CSU PL@ MIGALE 22 janvier 2008

1. CSUPL@ MIGALE22 janvier 2008 Mathématique, Informatique et Génome INRA – Jouy-en-Josas http://migale.jouy.inra.fr/

2. Missions et Activités • Ressources • Savoir-faire Mise à disposition de données Mise en ligne d’outils Infrastructure de calcul scientifique Formation Conception et développement Assistance, conseil et expertise http://migale.jouy.inra.fr/

3. Ressources de calcul • Serveur principal : topaze • 8 processeurs 3.4 ghz • 32 Go RAM • 4 To disque • Cluster de calcul • 80 processeurs • 160 en février • 240 au printemps • Architecture INFINIBAND • Optimisation des calculs // http://migale.jouy.inra.fr/

4. Données • Moteur de mise à jour • Projet BioMAJ • Collaboration Rennes/Toulouse/Jouy • Modifications de l’arbre /db • http://migale.jouy.inra.fr/actualites/2007/changement-d-arborescence-des-banques • Quelles banques ? • http://genome.jouy.inra.fr/banques • Politique de mises à jour • Suivre les mises à jour distantes • Sinon toutes les semaines • http://genome.jouy.inra.fr/biomaj • SRS • Ok en ligne de commande • Problème avec l’interface WEB http://migale.jouy.inra.fr/

5. Outils • Tutoriaux • InterproScan • DSEABlast • Avenir GCG • Koriblast ? • Demande d’outils // • Version MPI de clustalw : x4 si 4 CPUs • Effort sur l’interfacage WEB… http://migale.jouy.inra.fr/

6. Conception et développementMini-projets • Ressources externes : CDD, stages encadrés • Formalisation • Cahier des charges • Spécifications • HuGut16S : LEPSD + stagiaire • Base de données • Outils • interface WEB • PAPSS : BioBac / CDD 3 mois • TrafficGPS : BDR / CDD 2 mois http://migale.jouy.inra.fr/

7. Enquête • Site WEB : 13% / 13% / 50 % / 20% • Outils / besoins : 80% • Banques / besoins : 87% • Utilisation cluster : 46% • Besoins formations : 86% • Développement & scripting (PERL), • R : manipulation de données… • Présentations des outils disponibles • Développement d’applications : 33% • Besoin Assistance, Conseil, Expertise : 66% • Aide au choix d’un outil => problèmes • Annotation eucaryotes • Analyses de données • De quoi avez-vous besoin : 60% http://migale.jouy.inra.fr/

8. Questions Enquête • Faut-il élargir l’enquête ? • Liste des utilisateurs • Développement de scripts • Aide ou formation ? • Quelles sont les ressources disponibles • Comment améliorer la visibilité ? http://migale.jouy.inra.fr/

9. Démarche qualité • 2006 : Démarche qualité centre • Réseau de plateformes • 2007 : • Atelier qualité ReNaBi à bordeaux • 2007/2008 : • Coaching Ingénieur Mission Qualité • Interaction avec • GenOuest, URGI • Juin 2008 : certification ISO9001 http://migale.jouy.inra.fr/

10. Bilan Equipement Lourd 2007 • Demande en 2005 • Arbitrée pour 2007 : 84 K • Sécurité incendie : 20.043 • Système de protection : 14.200 • Aménagement des locaux : 13.500 • Contrôle d’accès : 2.343 • Calcul et stockage: 53.956 • Cluster : Blade de 80 CPUs : 28.900 • Serveurs : 8700 • Stockage : 14.000 + 2.356 http://migale.jouy.inra.fr/

11. Projet 2007/2008 • Projet BioMAJ • Ajout de banques • Qualité ++ • Projet BioWorkflow • Évaluation des outils et technologies • Test en grandeur réelle • 12 mois de CDD • ANR PTFV 2007 plateforme • 24 mois CDD • Projets de recherche => Portage plateforme • MOSAIC et PARIS autour de l’annotation de génomes http://migale.jouy.inra.fr/

12. TODO 2007 • Le système SRS devra être fonctionnel pour 01/09/2007. Un message sera envoyé sur la liste user-migale@listes.inra.fr . • Ligne de commande opérationnel • Utilisé par des utilisateurs • Diffusion non assurée • Problème interface WEB • Version 8.3 d’ici fin janvier • Prévoir pour la prochaine réunion un bilan plus précis de l’utilisation de la plateforme (Demande de V. Monnet dans le cadre de la gestion des outils communs sur le centre). http://migale.jouy.inra.fr/

13. Quelques chiffres 2006/2007 • 257 utilisateurs identifiés • 197 en 2007 • Formations : 378 « équivalent » auditeurs • 2,5 millions de jobs sur le cluster (3 ans) • Budget annuel : de 30 à 150 k€ http://migale.jouy.inra.fr/

14. http://migale.jouy.inra.fr/

15. Formations http://migale.jouy.inra.fr/

16. Nouveaux modules • Besoins exprimés • Développement • Précisions • BioPerl en complément de PERL • R • Aspect statistiques • Aspect développement pur • => 1 +1 jour ? • Présentation des outils/ ressources dispos • Comment ? http://migale.jouy.inra.fr/

17. GCG : Existant • 18K euros • Les commandes utilisées • Comparaison : clustalw, pileup+pretty, Alignement multiples : Pileup,bestfit, • Dotplot : dotplot • Reformatage • Assemblage : gel*, seqmerge • Recherche de motifs: findpatterns, MEME • Fasta + Blast • Recherche dans les banques : fetch, lookup • Utilitaires: Primer, Map, translate • SEQWEB • Système de liste • Contact avec la DSI • EMBOSS http://migale.jouy.inra.fr/

18. GCG : Arrêt • Planification • 30/06/2008 : plus de support • Arrêt des indexations GCG BLAST et GCG • Licence perpétuelle sur topaze • Les commandes restent accessibles sans garantie de pérennité • Accès aux banques • Juin 2008 : Arrêt des indexations GCG BLAST • Juin 2008 : Arrêt des indexations de GenBank et Uniprot sous GCG http://migale.jouy.inra.fr/

19. GCG : Perspectives • EMBOSS • Tableau d’équivalence • Déploiement d’une interface WEB • Problème de version • KoriBlast pour l’aspect BLAST • Prise de contact • Licences serveurs • Enquête utilisateur ? • Soutien des unités pour orienter le budget GCG ? • Nouvelle démonstration ? http://migale.jouy.inra.fr/