Microbiologie wie ziet nog klaar? Prof.dr. G. Verschraegen UZ Gent

1. Microbiologie wie ziet nog klaar? • Prof.dr. G. Verschraegen UZ Gent

2. - nieuwe bacteriën , nieuwe namen - opinie omtrent toestellen - nieuwe richtlijnen antibiogram NCCLS

3. Naamveranderingen Bacterien • Geen echte officiële instantie die namen geeft of goedkeurt  • Wel regels voor internationale nomenclatuur van bacteriën

4. Nomenclatuur enterobacteriaceae J. P. Euzéby : www.bacterio.cict.fr

5. Bacteriële naamgeving: …..eeuwenoud Eenvoudig voorbeeld: mengsel van E. coli en S. aureus namen van deze kiemen zijn reeds heel oud en standvastig door de tijd: E. coli (1919), S. aureus (1884)

6. Bacteriële naamgeving: ….. of piepjong Continu worden nieuwe species beschreven: Enkele voorbeelden gepubliceerd in mei-nr. van International Journal of Systematic and Environmental Mircrobiology: (en hoe ze ontdekt werden) Mycobacterium saskatchewanens (klinisch isolaat geïdentificeerd door 16S rRNA gene sequencing) Pseudomonas antarctica sp. nov., Pseudomonas meridiana sp. nov. and Pseudomonas proteolytica sp. nov. (stammen geisoleerd uit de Poolzeeën. Identificatie en discriminatie aan de hand van zowel fenotypische als genotypische methoden..) Pseudomonas lutea sp. nov. (stammen die fosfaat oplosbaar maken geïsoleerd uit de wortels van planten, identificatie gebaseerd op 16S rRNA gen sequencing) Paenibacillus lactis (identificatie dmv fenotypie en genotypie van isolaten uit verse melk)

7. Bacteriële naamgeving: ….. aanpassend aan nieuwe kennis door de tijd Streptococcus adjacens (Bouvet et al. 1989) Abiotrophia adiacens (Kanamura et al. 1995) 16S rRNA gen sequentie vergelijk. Granulicatella adiacens (Collins et al. 2000) 16S rRNA gen sequencing, cluster analyse met groter aantal stammen

8. Bacteriële naamgeving: ….. synoniemen & wijziging Erwinia herbicola = Erwinia milletiae = Enterobacter agglomerans Enterobacter agglomerans (Beje et al., 1988) Ondanks de verschillende kenmerken gelegen aan isolatieplaats zijn ze allen hetzelfde species Pantoea agglomerans (Gavini et al., 1989) Verwantschapsanalyse met genotypische technieken toont dat ze een aparte group zijn van de andere Enterobacters

9. Bacteriële naamgeving: ….. evolutie binnen een genus Klebsiella (species met vaste naamgeving) (synoniem) K. trevisanii = K. planticola K. granulomatis K. oxytoca K. pneumoniae subsp. ozaenae subsp. pneumoniae subsp. rhinoscleromatis K. ornithinolytica K. terrigena splitsing genus (drie species in apart genus) genus Raoultella R. planticola R. ornitholytica R. terrigena (nieuw heel recent species) Klebsiella variicola

10. Salmonella Is nog een probleem 70 jaar oud gebruik >2500 serotypes, elke naam een species bv. S. typhimurium DNA-DNA hybridizatie : 5 (8) evolutionaire groepen in genus sterk verwant aan mekaar  1 species: choleraesuis > enterica. Choleraesuis echter ook serotype: verwarrend! Tendens: S. enterica (met 6 subspecies: salamae, houtenae, enterica, indica, arizonae, diarizonae) Of toch 2de species S. bongori?

11. serotypes • Serotypes als species: - S. enteritidis • - S. serovar Enteritidis • - S. ser. Enteritidis • - S. Enteritidis • - Serovar veranderen in serotype • Verschillende instanties  verschillende schrijfwijzen : S. enterica subsp enterica serovar Typhimurium

12. Laborapporten salmonella Meeste laboratoria werken met beperkt gamma antisera  meest voorkomende groepen bv. S. serogroep B, D… Verdere uitwerking in referentielab bv. Salmonella serotype Typhimurium

13. Enterobacteriaceae Plesiomonas van Vibrionaceae naar Enterobacteriaceae Citrobacter : diversus en koseri “subjectieve” synoniemen Enterobacter of Pantoea agglomerans? Klebsiella ornithinolytica, terrigena en planticola  Raoultella Klebsiella pneumoniae subsp ozaenae Klebsiella pneumoniae subsp rhinoscleromatis Klebsiella oxytoca Calymatobacterium granulomatis  Klebsiella granulomatis

14. Moeilijk te differentiëren: Citrobacter freundii complex Enterobacter agglomerans complex Klebsiella pneumoniae complex

15. Staphylococcen S. aureus subsp aureus anaerobius S. hominis subsp novobiosepticus hominis  S. cohnii subsp cohnii urealyticus S. saprophyticus subsp saprophyticus bovis  S. schleiferi subsp schleiferi coagulans

16. Streptococcen S. sanguis en sanguinis S. bovis en agallolyticus S. milleri en S. anginosus groep (anginosus, constellatus, intermedius)

17. Nonfermenters Oude pseudomonas  Burkholderia Stenotrophomonas (ex-Xanthomonas) Comamonas Shewanella Ralstonia Methylobacterium Sphingomonas Acidovorax Brevundimonas Delftia Pandoraea

18. Naamwijzigingen Agrobacterium radiobacter  Rhizobium Pseudomonas paucimobilis  Sphingomonas Flavobacterium multivorum  Sphingobacterium P. putrefaciens, Alteromonas, Achromobacter, Ib  Shewanella Weeksella zoohelmcum  Bergeyella zoohelcum Flavobacterium odoratum  Myroides odoratus Odoratimimus Comamonas acidovorans  Delftia acidovorans

19. Current classification of selected Pseudomonas rRNA homology group II to V organisms which have been recovered from humans IIPseudomonas cepaciaBurkholderia cepacia complex genomovar I: B. cepacia genomovar II: B. multivorans genomovar III (unnamed species) genomovar IV: B. statute genomovar V: B. vietnamiensis genomovar VI (unnamed species) genomovar VII: B. ambifaria genomovar VIII: B. anthina genomovar IX: B. pyrrocinia Pseudomonas gladioli Burkholderia gladioli Pseudomonas cocovenenans Burkholderia gladioli Pseudomonas mallei Burkholderia mallei Pseudomonas pseudomallei Burkholderia pseudomallei Burkholderia thailandensis Pseudomonas Former species Current species rRNA homology designation designation group

20. Current classification of selected Pseudomonas rRNA homology group II to V organisms which have been recovered from humans II Pseudomonas (Burkholderia) pickettii Ralstonia pickettii Pseudomonas pickettii biovar 3/'thomasii’ Ralstonia mannitolilytica III Pseudomonas (Comamonas) acidovorans Delftia acidovorans Pseudomonas testosteroni Comamonas testosteroni Pseudomonas delafieldii Acidovorax delafieldii Pseudomonas facilis Acidovorax facilis IV Pseudomonas diminuta Brevundimonas diminuta Pseudomonas vesicularis Brevundimonas vesicularis V Pseudomonas (Xanthomonas) Stenotrophomonas maltophilia maltophilia Stenotraphomonas africana Pseudomonas Former species Current species rRNA homology designation designation group

21. Letters en cijfers Vd-3: Rhizobium radiobacter IIk-1: Sphingomonas paucimobilis IVd: Peudomonas-like groep 2 EF-1: Herbaspirillum species 3 IIk-2: Sphingobacterium multivorum Ib: Shewanella IIj: Bergeyella zoohelmcum M4: Oligella urethralis IVe: Oligella ureolytica Vd 1 en 2 : Ochrobactrum

22. Naamveranderingen Chlamydia pneumoniae en psittaci  Chlamydophila Ehrlichia phagocytophila  Anaplasma phagocytophilum Rickettsia tsutsugamushi  Orientia Anaërobe Gram-negatieve staven: Prevotella, Porphyromonas Bacteroides forcythus  Tannerella forcythensis Fusobacterium alocis  Filifactor alocis Fusobacterium sulci  Eubacterium sulci Anaërobe Gram-positieve : strepto: Finegoldia Atopobium Staven: Eubacterium  Colinsella Actinomyces pyogenes  Arcanobacterium

23. Andere (DF-1) : Capnocytophaga ochracea (DF-2) : Capnocytophaga canimorsus Kingella indologenes: Sutonella Tropheryma whippelii  T. whipplei Pasteurella haemolytica  Mannheimia Nutrioneel variant streptococcen: Abiotrophia defectiva Adiacens en elegans Granulicatella Stomatococcus mucilaginosus : Rothia mucilaginosa

24. Aankoop toestellen • Identificatie: • Benefiet voor labo en/of ZH • Steun van instelling • Sneller resultaat en beter voor patiënt • Gegevens om op te beslissen • Welk type financiering

25. Toestellen technisch • Niet te vroeg kopen : kinderziekten • Wachten op publicaties peer reviewed journals ID en AB OK • Duur test • Kostprijs kwaliteitscontrole inbegrepen • Houdbaarheid, stockageplaats, leveringsmodaliteiten • Epidemiologische programma’s • Link apotheek, andere • Rapporten OK • Accurate resultaten

26. Toestellen fabrikant • Koppelbaar aan lab-computer, uni-, bi-directioneel • Service 24/24 365/365 • Uitbreidbaar • Oefentijd • Service contract en prijs • Benodigdheden: tafel, stopcontacten • Updates software kosteloos

27. Database entries of the Enterobacteriaceae (human isolates/ (Continued) VitekMicroScan OrganismAPI20E, BBL IDS RaplD GNI, GNI+, version 4.0 Crystal onE, version version version version 4.0 1.93 R8.03 R8.03 Enterobacter agglomerans groupXXXXX (six spp.)X Enterobacter amnigenus group 1XXXXXX (groups 1XXX (1 andX and 2)2) Enterobacter amnigenus group 2XXXXXX (groups 1XXX (1 andX and 2)2) Enterobacter asburiaeXX XXX XXXXXX(E.cloacae) Rapid, version 22.28 Biolog," version 6.01 ID-GNB, version R02.03 Conventional, version 22.28 ID 32E, version 1.0 MIDI, version 4 Toestellen advies • Gaan kijken bij gebruikers • Combinatie identificatie en AB • Wat niet in software zit kan er niet uitkomen • Citrobacter braakii missen in database is gering probleem > sakazakii • Snel antwoorden = vaak forceren bv. inoculum dikker • Nog steeds problemen

28. Toestellen aanvaardbare werking • Vergelijkingspunt bv. NCCLS met kwaliteitscontrole stammen, stammen met gekende R-mechanismen, reeks stammen in spectrum van AB • Aanvaardbaar: categorie overeenkomst > 89.9% • Major verschil >=3% op de gevoelige stammen • Very major verschil: als een functie van het totaal aantal resistente MO getest <=7.5% en 1.5% met 95% confidentie limiet • <10% van elk genus getest • Wat niet kan gehaald worden moet door de fabrikant op de bijsluiter worden vermeld met aanraden van andere methode

29. Toestellen Voordelen • Mechanisch betrouwbaar • Accreditering standaardisatie inoculum • Automatisatie • Vermijden overschrijffouten • Cumulatieve AB resultaten • Link met voorschrift AB  snelle check • Expert software mogelijk • Toch steeds door microbioloog verifiëren

30. Toestellen Nadelen • Geen echte volledige automatisatie • Manueel inoculum • Hardware duur, duurder dan manuele testen • Onderhoudscontract • 1 producent, weinig flexibiliteit, • andere systemen in stand te houden vermits niet goed voor alle MO bv pneumococcen • toestellen steeds in evolutie eigen performantie moeilijk na te gaan

31. Toestellen: enkele voorbeelden • Enterococcen: vanB en high level genta en strepto geven problemen • Staphylo: oxa-R te veel of te weinig • Aztreo valselijk R proteus en morganella • Valse carbapenem R

34. FDA-approved molecular diagnostic tests for infectious diseases Test Method/manufacturer C. trochomatis detection Hybridization/Gen-Probe; LCR/Abbott;PCR/Roche; Hybrid capture/Digene;SDA/Becton Dickinson N. gonorrhoeae detection Hybridization/Gen-Probe; LCR/Abbott;SDA/Becton Dickinson; Hybrid capture/Digene C. trachomatis and N. gonarrhoeae multiplex PCR/Roche; TMA/Gen-Probe Culture confirmation for Mycobacterium spp Hybridization/Gen-Probe Culture confirmation for fungi and bacteria“ Hybridization/Gen-Probe Detection of group A streptococcus Hybridization/Gen-Probe HCV detection RT-PCR/Roche Methicillin-resistant S. aureus detection Cycling probe technology/ID Biomedical HIV quantitation (standard or ultrasensitive) RT-PCR/Roche; NASBA/bioMerieux HIV resistance genotyping CLIP sequencing/Visible Genetics HPV detection Hybrid capture/Digene M. tuberculosis detection TMA/Gen-Probe; PCR/Roche Gardnerella, Trichomonas, and Candida detection Hybridization/Becton Dickinson CMV detection Hybrid capture/Digene; NASBA/bioMerieux aFungi include B. dermatitidis, C. immitis, Cryptococcus neoformans, and H. capsulatum. Bacteria include Campylobacter spp., Enterococcus spp., group A streptococcus, group B streptococcus, H. influenzae, N. gonorrhoeae, S. pneumoniae, S. aureus, and L. monocytogenes.

35. Laatste wijzigingen antibiogram volgens Nccls • Bioterrorisme: Y. pestis • B. anthracis • B. mallei • B. pseudomallei •  referentielabo • niet bespreken

36. Niet bespreken ---- op te vragen: • Table 2 I: Vibrio cholerae • Table 3 B: Reference Guide to QC Testing frequency • Table 7: Listeria spp. en N. meningitidis referentielabo • Listeria ampi<= 2 µg/mL = S • Table 8: check identificatie -> antibiogram bv. S. maltophilia imipenem-S, cotrim-R • Gerda.verschraegen@UGent.be

37. Algemene opmerkingen • Tentatief voor 1 jaar • Telithromycine toegevoegd in aantal tabellen • Rifampine -> G+: niet in monotherapie • LV: niet rapporteren want niet keuze-preparaat • Perorale producten • 1ste en 2de generatie cefalo (uitz. Cefur sodium) • clinda • macroliden • tetracyclines • FQ

38. Waarschuwingen • Salmonella, Shigella: niet rapporteren: aminoglycosiden • Salmonella: : 1ste en 2de gen. Cefalo • Extra-intestinale isolaten: nalidixine-R = klinisch • Falen FQ • Meer commentaren naar clinicus: bv. P. aeruginosa en neutropenie of ernstige infectie • Max. dosis AP-PEN of CAZ + aminoglycoside

39. Enterobacteriaceae • Salmonella … (disk en dilutie) •  Probleem van ESBL: - E. coli •   - K. pneumoniae • - K. oxytoca •   - Voor andere MO niet gevalideerde methode ESBL •  cefepime

47. Nonfermenters: disk diffusie • P. aeruginosa en Acinetobacter spp. • + B. cepacia: cefta, mero, mino 20-24u incubatie ipv 16-18u • + S. maltophilia: mino, levo, cotrim • Andere: dilutiemethode • Cefta: R I S • P. aeruginosa <= 14mm 15-17 >=18 • B. cepacia <=17 18-20 >=21MeroP. aeruginosa <=13 14-15 >=16 • B. cepacia <=15 16-19 >=20

48. Stafylococcen • Telithromycine: R I S • <=18 19-21 >=22 • waarschuwen: oxa-R SA en CNS: alle bètalactam inactief • R I S • Oxa SA <=10 11-12 >=13 MIC <=2->=4 • CNS <=17 >=18 0.25-0.5 • Oxa-S: bètalactam rapporteren zoals bekomen • Cefoxitine 30µg disk: gewone aflezing: R I S • <=14 15-17 >=18 • predictie mecA: <=19 SA >=20 incub 24u • <=24 CNS >=25

49. clinda erythro • 2µg 15µg 15-26mm ERYTHRO CLINDA Stafylococcen • Macroliden: SA en CNS constitutief MLSB • Induceerbaar • Efflux: M • Nog geen QC stammen beschikbaar • op bloedagar • clinda wsch R

50. Stafylococcen • MIC >= 4 µg/mL: stam doorsturen naar ref labo • OXA > CNS: S. epidermidis : afleescriteria en mec A correleren goed • S. lugdunensis, S. saprophyticus: te veel R: • MIC 0.5 à 2µg/mL  mec A en PBP2a bepalen : indien negatief • = Oxa-S • andere bètalactams volgens afleescriteria • MIC >= 4µg/mL met mecA of PBP2a negatief = OXA-R