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Margaret Dayhoff (1925-1983)

Margaret Dayhoff (1925-1983). La primera base de datos de proteínas. The Universal Protein Resource: UniProt. El consorcio UniProt. UniProt: http://www.uniprot.org/. http://www.expasy.org/. Pincha aquí para entrar en UniProtKB. UniProt: Acceso desde ExPASy (SIB). http://pir.georgetown.edu/.

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Margaret Dayhoff (1925-1983)

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Presentation Transcript

  1. Margaret Dayhoff (1925-1983) La primera base de datos de proteínas

  2. The Universal Protein Resource: UniProt

  3. El consorcio UniProt

  4. UniProt: http://www.uniprot.org/

  5. http://www.expasy.org/ Pincha aquí para entrar en UniProtKB UniProt: Acceso desde ExPASy (SIB)

  6. http://pir.georgetown.edu/ Pincha en el logo para entrar en UniProtKB UniProt: Acceso desde PIR

  7. Las 4 bases de datos de UniProt

  8. UniProtKB consta está formada por dos BD

  9. UniProt Knowledgebase (UniProtKB) recoge información funcional sobre las proteínas, con anotaciones precisas, consistentes y abundantes. Además de recoger una serie de datos obligatorios para todos los registros de UniProtKB (la secuencia de aminoácidos, el nombre y la descripción de la proteína, datos taxonómicos y citas bibliográficas), se añaden todas la anotaciones posibles, que pueden incluir las ontologías biológicas aceptadas, clasificaciones, referencia cruzadas con otras BD, así como indicaciones claras sobre la calidad de las anotaciones. UniProtKB consta de dos secciones: una sección contiene registros anotados de forma manual, con información extraída de la bibliografía y evaluada tanto por personal experto como por análisis computacional, y una sección con registros analizados por computador, a la espera de una completa anotación manual. Las dos secciones se denominan "UniProtKB/Swiss-Prot" (revisada y anotada de forma manual) y "UniProtKB/TrEMBL" (sin revisar y anotada de forma automática. UniProt Knowledgebase (UniprotKB)

  10. UniProt Archive (UniParc) es una BD completa y no redundante que contiene la mayoría de las secuencias proteicas disponibles de forma pública y gratuita en el mundo. UniParc sólo contiene secuencias de proteínas. UniParc ha combinado muchas BD en una sóla y buscar en UniParc equivale a buscar en muchas BD a la vez. Uniparc

  11. UniProt Reference Clusters (UniRef) ofrece conjuntos de secuencias agrupadas. Incluye todas las secuencias de UniProtKB y algunas secuencias seleccionadas de UniParc. UniRef100 combina secuencias idénticas y subfragmentos en un único registro. UniRef90 se ha creado agrupando las secuencias de UniRef100 que presentan al menos un 90% de residuos idénticos. Análogamente, UniRef50 se ha creado agrupando las secuencias de UniRef90 que presentan al menos un 90% de residuos idénticos. UniRef

  12. UniMES almacena secuencias recogidas directamente del medio ambiente. Estas secuencias se agrupan con dos niveles de resolución. En Cluster100, las secuencias o subfragmentos idénticos presentes en uniMES se agrupan en un solo registro. Cluster90 se construye agrupando las secuencias de Cluster100 que tienen al menos un 90% de residuos idénticos. UniMES

  13. The NAR Database Issue (2014)

  14. Dos tipos de anotaciones en UniprotKB

  15. Anotaciones en UniprotKB/SwissProt

  16. Anotaciones en UniprotKB/TrEMBL

  17. Introducción de anotaciones

  18. ftp://ftp.uniprot.org/pub/databases/uniprot/

  19. ¿Cómo envío una secuencia a UniprotKB?

  20. https://www.ebi.ac.uk/swissprot/Submissions/spin/account/loginhttps://www.ebi.ac.uk/swissprot/Submissions/spin/account/login Pincha aquí para ver las instrucciones Herramienta SPIN para enviar secuencias a UniprotKB

  21. UniprotKB/Tr-EMBL

  22. La última versión (19-2-2014) contiene 52.707.211 registros El crecimiento de UniProtKB/TrEMBL

  23. Eucariotas Distribución taxonómica de las secuencias

  24. La longitud media de la secuencias es de 317 aa La más corta tiene 2 aa (C4PYW0_SCHMA) La más larga tiene 36805 aa (Q3ASY8_CHLCH) Distribución de la longitud de las secuencias

  25. Composición de aminoácidos en las secuencias

  26. UniprotKB/Swiss-Prot

  27. La última versión (22-1-2014) contiene 542.258 registros El crecimiento de UniProtKB/Swiss-Prot

  28. Eucariotas Distribución taxonómica de las secuencias

  29. La longitud media de la secuencias es de 355 aa La más corta tiene 2 aa (P83570) La más larga tiene 35213 aa (A2ASS6) Distribución de la longitud de las secuencias

  30. Composición de aminoácidos en las secuencias

  31. Descárgate la BD Introduce el término de búsqueda Selecciona UniProtKB, UniRef o UniParc Inicia la búsqueda Otras aplicaciones Haz una visita guiada por esta BD Instrucciones básicas para empezar y diversas herramientas para el análisis de secuencias UniProtKB: http://www.uniprot.org/

  32. Varias formas de introducir términos de búsqueda

  33. Aquí se introduce el término que queremos buscar: dUTPase Aquí se escoge la base de datos que se quiere consultar Inicio de la búsqueda Búsqueda en UniProtKB

  34. 6242 secuencias encontradas Búsqueda avanzada Esta búsqueda no ha sido muy productiva Voy a hacer una búsqueda avanzada Resultados de la búsqueda en UniProtKB

  35. Selecciona en qué campo hay que buscar ese término Pincha aquí para añadir un término de búsqueda Introduce el término Selecciona un operador lógico Búsqueda avanzada

  36. Selecciona un operador lógico Inicio de la búsqueda Selecciona un campo con información adicional: organismo [OS] Introduce el término de búsqueda: Escherichia coli Búsquedas avanzadas en UniProtKB

  37. 213 secuencias encontradas Puedes agrupar los resultados según diversos criterios Te puedes descargar los resultados de la búsqueda Filtra los resultados para ver sólo los de UniProtKB/Swiss-Prot (anotados manualmente) Pincha aquí para acceder al registro de UniProtKB Resultados de la búsqueda avanzada

  38. 36 secuencias encontradas en UniProtKB/Swiss-Prot Pincha aquí para acceder al registro de UniProtKB Filtrado de los resultados de la búsqueda avanzada

  39. Puedes visualizar el registro según diversos formatos: pincha en “text” Puedes poner la información del registro en el orden que quieras Salta directamente a los datos del registro que te interesan Un registro de UniProtKB: P06968

  40. Un registro de UniProtKB en formato texto

  41. Campos de información en un registro de UniProtKB

  42. Un registro de UniProtKB contiene datos y anotaciones

  43. Algunas anotaciones no se basan en experimentos

  44. 1.- Entry information 2.- Names and origin 3.- Protein attributes 4.- Alternative products 5.- Comments 6.- Ontologies 7.-Binary interactions 8.- Features 9.- Sequences 10.- Cross- references 11.- References 12.- Web resources 13.- Relevant documents Los registros de UniProtKB constan de 13 apartados No todos los registros contienen todos los apartados Los apartados se pueden ver en el orden que uno quiera Secciones de un registro de UniProtKB

  45. 1.- 2.- Secciones de un registro de UniProtKB (2)

  46. 3.- 4.- Secciones de un registro de UniProtKB (3)

  47. 5.- Secciones de un registro de UniProtKB (4)

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