Comment la génomique modifie les activités commerciales et les services des associations

Comment la génomique modifie les activités commerciales et les services des associations Pr Josef Pott, Weser-Ems-Union eG, Allemagne

Associations • Appartenant aux membres et dirigées par ceux-ci • But : améliorer la race Holstein • Recueillir et analyser des données et fournir de l’information et des services aux membres

Activités commerciales des associations • Services de base : • Enregistrement • Expositions • Classification • Autres services: • Contrôle laitier • Évaluation génétique et/ou génotypage • IA

Sélection génomique • Basée sur des séquences d’ADN • Grand nombre de SNP génotypés à faible coût • Permet de retracer la transmission de • courts segments de chromosomes • - Population de référence : SNP reliés aux VÉE des taureaux dont on a testé la progéniture - Essentiel : parenté vérifiée, données valides et complètes

Les VÉE génomiques • Fiabilité :moyenne des parents < VÉE génomiques < VÉE d’épreuves de progéniture • Disponibles plus tôt=> diminution de l’intervalle entre les générations • Obtenir l’acceptation par la validation

gEBV – validation in Germany(S. Rensing, vit 2012) • 962 validation bulls – December 2010 – no daughter information • August 2012: at least a second daughter based proof Épreuve de progéniture Conformation, RZE Production, RZM SCC, RZS Indice de performance totale, RZG VÉEG

Utilisation de taureaux génomiques en Allemagne(de janvier 2011 à mai 2012, Rensing, 2012) Différences régionales de 20 à 75 %

Biopuce de faible densité (FD) • Prédictions de la biopuce FD : environ 95 % aussi précises que les prédictions à partir d’une biopuce à 50 k SNP • A gagné de la popularité grâce à son prix moins élevé => test des femelles • Information plus précise et plus rapide que la moyenne des parents - production - conformation - vie productive - CCS - facilité de vêlage - fertilité - consanguinité et tares génétiques

Incidence de la génomique sur : • classification • testage de la progéniture

Objectifs des classifications • Améliorer la conformation fonctionnelle - facilité de travail • - résistance aux maladies - vie plus longue - aptitude naturelle à produire du lait • Peut augmenter la valeur d’un animal • VÉE pour le type

Facteurs influençant la conformation ou la valeur fonctionnelle d’un animal

Fiabilités des moyennes des parents et des VÉEG2009 Les VÉEG ont une plus grande valeur que les données individuelles de production ou de classification. Le test génomique des femelles peut réduire le nombre de classifications.

Comment le testage de la progéniture sera-t-il affecté? Nombre de jeunes taureaux entrant en IA en Allemagne (2011) (2012) • - Le nombre de groupes de progéniture décroît - Le nombre total de filles inspectées diminue=> moins de taureaux à progéniture éprouvée par an dans la population de référence • - nombre croissant de filles/taureau (?) – biais! • => classification dans troupeaux-échantillons représentatifs

Contexte général de la production laitière • Diminution du nombre de fermes • Augmentation de la taille des troupeaux • Les producteurs sont plus progressistes, moins traditionnels et manquent toujours de temps • Demande croissante de services • Des solutions simples et complètes

Services génomiques • Test génomique (c.-à-d. différents types de panels de SNP) • Vérification de parenté / identification • Gestion des sujets de remplacement • Amélioration du service de choix de taureaux

Testage génomique et vérification de parenté Testage génomique (FD, 50 k, HD) • VÉE pour tous les caractères • Vérification de parenté ( = d’ascendance)- actuellement : technologie des microsatellites d’ADN (il faut l’animal lui-même + sa mère + son père)- à l’avenir : technologie des SNP pour confirmer la parenté (validation du livre généalogique) tous les parents potentiels doivent être testés un seul échantillon pour : - test génomique - vérification de parenté - détection de gènes récessifs nuisibles - couleur de la robe

GENOID – Holstein Canada • Test génomique et enregistrement au livre généalogique en une seule étape pour les bovins non enregistrés • VÉE génomiques • Les taureaux d’IA et les mères déjà génotypées seront identifiés • Confirmation de l’enregistrement et dévoilement de la VÉEG au propriétaire

Testage génomique des femelles;gestion des sujets de remplacement • Le génotypage doit être bon marché;pour tester toutes les génisses, rentable à 29 € ; attrayant à 15 € (Pryce et al. 2012) • Rentable en particulier si- la généalogie n’est pas disponible(si elle est disponible, d’abord trier les animaux selon ces données)Weigel (2011) - s’il y a plus de génisses que les besoins en sujets de remplacement (semence sexée)

Testage génomique des femelles;gestion des sujets de remplacement Applications : • Sélection parmi les veaux femelles ou les génisses amouillantes • Accouplement (choix de taureaux) • Évaluation des femelles d’élite • Sélection avant l’achat • Gérer les animaux de façon plus individuelle

Service amélioré de choix de taureaux • Jusqu’à maintenant :basé sur la production, la généalogie et l’évaluation physique • Maintenant : basé sur la VÉE génomique • Fiabilité plus grande pour tous les caractères • Évite la consanguinité • Facilite la surveillance des gènes récessifs nuisibles • Accélère le progrès génétique

Conclusions • La sélection génomique commence à être largement adoptée • Les VÉEG sont de plus en plus adoptées • Baisse du nombre de taureaux en IA • Le génotypage des femelles devient populaire • Menaces : moins de classifications? + moins de tests de progéniture? • Possibilités : service génomique

Comment la génomique modifie les activités commerciales et les services des associations