFORMACIÓN) 2ª reunión Metagenómica-Consolider. Enero ‘09

5. Universidad Pablo de Olavide-CSIC. 2. CONTENIDOS DEL CURSO (cont.) 2.2 CONTENIDOS PRÁCTICOS: 2.2.2.TRATAMIENTO Y ANÁLISIS DE SECUENCIAS DE ADN 1.- INTRODUCCIÓN AL SOFTWARE ARB: 2.- COMPARACIÓN DE ARB CON OTRAS HERRAMIENTAS DE ALINEAMIENTO AUTOMÁTICO 3.- RAxML, UNA SOLUCIÓN RÁPIDA PARA EL ANÁLISIS FILOGENÉTICO DE MILES DE SECUENCIAS BASADO EN “MAXIMUM LIKELIHOOD” 4.- FRECUENCIA DE TETRANUCLEÓTIDOS PARA ESTABLECER LA RELACIÓN ENTRE FRAGMENTOS METAGENÓMICOS 5.- CÁLCULO DE LA IDENTIDAD MEDIA DE NUCLEÓTIDOS EN SECUENCIAS CORTAS “454” 6.- GENERALIDADES DEL PROCESAMIENTO DE DATOS METAGENÓMICOS 7.- ANOTACIÓN DE MUESTRAS METAGENÓMICAS MG-Rast Y ANÁLISIS DE SERIES DE DATOS METAGENÓMICOS 2ª reunión Metagenómica-Consolider. Enero ‘09

6. Universidad Pablo de Olavide-CSIC. 2. CONTENIDOS DEL CURSO (cont.) 2.2. CONTENIDOS PRÁCTICOS: 2.2.3.SOFTWARE A UTILIZAR 1.- ARB: Base de datos central de secuencias procesadas, con datos adicionales a la mera secuencia y con un paquete de herramientas asociadas para el manejo de la base de datos y para análisis de datos: - xfig - gv - transfig - fig2dev - xview 2.- RAxML: Realiza un análisis filogenético de secuencias basado en “maximum likelihood” 3.- CustalX: Alinea múltiples secuencias 4.- BLAST: Comparauna secuencia problema frente a las secuencias de las bases de datos 5.- Tetra: Correlaciona patrones de tetranucleótidos entre distintas secuencias de ADN 6.- Ocount: Asociado a Tetra, cuenta oligonucleótidos en secuencias de ADN y computa z-scores basado en el modelo de Markov 2ª reunión Metagenómica-Consolider. Enero ‘09

7. Universidad Pablo de Olavide-CSIC. 3. PROGRAMA DEL CURSO • Lunes 2 Febrero • 10:00 – 11:00 Recepción de bienvenida y presentación del curso (Aula 205, Edificio 29) • Drs. Eduardo Santero, Manuel Ferrer y Juan Luis Ramos • 11:00 – 11:30 Café (cafetería/comedor) • 11:30 – 12:30 La edad de oro de la “eco-genómica” (Aula 205, Edificio 29) • Dr. Manuel Ferrer (ICP) • 12:30 – 13:30 Aislamiento de DNA ambiental y creación de “eco-genotecas” • (Aula 205, Edificio 29) Dr. Ana Beloqui (ICP) • 13:30 – 15:00 Almuerzo (cafetería/comedor) • 15:00 – 19:00 Prácticas de laboratorio: aislamiento de DNA (Lab de prácticas, Edificio 24C) • Yamal al-ramahi, Ana Beloqui, M.E. Guazzaroni, José María Vieites • (ICP). Con pausa para café 2ª reunión Metagenómica-Consolider. Enero ‘09

8. Universidad Pablo de Olavide-CSIC. 3. PROGRAMA DEL CURSO (cont.) • Martes 3 Febrero • 9:30 – 12:30 Prácticas de laboratorio: construcción de “eco-librerías” y preparación de vectores (1) • Yamal al-ramahi, Ana Beloqui, M.E. Guazzaroni, José María Vieites (ICP). • Con pausa para café • 12:30 – 13:30 Secuenciación masiva de DNA: aplicaciones y retos • Dr. Julián Pérez (SECUGEN) • 13:30 – 15:00 Almuerzo • 15:00 – 19:00 Prácticas de laboratorio: construcción de “eco-librerías” y preparación de vectores (2) • Yamal al-ramahi, Ana Beloqui, M.E. Guazzaroni, José María Vieites (ICP). • Con pausa para café 2ª reunión Metagenómica-Consolider. Enero ‘09

9. Universidad Pablo de Olavide-CSIC. 3. PROGRAMA DEL CURSO (cont.) • Miércoles 4 Febrero • 9:30 – 12:00 Prácticas de laboratorio: construcción de “eco-librerías” (3) • Yamal al-ramahi, Ana Beloqui, M.E. Guazzaroni, José María Vieites (ICP). • Con pausa para café • 12:00 – 13:00 Biodiversidad y moléculas con actividad biológica • Dra. Olga Guenilloud (MERCK) • 13:00 – 14:00 Bioinformática aplicada a (meta)genómica bacteriana • Dr. Javier Tamames(Instituto Cavanilles) • 14:00 – 16:00 Almuerzo • 16:00 – 20:00 Prácticas de ordenador: análisis (meta)genómico y bioinformática (edificio 10 • aula de informática 3). Giuseppe D'Auria (Instituto Cavanilles) de 16:00 a • 18:00 y Pablo Yarza (IMEDEA) de 18:00 a 20:00 2ª reunión Metagenómica-Consolider. Enero ‘09

10. Universidad Pablo de Olavide-CSIC. 3. PROGRAMA DEL CURSO (cont.) Jueves 5 Febrero 9:30 – 13:30 Prácticas de laboratorio: construcción de “eco-librerías” (4) Yamal al-ramahi, Ana Beloqui, M.E. Guazzaroni, José María Vieites (ICP) Con pausa para café 13:30 – 14:30 Revelando la identidad de los fragmentos de ADN Dr. Ramón Rosselló(IMEDEA) 14:30 – 16:00 Almuerzo 16:00 – 20:00 Prácticas de ordenador: Phylogenetic analysis and bioinformatics (2) Michael Richter (IMEDEA) 21:30 – … Cena Curso ofrecida por el consorcio CONSOLIDER 2ª reunión Metagenómica-Consolider. Enero ‘09

11. Universidad Pablo de Olavide-CSIC. 3. PROGRAMA DEL CURSO (cont.) • Viernes 6 Febrero • 9:30 – 12:30 Prácticas de laboratorio: construcción de “eco-librerías” (5) • Yamal al-ramahi, Ana Beloqui, M.E. Guazzaroni, José María Vieites (ICP) • Con pausa para café • 12:30 – 13:30 Resumen del curso • Drs. Ramón Rosselló, Manuel Ferrer y Eduardo Santero • 13:30 – 15:00 Almuerzo 2ª reunión Metagenómica-Consolider. Enero ‘09

12. 2ª Parada autobús Línea 36 Universidad Pablo de Olavide-CSIC. 4. SEDE DEL CURSO: CAMPUS DE LA UNIVERSIDAD PABLO DE OLAVIDE CABD Laboratorios de prácticas Comedor Aula Teoría Edif. 29 Aula 205 Aula informática 3 2ªplanta Edif. 10 1ª Parada autobús Línea 36 2ª reunión Metagenómica-Consolider. Enero ‘09

13. Universidad Pablo de Olavide-CSIC. 5. VIAJE Y ALOJAMIENTO 5.1. VIAJES: Todos los viajes están financiados por el presupuesto para la realización del curso del proyecto Consolider. El viaje se lo organiza cada uno de los asistentes, sean estudiantes o profesores. A posteriori me envían los justificantes de los gastos (billetes y tickets de taxi, o permiso de circulación del vehículo) y la UPO le hará una transferencia al banco que haya indicado. 5.2 ALOJAMIENTO: El alojamiento también va a cargo del presupuesto para la realización del curso del proyecto Consolider. Todos los asistentes de fuera de Sevilla, tanto estudiantes como profesores, tienen reserva en el Hotel Pasarela**** 2ª reunión Metagenómica-Consolider. Enero ‘09

14. Universidad Pablo de Olavide-CSIC. UBICACIÓN DEL HOTEL Hotel Pasarela Avenida Borbolla 11 41004 Sevilla 954 415 511 2ª reunión Metagenómica-Consolider. Enero ‘09