1 / 42

Akciğer kanseri taramasında biyobelirteçler ( Biomarkers in lung cancer screening ) Ali O. G ü re

Akciğer kanseri taramasında biyobelirteçler ( Biomarkers in lung cancer screening ) Ali O. G ü re Moleküler Biyoloji ve Genetik B ö lümü Bilkent Üniversitesi Ankara, Türkiye. Sunumun icerigi ile iliskili her hangi bir cikar catismam yoktur. Akciğer kanseri taramasında biyobelirteçler

meryl
Download Presentation

Akciğer kanseri taramasında biyobelirteçler ( Biomarkers in lung cancer screening ) Ali O. G ü re

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript

  1. Akciğer kanseri taramasında biyobelirteçler (Biomarkers in lung cancer screening) Ali O. Güre Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü Bilkent Üniversitesi Ankara, Türkiye

  2. Sunumun icerigi ile iliskili her hangi bir cikar catismam yoktur

  3. Akciğer kanseri taramasında biyobelirteçler • Akciğer kanseri prognoz biyobelirteçleri • Akciğer kanseri kemoterapi seçim belirteçleri

  4. 1.Akciğer kanseri taramasında biyobelirteçler Düşük doz Bilgisayarlı Tomografi ile akciğer kanseri teşhisi Henschke CIet al. N Engl J Med 2006;355: 1763-71.

  5. 1.Akciğer kanseri taramasında biyobelirteçler Düşük doz Bilgisayarlı Tomografi ile akciğer kanseri teşhisi

  6. 1. Biomarkers in lung cancer screening 1.Akciğer kanseri taramasında biyobelirteçler Yüksek risk guruplarında akciğer kanseri görülme sıklığı (senelik) Hastaneye yatan vaka oranı: %0.23 (1) BT ile tespit edilme oranı: %1.48 (6.5) Akciğer kanseri Hastaneye yatan vaka oranı: %0.004 (1) BT ile tespit edilme oranı: %0.063 (17.4) Bronkoalveoler kanser

  7. 1. Biomarkers in lung cancer screening 1.Akciğer kanseri taramasında biyobelirteçler SERological screening of EXpression libraries (SEREX) (Protein ifade edebilen cDNA kütüphanelerinin serolojik taraması) Chen, Gure & Scanlan Methods in Molecular Medicine, 103: 207 (2005)

  8. 1. Biomarkers in lung cancer screening 1.Akciğer kanseri taramasında biyobelirteçler SEREX 2/5000 (x 200) = 106 pfu*/serum *pfu = plak oluşturan birim Chen, Gure & Scanlan Methods in Molecular Medicine, 103: 207 (2005)

  9. 1. Biomarkers in lung cancer screening 1.Akciğer kanseri taramasında biyobelirteçler SEREX - Tumor Antigens 1. Doku tipine özgü antijenler • SOX1,2,3,21 • ZIC2 • NY-BR-1• Melan-A • gp100 2. Mutasyona uğramış antijenler ve füzyon proteinleri • p53 • E-Cadherin • ras • ß-Catenin •BCR-ABL •TEL-AML-1 3. Viral Antijenler • HERV-K10 & H/F (gag) • HPV16 (E7,E8) • EBV (EBNA2-6) 4. Kanser / testis (germline) antijenleri [CT Antigens] • MAGE • GAGE • BAGE • NY-ESO-1 • SSX3 • SCP 5. İfade artışı gösteren gen ürünleri (proteinler) / Diğerleri • HER2/neu • KOC • PRAME • NY-LU-12

  10. 1. Biomarkers in lung cancer screening 1.Akciğer kanseri taramasında biyobelirteçler Protein arrayları tarama çalışmaları 2 6 12 2 3 1 2 ……………………...48 1 2 48 1 10 4 11 12 12 antijen içeren 2304 kare = 27648 aj. 9 6 7 10 …………………. 7 8 11 3 5 1 5 9 4 8

  11. 1. Biomarkers in lung cancer screening 1.Akciğer kanseri taramasında biyobelirteçler Yöntem tasarımı: • Eşleşik vaka ve kontrol gurupları (100 er hasta) • - KHAK • - KHDAK • - Gastrik kanser • - Kolorektal kanser • - Over kanseri • 2. Optimizasyon: serum dilüsyonu: 1:500 (50 serum için = her serum için = 1/25.000) • 3. Tarama (iki membran ile: testis & F.B.) • 4. Duyarlık/hassasiyet: ilk tarama sonuçlarıyla tespit edilen klonlar ile ikincil array oluşturulması ve bunların 50 hasta ve 50 kontrol serumu ile taranmaları

  12. 1. Biomarkers in lung cancer screening 1.Akciğer kanseri taramasında biyobelirteçler Array değerlendirmesi > M+8SD > M+2SD

  13. 1. Biomarkers in lung cancer screening 1.Akciğer kanseri taramasında biyobelirteçler Tekrar taramalari icin secilen klonlar (>M+5SD) KHAK n=37 Over. n=68 180 aj. Gastr. n=23 KRK... n=17 Behcet n=35

  14. 1. Biomarkers in lung cancer screening 1.Akciğer kanseri taramasında biyobelirteçler Teşhis Sensitivity Specificity Unique Ags. 56% 100% 8 68% 92% 9 72% 90% 10 76% 54% 12

  15. 1. Biomarkers in lung cancer screening 1.Akciğer kanseri taramasında biyobelirteçler Erken teşhis (months) Adamus et al 2004 BMC Ophtal. 4: 5; Shams’ili et al 2003 Brain 126: 1409; Graus et al 2001 Brain 124: 1138

  16. 1. Biomarkers in lung cancer screening 1.Akciğer kanseri taramasında biyobelirteçler Erken teşhis Bir Fin Asbestoz Kohortunda p53 Antikorları Adapted from: Li et al. Int. J. Cancer: 114, 157-160 (2005)

  17. 1. Biomarkers in lung cancer screening 1.Akciğer kanseri taramasında biyobelirteçler (Oncimmune) Murray et al. Ann.Oncol. 2010

  18. 2. Akciğer kanseri prognoz biyobelirteçleri Tedaviye cevap Titulaer et al. JCO 2009

  19. 2. Biomarkers in lung cancer prognostication 2. Akciğer kanseri prognoz biyobelirteçleri Prognoz Serebellar corteks Normal Anti-Yo antikor (+) Peterson et al. Neurology 42:1931 (1992)

  20. 2. Biomarkers in lung cancer prognostication 2. Akciğer kanseri prognoz biyobelirteçleri Prognoz Otolog anti-tümör antikorlarının (anti-SOX2 & anti-ZIC2) varlığı daha iyi prognozla ilişkili olabilir Vural et al. Cancer 103: 2575 (2005)

  21. 2. Biomarkers in lung cancer prognostication 2. Akciğer kanseri prognoz biyobelirteçleri Prognoz Anti-SOX1 antikorlarının otoimmun hastalık etkeni olmadıklarına dair Sabater, Gure, Graus et al. Neurology 70:924 (2008)

  22. 2. Biomarkers in lung cancer prognostication 2. Akciğer kanseri prognoz biyobelirteçleri Prognoz anti-SOX2 ≥M+2SD anti-SOX2 <M+2SD p=0.01 Atakan et al. unpublished

  23. 2. Biomarkers in lung cancer prognostication 2. Akciğer kanseri prognoz biyobelirteçleri Prognoz anti-SOX1 ≥M+2SD anti-SOX1 <M+2SD Titulaer et al. JCO 2009

  24. 2. Biomarkers in lung cancer prognostication 2. Akciğer kanseri prognoz biyobelirteçleri Anti-tümör antikorlarının etkinlik farklarına dair Titulaer’ın hasta gurubu Atakan’ın hasta gurubu cf-2 SOX2 SOX2 cf-1

  25. 2. Biomarkers in lung cancer prognostication 2. Akciğer kanseri prognoz biyobelirteçleri USAT : Yönlendirimsiz yaşam süresi analiz aracı GSE19188 KHDAK n=91 (U133+2) GEO’dan indirilip Genespring ile normalizasyon Düşük değişkenli probsetlerin elenmesi 1 Bir lineer regresyon modeliyle her bir probset ile genel yaşam süresinin ilişkilendirilmesi 2 USAT Bir “eşik değer belirleyicisi” ile anlamlı probsetler ile genel yaşam süresinin ilişkilendirilmesi 3 Belirlenen eşik değer ile Kaplan-Meier analizi ve log-rank testi

  26. 2. Biomarkers in lung cancer prognostication 2. Akciğer kanseri prognoz biyobelirteçleri USAT (1. ve 2. basamaklar) p = 0.03 HR: 3.42 p = N.S. HR: N.A.

  27. 2. Biomarkers in lung cancer prognostication 2. Akciğer kanseri prognoz biyobelirteçleri USAT 2. basamak p < 0.000001 HR: 1.47 p < 0.000001 HR: 1.42

  28. 2. Biomarkers in lung cancer prognostication 2. Akciğer kanseri prognoz biyobelirteçleri USAT 3. basamak ve K-M analizi eşik değer: 2.56 p < 0.0001 (8.11e-05) eşik değer: 2.56 p < 0.0001 (4.57e-07)

  29. 2. Biomarkers in lung cancer prognostication 2. Akciğer kanseri prognoz biyobelirteçleri USAT - doğrulama O’Connell et al. JCO 28: 3937 (2010)

  30. 2. Biomarkers in lung cancer prognostication 2. Akciğer kanseri prognoz biyobelirteçleri USAT - doğrulama

  31. 2. Biomarkers in lung cancer prognostication 2. Akciğer kanseri prognoz biyobelirteçleri USAT - tespit edilen genler - - - - - - - - - - 0 Genlere göre guruplanma (%) 100

  32. 3. Akciğer kanseri kemoterapi seçim belirteçleri KT Antijenleri: Genel Özellikleri 1. Kanserli hastada spontan immün yanıtlar oluşturabilme 2. Sağlıklı dokularda ancak gametler ve plasentada; kanserde ise doku ayrımı yapmaksızın, koordine ifade 3. Yüksek oranda homolog üyeleri bulunan aileler oluşturma 4. Çoğunlukla kromozom X yerleşgeli 5. DNMT veya HDA inhibitörleri ile indüklenebilme

  33. 3. Akciğer kanseri kemoterapi seçim belirteçleri KT Genleri: Koordine İfade Gure et al CCR 11:8055 (2005)

  34. 3. Akciğer kanseri kemoterapi seçim belirteçleri KT gen ifadesi ile prognoz ilişkisi Gure et al CCR 11:8055 (2005)

  35. 3. Akciğer kanseri kemoterapi seçim belirteçleri Bir kemoterapi seçim biyobelirteci olarak KT gen ifadesi http://dtp.nci.nih.gov/index.html

  36. 3. Akciğer kanseri kemoterapi seçim belirteçleri Bir kemoterapi seçim biyobelirteci olarak KT gen ifadesi NCI-60 hücre hattı paneli 60 hücre hattı için microarray analizi ~ 40,000 ilaç için toksisite ölçümü (TGI, GI50, LC50) KT(+) KT(-)

  37. 3. Akciğer kanseri kemoterapi seçim belirteçleri Bir kemoterapi seçim biyobelirteci olarak KT gen ifadesi

  38. 3. Akciğer kanseri kemoterapi seçim belirteçleri Bir kemoterapi seçim biyobelirteci olarak KT gen ifadesi GSE10245 C5 C4 C3 C2 CLUSTER1

  39. 3. Akciğer kanseri kemoterapi seçim belirteçleri Bir kemoterapi seçim biyobelirteci olarak KT gen ifadesi

  40. 3. Akciğer kanseri kemoterapi seçim belirteçleri Bir kemoterapi seçim biyobelirteci olarak KT gen ifadesi

  41. Proje Çalışanları • Sukru Atakan - B.U. MBG • Kerem Mert Senses – B.U. MBG • Murat Isbilen – B.U. MBG • Pinar Saip – Istanbul Universitesi • Hulya Bayiz & Funda Demirag – AGHGCEAH • Jerome Honnorat – Lyon University • Ismail Gomceli – Yuksek Ihtisas Hastanesi • Rana Karayalcin – Zekai Tahir Burak H. • Mesut Tez – Numune Hastanesi • Mithat Gonen - MSKCC • Ferhat Buke – B.U. MBG • Erdi Kucuk – B.U. MBG • Cigdem Gunduz Demir – B.U. Dept. of CE • Can Fahrettin Koyuncu – B.U. Dept. of CE • Akif Burak Tosun – B.U. Dept. of CE • Filiz Cavus - I.U. DETAE • Elcin Sehitoglu - I.U. DETAE • Ugur Ozbek – I.U. DETAE • Burcak Vural – I.U. DETAE • Ali Cihan – B.U. MBG • Sevi Durdu – B.U. MBG • Sinem Yilmaz – B.U. MBG • Aydan Karslioglu – B.U. MBG • Emre Dayanc – B.U. MBG • Mehdi Ghasemi – B.U. MBG • Ozlen Konu – B.U. MBG Tarama Prognoz Kemoterapi

  42. Teşekkür ederim

More Related