1 / 19

ELŐNYÖK ÉS LIMITÁCIÓK

ELŐNYÖK ÉS LIMITÁCIÓK. MOLEKULÁRIS MIKROBIOLÓGIAI VIZSGÁLATI MÓDSZEREK ALKALMAZHATÓSÁGA A BIOREMEDIÁCIÓBAN. Balázs Margit. Miért alkalmaznak molekuláris biológiai módszereket a bioremediációban ?. 1 g talajban közel 10 8 -10 9 db prokarióta sejt található.

mandy
Download Presentation

ELŐNYÖK ÉS LIMITÁCIÓK

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript

  1. ELŐNYÖK ÉS LIMITÁCIÓK MOLEKULÁRIS MIKROBIOLÓGIAI VIZSGÁLATI MÓDSZEREK ALKALMAZHATÓSÁGA A BIOREMEDIÁCIÓBAN Balázs Margit

  2. Miért alkalmaznak molekuláris biológiai módszereket a bioremediációban? 1 g talajban közel 108-109 db prokarióta sejt található Hugenholtz P, Goebel BM & Pace NR (1998) Impact of cultureindependentstudies on the emerging phylogenetic view of bacterial diversity. J Bacteriol 180: 4765–4774.

  3. Nem tenyészthető mikrobák vizsgálata • Sejtalkotók: • DNS –minden információ ott van • RNS – a sejt éppen mit csinál • Fehérjék

  4. Milyen (a bioremediáció szempontjából Fontos) információ nyerhető? • Mikrobiális összetétel • Milyen metabolikus tulajdonságokkal rendelkezik • Milyen lebontási útvonal lehetséges, potenciális köztitermékek 1g talajban akár 10 000 féle faj is lehet!

  5. Milyen (a bioremediáció szempontjából Fontos) információ nyerhető? • Mikrobiális összetétel • Milyen metabolikus tulajdonságokkal rendelkezik • Milyen lebontási útvonal lehetséges, potenciális köztitermékek

  6. Milyen (a bioremediáció szempontjából Fontos) információ nyerhető? • Mikrobiális összetétel • Milyen metabolikus tulajdonságokkal rendelkezik • Milyen lebontási útvonal lehetséges, potenciális köztitermékek

  7. Hasonlóan a kémiai analitikához, ez is egy mérési módszer, ahol a hibázást a minta előkészítés, mérés kivitelezés és eredmény kiértékelések során lehet elkövetni.

  8. 0. lépés: Mintavétel – minta heterogenitás Mikrobiális ujjlenyomat Minta térfogat: 0,1-1g talaj Talaj részecskék 20 m 20,2 m 20,4 m baktériumok 26 m 28 m 30 m Talaj szennyezők

  9. 1. lépés: Minta előkészítés: nukleinsav extrakció (DNS, RNS) hatékonysága Minőség Mennyiség Mátrix minőség Sejt feltárás Szennyező anyag

  10. 1. lépés: Minta előkészítés: nukleinsav extrakció (DNS, RNS) hatékonysága * talaj DNS extrakciós kit alkalmazásával ** saját DNS extrakciós módszer alkalmazásával

  11. 2. lépés: Mérés: Amplifikáció hatékonysága Templát DNS Jó termék DNS polimeráz Fals termék Szennyeződés, inhibitor

  12. 2. lépés: Mérés: Amplifikáció hatékonysága a b c * nem hibajavító DNS polimeráz ** hibajavító DNS polimeráz

  13. 2. lépés: Mérés: Amplifikáció hatékonysága * nem hibajavító DNS polimeráz ** hibajavító DNS polimeráz

  14. Sok minden más, ami még befolyásolhatja az eredmények minőségét • Minta tárolás: hőmérséklet, idő, atmoszféra • DNS alapú módszereknél élő és halott sejtek együttes kimutatása történik • Amlifikáció és a DNS polimeráz enzim hibái: fals termékek, hibázás • Detektálás érzékenysége

  15. Molekuláris biológia kell vagy nem kell? • Igen, ha • „nem tenyészthető” baktériumok vizsgálunk • pl. klórozott alifás szénhidrogén reduktív deklorináció

  16. Molekuláris biológia kell vagy nem kell? • Igen, ha • Ha nem egyedi baktériumot, hanem mikrobiális konzorciumot vizsgálunk • pl. A bioremediáció megfelelő irányba megy-e? Vagy éppen miért nem működik egy biológiai víztisztító rendszer?

  17. Molekuláris biológia kell vagy nem kell? • Igen, ha • Ha nem egyedi baktériumot, hanem mikrobiális konzorciumot vizsgálunk • pl. A bioremediáció megfelelő irányba megy-e? Injektáltunk a felszín alá baktériumot, de vajon életben maradt-e? • MTBE biodegradáció

  18. Molekuláris biológia kell vagy nem kell? • Igen, ha • Ha nem egyedi baktériumot, hanem mikrobiális konzorciumot vizsgálunk • Egy beavatkozással (pl. kémiai oxidáció, redukció) milyen változást okozunk a talaj ökoszisztémában?

More Related