1 / 24

Klasifikace a názvosloví enzymů

Klasifikace a názvosloví enzymů. Triviální názvy. Přidělovány náhodně Většinou s koncovkou –in (např. trypsin, pepsin) Později s koncovkou –asa (např. amylasa, proteasa, lipasa) Triviální názvy neumožňují racionálně pojmenovat velké množství enzymů  systémové názvy enzymů.

kieve
Download Presentation

Klasifikace a názvosloví enzymů

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript

  1. Klasifikace a názvosloví enzymů

  2. Triviální názvy • Přidělovány náhodně • Většinou s koncovkou –in (např. trypsin, pepsin) • Později s koncovkou –asa (např. amylasa, proteasa, lipasa) • Triviální názvy neumožňují racionálně pojmenovat velké množství enzymů  systémové názvy enzymů

  3. Systémové názvy enzymů • Zavedeny v roce 1961 (enzymová komise IUB) • V názvech zahrnut substrát i typ katalyzované reakce • České názvosloví kopíruje mezinárodní názvosloví • Většinou koncovka –asa • Názvy se píší jako jedno slovo • Základem jednotné klasifikace a nomenklatury enzymů je jejich rozdělení do šesti hlavních tříd, podle typu katalysované reakce

  4. Třídy enzymů • Oxidoreduktasy • Transferasy • Hydrolasy • Lyasy • Isomerasy • Ligasy

  5. Systémové číslo enzymů • Vystihuje zařazení enzymu v klasifikaci EC (Enzyme Comission) • Čtyřmístné číslo • Třída podtřída skupina číslo enzymu uvnitř skupiny

  6. 1. Oxidoreduktasy • Enzymykatalyzující oxidoredukční reakce • Oxidovaný substrát je považován jako donor vodíkových iontů • Systémový název: • donor:acceptor oxidoreduktasa • alkohol:NAD+-oxidoreduktasa • Příklad: acceptor donor NAD+ NADH + H+ CH3-CH2-OH CH3-CHO

  7. 1. Oxidoreduktasy • EC čísla 1.x.x.x (x = přirozené číslo) • 1. číslo označuje třídu oxidoreduktas • 2. číslo označuje podtřídu (která skupina je donorem vodíku a podléhá oxidaci) 1.1= -CHOH, 1.2 = aldehydovánebo keto-skupina … • 3.číslo označuje typpoužitého akceptoru (příklady) 1.x.1 = NAD(P), (např. aldehydreduktasa) 1.x.2 = cytochrom, (např. manitoldehydrogenasa) 1.x.3 = molekulárníkyslík (např. D-manitoloxidasa) 1.x.4 = disulfid 1.x.5 = chinon nebo podobná skupina

  8. 2. Transferasy • Enzymykteré přenášejí skupinu z jedné sloučeniny (donor) na jinou sloučeninu (akceptor) X-Y + Z = X + Z-Y • V mnoha případech je donoremkoenzym • Systémový název: • donor:akceptor (přenášená skupina)transferasa • ATP:acetát-fosfotransferasa • Doporučené názvy: • donor (přenášená skupina)transferasaneboakceptor (přenášená skupina)transferasa Příklad: serinhydroxymethyltransferasa

  9. 2. Transferasy • EC čísla 2.x.x.x • 2. číslo označuje skupinu která je přenášena 2.1 = jednouhlíkatá skupina; 2.2 = aldehydická nebo keto-skupina; 2.3 = acylová skupina • 3. číslo poskytuje další informace o přenášených skupinách 2.1.1 = methyl- 2.1.2 = hydroxymethyl-

  10. 3. Hydrolasy • EC číslo 3.x.x.x • Enzymy katalyzující hydrolytické štěpení vazeb C-O, C-N, C-C a některých dalších vazeb • Peptidové, glykosidové, esterové ... vazby • Většinou jednoduché enzymy • Na podtřídy se dělí podle typu štěpěných vazeb • Doporučené názvy: • substráthydrolasa Příklad: thiolesterhydrolasa

  11. 4. Lyasy • Lyasy jsou enzymynehydrolyticky štěpící C-C, C-O, C-N a jiné vazby za vzniku dvojných vazeb nebo kruhů • Rovněž katalyzují energeticky nenáročnou adici skupin na dvojné vazby • Odštěpení nebo vnášení malých molekul • Systémový název: • Substrát -skupinalyasa(2-oxokyselina-karboxylyasa ; pyruvátdekarboxylasa) • Doporučené názvy: • dekarboxylasy(eliminace CO2) • dehydratasa(eliminace vody) • Pokud je důležitější opačná reakce .... • synthasa (nikoli synthetasa, reservována pro třídu 6)

  12. 5. Isomerasy • Enzymykatalyzující vnitromolekulové přesuny atomů a jejich skupin  vzájemné přeměny isomerů • Molekulová hmotnost substrátu se nemění • Nejméně početná skupina enzymů • Dělení na podtřídy založeno na typu isomerie • Příklady: • Epimerasy (e.g. ribulosafosfát-4- epimerasa) • Isomerasy (e.g. xylosaisomerasa)

  13. 6. Ligasy • Enzymykatalyzující vznik energeticky náročných vazeb za současného rozkladu ATP • Systémový název molekulaX-molekulaY ligasa tyrosin-tRNA-ligasa • Pozn.: V některých případech se stále používá starší označení synthetasa Příklad: tyrosin-tRNA-synthetasa

  14. Kde hledat informace? Nomenclature Committee of the International Union of Biochemistry and Molecular Biology (NC-IUBMB) In consultation with the IUPAC-IUBMB Joint Commission on Biochemical Nomenclature (JCBN) Enzyme Nomenclature Recommendations of the Nomenclature Committee of the International Union of Biochemistry and Molecular Biology on the Nomenclature and Classification of Enzymes by the Reactions they Catalyse http://www.chem.qmul.ac.uk/iubmb/enzyme/

  15. BRENDA • BRaunschweig ENzyme DAtabase • Sbírka informací o enzymech založená na původní literatuře • Obsahuje data o nejméně 83000 enzymech z více než 9800 organismů • Zařazeno do ca 4200 EC položek • Obsahuje velké množství informací (klasifikace a nomenklatura, specifita, katalyzované reakce, parametry charakterizujiící enzymovou reakci, výskyt, struktura, stabilita, metody isolace, aplikace, vztah k patologii organismů, další linky a původní literatura) • BRENDA je udržována a dále vyvíjena na Institute of Biochemistry, University of Cologne, Germany. http://www.brenda.uni-koeln.de/

  16. Expasy • ExPASy (Expert Protein Analysis System) • proteomický server koordinovanýSwiss Institute of Bioinformatics (SIB) • Zaměřen na analýzu bílkovinných sekvencí, struktur a 2-D PAGE • Obsahuje kapitolu věnovanou enzymové nomenklatuře http://www.expasy.org/enzyme/

  17. EC  PDB • Enzyme Structures Database • Databáze obsahuje známé struktury enzymů, které jsou deponovány v Protein Data Bank (PDB). • V současné době obsahuje 19,749 položek (14. říjen 2006) http://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/databases/enzymes/

  18. CAZy • Carbohydrate-Active enZymes • Databáze enzymů, které degradují, modifikujínebo vytváří glykosidické vazby http://afmb.cnrs-mrs.fr/CAZY/index.html

  19. MEROPS • Databáze peptidas • Rovněž obsahuje jejich proteinové inhibitory http://merops.sanger.ac.uk/index.htm

  20. Springer Handbook of EnzymesSchomburg, Dietmar, Schomburg, Ida (Eds.) • Obsahuje relevantní data pro všechny dobře charakterizové enzymy • Ve druhém vydání se předpokládá 42 svazků

  21. PUBMED • PubMed is a service of the U.S. National Library of Medicine that includes over 16 million citations from MEDLINE and other life science journals for biomedical articles back to the 1950s. PubMed includes links to full text articles and other related resources. • http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?DB=pubmed

  22. BioMed Central • Open-access vědecké časopisy (v elektronické formě) • Přes 150 časopisů z biologické a lékařské oblasti http://www.biomedcentral.com/

  23. Public Library of Science • Nové nakladatelství vydávající open-access elektronické časopisy v biologické a lékařské oblasti http://www.plos.org/

  24. PubMed Central • free digital archive of biomedical and life sciences journal literature. http://www.pubmedcentral.nih.gov/

More Related