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um cromossomo eucariotico tem tipicamente ~ 50 a 200 Mbp

Como sequenciar um genoma ?. um cromossomo eucariotico tem tipicamente ~ 50 a 200 Mbp. … mas a tecnologia atual so’ permite sequenciar ~ 700 bp de cada vez (nao existe um “carretel”, ao menos por enquanto). Sequenciando um genoma: o tamanho do problema. ( ver para crer ).

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um cromossomo eucariotico tem tipicamente ~ 50 a 200 Mbp

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Presentation Transcript

  1. Como sequenciar um genoma ? um cromossomo eucariotico tem tipicamente ~ 50 a 200 Mbp

  2. … mas a tecnologia atual so’ permite sequenciar ~ 700 bp de cada vez (nao existe um “carretel”, ao menos por enquanto)

  3. Sequenciando um genoma: o tamanho do problema ( ver para crer ) se ampliássemos esse cromossomo ( ~ 2,5 Mbp ) até que ele medisse 25 metros ... cada milímetro conteria 100 bp ( 2.500.000 bp / 25.000 mm ). Uma leitura ( “trace” ) de sequenciador tem ~ 500 bp = 5 mm 5.000 traces p/ sequenciar o crom. 4 genoma completo: ~ 3 milhoes de traces

  4. Como sequenciar um genoma ? Opcao 1: primer walking primer walking e’ um metodo caro,e que nao conseguiria seq. 1 Mbp. Mas que em termos logicos seria uma alternativa a metodos aleatorios (wgs)

  5. Como sequenciar um genoma ? Opcao 2: clone-by-clone

  6. Drosophila melanogaster BAC physical map (X chromosome) Como obter o “tiling path” de clones ?

  7. Como sequenciar um genoma? Opcao 3: (método “whole genome shotgun”)

  8. Genome sequencing strategies

  9. CBC Genomic sequencing fails in repetitive regions WGS (modified from Adams et al. 2000; Lander et al. 2001)

  10. WGS uses mate-pairs to “jump across” repetitive DNA

  11. Anatomia de um scaffold (“supercontigs”)

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