Prospectives du laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive Période 2007-2010

1. Prospectives du laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive Période 2007-2010 La structure du laboratoire Les grands axes de recherche Moyens pour la recherche Locaux et plateaux techniques Les personnels L’enseignement Conclusions

2. La structure du laboratoire • Rattachements demandés dans le cadre du contrat 2007-2010 • Équipe « Epidémiologie et Santé Publique » P. Vanhems • Equipe « Evaluation et Modélisation des Effets Thérapeutiques » F. Gueyffier • D. Kahn (DR INRA en détachement sur un poste INRIA, UMR5558) • H. Fritz (CR CNRS, CEBC) dans le cadre d’une demande d’ATIPE

3. L. Duret C. Bernstein JP. Flandrois Génomique comparative Populations et Evolution Ecologie évolutive Génétique et génomique évolutives Etude des mécanismes génétiques de l’évolution en relation avec le niveau populationnel et l’environnement Approche phénotypique des mécanismes responsables de la dynamique adaptative des populations et des communautés Méthodologique J. Lobry Comité de direction Interactions durables F. Vavre Modélisation Mathématique et Bio-statistique Biomaths- Santé Approches biométriques des grands problèmes de santé publique

4. Les grands axes de recherche • Méthodologies • Génomique évolutive • Ecologie évolutive • Epidémiologie

5. Les grands axes de recherche 1-Méthodologies Algorithmique

6. Réglis : MF Sagot REGuLarités : Inférence et Statistiques Identifier des régularités, au niveau génomique et au niveau des réseaux, structurales ou fonctionnelles, qui pourraient représenter des indices d'une organisation profonde du vivant ?

7. Les grands axes de recherche 1-Méthodologies • Algorithmique (Projet Réglis) • Base de données (Génomique  Santé) • Les statistiques bayésiennes (Santé  Génomique, Ecologie) • Ecologie statistique (Ecologie  Santé) • Les systèmes dynamiques stochastiques

8. Les grands axes de recherche 2- Génomique évolutive Structure et évolution des génomes

9. Homme chimpanzé macaque • Génomicro : L. Duret Génomique micro-évolutive Elucider les processus évolutifs et révéler les contraintes fonctionnelles dans les génomes complets.

10. Les grands axes de recherche 2- Génomique évolutive Structure et évolution des génomes • Processus évolutifs (Projet Génomicro) • Rôle des Eléments Transposables

11. Les grands axes de recherche 3. Ecologie évolutive Fonctionnement des populations et environnement

12. Mobilité : D. Allainé Hétérogénéité spatiale et mobilité de la grande faune. Applications à la conservation d’espaces et d’espèces menacées en Afrique et en Europe Deux mésoherbivores de savane africaine Un carnivore de montagne tempérée qui circulent sur de vastes espaces hétérogènes soumis à des pressions anthropiques

13. Les grands axes de recherche 3. Ecologie évolutive • Fonctionnement des populations et environnement (projet Mobilité) • Gestion et conservation de la biodiversité • Relations « hôte-parasite » • Approche écologique et modélisation • Approche fonctionnelle

14. Les grands axes de recherche 4. Epidémiologie Santé et Environnement

15. Pathocénoses et émergence des maladies transmissibles : un concept unificateur mis à l’épreuve sur des pathologies exemplaires : D. Pontier Etudier la co-existence de plusieurs pathogènes sur leurs propriétés nosologiques et/ou la dynamique de la population d’hôtes. Equipe UMR « Ecologie évolutive » + Bordeaux ONCFS Institut Pasteur de Tunis Analyse de données et Modélisation ENVT IRD « Conditions et territoires d’émergence des maladies » Épidémiologistes, biologistes de populations, médecins, virologues, généticiens, gestionnaires de la faune, mathématiciens, statisticiens

16. Les grands axes de recherche 4. Epidémiologie • Santé et environnement • Etude des facteurs écologiques et populationnels impliqués dans la dynamique des infections (Projet Pathocénose) • Confrontation réciproque des modèles épidémiologiques des maladies transmissibles chez l’homme et l’animal (FIV HIV) • Epidémiologie des maladies non transmissibles • Modélisation de l’incidence des maladies et de leur pronostic en conjuguant les approches cliniques et populationnelles

17. Moyens pour la recherche • Les Locaux • Extension du PRABI

18. Moyens pour la recherche • Les Locaux • Les plateaux techniques • Microscopie • Biologie moléculaire • Ecologie de terrain et écophysiologie

19. Moyens pour la recherche • Les Locaux • Les plateaux techniques • Les services communs • Informatique • PCR • Relation avec le « DTAMB »

20. Moyens pour la recherche • Les Locaux • Les plateaux techniques • Les Plate-formes locales et centres nationaux

21. Moyens pour la recherche • Les Locaux • Les plateaux techniques • Les services communs • Les Plate-formes locales et centres nationaux • Les Personnels • ITARF et ITA : maintenir le savoir faire et surtout augmenter l’aide technique.

22. L’enseignement • Interaction forte entre recherche et enseignement • Disciplines enseignées • Bioinformatique, Biostatistique, Biomathématique • Génétique des populations, Evolution moléculaire, Ecologie évolutive • Filières de formation • BioInformatique et Biomathématique (INSA) • Biologie Moléculaire et Cellulaire (UCBL/ENS) • Mathématique et Informatique du Vivant (UCBL) • Méthodes d’enseignement • Technologie de l’Information et de la Communication pour l’Enseignement

23. L’enseignement Rentrée 2004

24. L’enseignement Rentrée 2006 Projet 2007 Master europeen regroupant les spécialités recherches de l’UMR 5558

25. Conclusions • Maintenir l’équilibre entre la biologie évolutive et la biométrie, • Favoriser et développer les échanges intra et inter départements, • Améliorer notre visibilité au niveau national et international.