MCM 2012-2013 LA LITTERATURE BIOMEDICALE LES STRATEGIES DE RECHERCHE

1. MCM 2012-2013 LA LITTERATURE BIOMEDICALE LES STRATEGIES DE RECHERCHE Bibliothèque IMT, septembre 2012

2. Sujets principaux • Obtenir des informations véridiques • La littérature biomédicale • Revues électroniques (texte intégral) • Bases de données bibliographiques • Livres électroniques (e-books)

3. Ressources d’information • Se reporter à son éducation • Utiliser sa documentation personnelle • Consulter un collègue (expert?) • Visiter une bibliothèque (disponible?) • Chercher sur internet / W W W:Moteurs de recherche automatisés, répertoires hiérarchiques, portails par sujet, sites web d’organisations pertinentes, …

4. Quelques désavantages: Pertinence? Genres d’informations: trop générales ou fragmentaires – mais pas: les résultats propres de recherche publiés Véracité? ‘Peer reviewed’ Complet? Toujours lacunes d’une partie substantielle, mais on ne sait pas lesquelles Modalités de recherche limitées (raffinement?) ‘Relevance ranking’ (manipulation?) Conclusion: inapte pour l’analyse systématique Indexes internet (p.ex. Google)

5. Sites web d’organisations & agences internationales Organsation Mondiale de la Santé: www.who.int/ Centers for Disease Control and Prevention: www.cdc.gov/ ONUSIDA: www.unaids.org/ PNUD: www.undp.org/ Banque Mondiale: www.worldbank.org/ … Voir: http://lib.itg.be/biblinks.htm

6. La littérature biomédicale • Résultat de la recherche biomédicale (‘publication’ + ‘archives permanentes’) • Source de la recherche biomédicale future

7. Articles (revues) Etudes spécifiques Plus à jour Répertoriés dans des bases de données Distribution dans les bibliothèques ou sur internet Livres (et autres) Portée plus large Moins à jour Répertoriés de façon plutôt limitée Plus difficiles à localiser dans les bibliothèques ou sur internet La littérature primaire

8. Revues biomédicales • > 20.000 revues d’intérêt biomédical? • Essentiel: périodicité; [abonnement] • Filtre de qualité: ‘peer review’ • Status: inclus dans les bases de données principales (p.ex. Medline, Embase, Scopus, Science Citation Index, …) • Status: hiérarchie, souvent sur base de citations (p.ex. ‘impact factors’)

9. Revues électroniques • La majorité des revues offrent une édition digitale intégrale à partir de leur site web, mais ceci n’est pas le cas pour toutes les revues! • Couverture généralement limitée (p.ex. 5-15 dernières années) • Politiques d’accès différentes: • Disponible pour tous (avec ou sans embargo) • Disponible uniquement pour les abonnés payants • Revues hybrides: mixe d’articles gratuits et articles payants

10. Revues à abonnement • Acta Tropica (1995- ) • American Journal of Tropical Medicine and Hygiene (1921- ) • Transactions of the Royal Society for Tropical Medicine and Hygiene (1995- ) • Tropical Medicine and International Health (1996- )[mais ‘open access’ après 12 mois] See: ‘http://lib.itg.be/journals.htm’ (ITM)

11. Revues ‘open access’ • PLoS Neglected Tropical Diseases (2007- ) • Malaria Journal (BioMedCentral, 2002- ) • Open Tropical Medicine Journal (2008- ) • Voir aussi: DOAJ – Directory of Open Access Journals (>8,000 titres) See: ‘http://lib.itg.be/journals.htm’ (ITM)

12. Portails ‘open access’ • PubMed Central: accès gratuit après 6 mois. • SCIELO: accès libre pour les revues latino- américaines (BIREME). • OAI - Open Archives Initiative: principles of institutional repositories and self-archiving. • HINARI – Health Internetwork: conditions d’accès spéciales pour le tiers monde.

13. Bases de données bibliographiques • Contenu: couvrent des domaines et des ressources nettement définis (p.ex. maladies endémiques; une collection locale ou (inter)nationale de livres ou de revues) • ‘Notices bibliographiques’ bien structurées qui représentent des publications / champs: auteur, titre, revue, année de publication, … • Souvent: un thésaurus (mots-clés contrôlés, organisation hiérarchique) ou des index alphabétiques

14. Quelques exemples • ITG Book and Document Holdings • ITG Student Dissertations • Tropical Endemic Diseases Control • Health Care in Developing Countries Voir: ‘http://lib.itg.be/datab.htm’

15. Caractéristiques • Produites par la bibliothèque IMT • Plutôt limitées; p.ex. 10,000-20,000 notices • Sujets et collections pertinents • Orientation tiers monde • Toutes sortes de publications • Mots-clés libres; thésaurus manque • Disponibilité garantie: texte intégral à la bibliothèque IMT + si disponible, des liens vers les éditions électroniques

16. Stratégies de recherche:1. Où commencer ? Choisissez la base de données appropriée Critères: - couverture: années + sujets - disponibilité du texte intégral - genre de documents inclus

17. Stratégies de recherche:2. Combien? Référence ou location d’un document spécifique (a) ou Information plus ou moins étendue concernant un sujet (b)

18. (a): Document(s) spécifique(s) • But: limiter rapidement les options • Déterminez les éléments les plus spécifiques • Cherchez dans les champs pertinents • Utilisez les index alphabétiques pour vérifier l’orthographe

19. Comment trouver les livres suivants dans la bibliothèque Jamison DT et al. Disease control priorities in developing countries; 2nd ed. Oxford: Oxford University Press, 2006. Olsen J, Christensen K, Murray J, Ekborn A. An introduction to epidemiology for health professionals. New York: Springer, 2010. • Choisissez la base de données appropriée • Les éléments spécifiques qui distinguent cette référence? • Limiter aux champs appropriés si nécessaire (p.ex. ‘priorities in TI’) • Notez les coordonnées nécessaires (p.ex. code de sujet) • URL? Book – Book-E – Book-H

20. Trouvez les références suivantes + version digitale [PDF] • … l’article de Boelaert-M et al. sur la leishmaniose viscérale en Inde … [Année=2011] • … l’article de Delvaux-T et al. sur la santé reproductive au Cambodge publié dans ‘JAIDS’ … [Année=2011] • … la thèse PhD de Hasker-E …[Année=2010] • … le livre publié par CABI sur la maladie de sommeil … [Année=2004]

21. (b): Recherche d’un sujet • Choisissez une base de données appropriée • Décrivez votre sujet; soulignez les mots essentiels • Identifiez les mots-clés ou les descripteurs anglais correspondants à l’aide du thésaurus ou l’index • Déterminez la relation logique entre les différents mots-clés; combinez les avec les opérateurs booléens: AND, OR, NOT • Evaluez les résultats + optimalisez les mots-clés • Limitez si nécessaire (p.ex. langue, année de publication, type de publication, disponibilité)

22. Exercices Cherchez de la littérature récente (2008-2012) pour les sujets suivants: • Contrôle vecteur de dengue • Contrôle du paludisme en Afrique utilisant des moustiquaires impregnées • L’éradication du ver de Guinée • Mortalité maternelle en Asie

23. Liste des thèses IMT des 10 dernières années concernant le Cameroun • Ouvrez la base de données appropriée (‘ITG Student Dissertations’) • Cameroon  #1 • PY>2002  #2 • #1 and #2  #3

24. Remarques pratiques • Commencez par l’essentiel, continuez en étapes logiques; évitez les phrases et mots-clés très compliqués • Pensez aux synonymes, faites attention à l’orthographe • Troncature (‘*’) peut augmenter les résultats • N’utilisez que l’anglais, même si vous ne cherchez que des documents en français • Attention: utilisation de ‘not’, risque de jeter le pertinent avec l’inutile

25. Avantages Couverture large Volume Système de mots-clés bien structuré Mises à jour rapides Désavantages Uniquement des articles Biais EU/RU/anglais Sous-representation d’autres continents Aucune relation avec la collection de l’IMT Bases de données internationales

26. Exemples • Medline / PubMed (NLM) • Global Health (CABI) • Popline • Lilacs [Amérique latine!] Voir: ‘http://lib.itg.be/datab.htm’

27. Medline / PubMed • La principale base de données bibliographique des sciences biomédicales • 1950 - présent (>22.000.000 notices) • Thésaurus: 25.000 mots-clés ‘MeSH’ (‘Medical Subject Headings’) • Articles (livres et chapitres non inclus!) • Biais fort anglophone • Sous-représentation des revues locales + tiers monde • Aucune relation avec la collection de l’IMT

28. Notices PubMed • Options d’affichage • Liens vers le texte intégral • Marquer • Thésaurus ‘MeSH’ • ‘Journal database’ • ‘Single citation search’ • Options pour imprimer ou sauvegarder une sélection de notices

29. Addresses PubMed • URL ‘officiel’: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez/ • URL ‘simplifié’:http://pubmed.gov/ • URL ‘tutorials’: http://www.nlm.nih.gov/bsd/disted/pubmed.html • URL ‘My NCBI’: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/myncbi/

30. Autres genres de bases de données • “Current awareness” services: • Current Contents [ISI => Thomson Scientific] • “Citation” databases: • ISI Web of Science + Journal Citation Reports • Google Scholar • “Knowledgebase”: • Cochrane Library • Clinical Evidence

31. Citation databases • En 2006 Bruno Gryseels et collègues ont publiés un séminaire sur la bilharziose (‘schistosomiasis’) dans ‘The Lancet’.Trouvez le texte entier (PDF) de cet article et cherchez des articles qui l’ont cités depuis 2006.

32. Citation databases & JCR • L’éditeur PLoS (Public Library of Science) publie 7 revues en ‘open access’.Lesquelles de ces revues ont un facteur d’impact ‘officiel’ (IF) et quel IF est le plus élevé?

33. E-Books – livres digitales • Bookshelf (NCBI) • Free Online Medical Books • Google Book Search; WikiBooks • MYiLibrary • SpringerLink Medical collection • HIV Insite Knowledge Base • World Health Report (WHO) • … See: ‘http://lib.itg.be/ebooks.htm’

34. Google Scholar • Combine les caractéristiques d’un moteur de recherche avec une base de données bibliographique • Cherche la littérature scientifique, non des sites web • ‘Relevance ranking’ au lieu d’ordre chronologique • ‘Citation linking’ (dans un univers limité) • Liens vers le texte intégral (à condition que vous ayez droit d’accès) • Mais: couverture fragmentaire, critères de sélection inconnus?

35. Bibliothèque IMT – URL http://lib.itg.be/journals.htm links to selected electronic journals http://lib.itg.be/datab.htm links to selected databases http://lib.itg.be/ebooks.htm links to selected electronic books http://lib.itg.be/biblinks.htm links to selected biomedical websites http://e-lib.itg.be/ login externe

36. FIN