1 / 32

Oleh : PUTRI INDAH AYUNINGRUM 230210080024

KOLOKIUM. KERAGAMAN GENETIK RUMPUT LAUT ( Eucheuma spp .) DARI SUKABUMI, JAWA BARAT DENGAN MENGGUNAKAN METODE RAPD PCR. Oleh : PUTRI INDAH AYUNINGRUM 230210080024. Dosen Pembimbing : Dr . Ir . Eddy Afrianto, M.Si . & Yuniar Mulyani, SP., Msi. UNIVERSITAS PADJADJARAN

nayda-mckinney
Download Presentation

Oleh : PUTRI INDAH AYUNINGRUM 230210080024

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript

  1. KOLOKIUM KERAGAMAN GENETIK RUMPUT LAUT(Eucheumaspp.) DARI SUKABUMI, JAWA BARATDENGAN MENGGUNAKAN METODE RAPD PCR Oleh : PUTRI INDAH AYUNINGRUM 230210080024 Dosen Pembimbing : Dr. Ir. Eddy Afrianto, M.Si. & Yuniar Mulyani, SP., Msi UNIVERSITAS PADJADJARAN FAKULTAS PERIKANAN DAN ILMU KELAUTAN PROGRAM STUDI ILMU KELAUTAN 2012

  2. CONTENT : LATAR BELAKANG IDENTIFIKASI MASALAH TUJUAN PENELITIAN KEGUNAAN PENELITIAN PENDEKATAN MASALAH METODE PENELITIAN KESIMPULAN & SARAN

  3. LATAR BELAKANG Pemanfaatan Rumput Laut Berbagai jenis rumput laut ekonomis tinggi, telah berhasil dibudidayakan di perairan Indonesia Sejak tahun 2010 Indonesia menjadi no 1

  4. Sukabumi merupakan salah satu tempat usaha budidaya rumput laut yang cukup berhasil di Indonesia Evaluasi hubungan genetik dari koleksi plasma nutfah jenis Eucheuma spp. Belum banyak dilakukan Eucheuma spp. salah satu cara dari managemen populasi menunjang aspek eksplorasi melalui program pemuliaan dan pelestarian plasma nutfah Hasil Kekayaan Laut Indonesia langkah konservasinya akan lebih terarah

  5. Tujuan Penelitian Identifikasi masalah sejauhmana keragaman genetik Eucheuma spp dapat terdeteksi dengan teknik RAPD PCR mendapatkan keragaman genetik dan kekerabatan individu antar spesies melalui peta sidik jari (fingerprint) dari Eucheuma spp yang berasal dari kawasan budidaya dan liar

  6. diperoleh informasi mengenai keragaman genetik rumput laut jenis Eucheuma yang terdapat di budidaya dan rumput laut Eucheuma endemis di perairan Sukabumi, Jawa Barat diperoleh data molekuler dalam rangka menambah informasi database keragaman genetik rumput laut endemik perairan Sukabumi, Jawa Barat Kegunaan Penelitian koleksi backup data varietas rumput laut unggul guna perbaikan mutu genetik rumput laut pada masa yang akan datang

  7. PENDEKATAN MASALAH Isolasi DNA Polimorfisme tingkat DNA Pelestarian Plasma Nutfah RFLP, RAPD, Mikrosatelit RAPD-PCR

  8. RAPD-PCR PCR-RAPD merupakan salah satu teknik molekuler berupa penggunaan penanda tertentu untuk mempelajari keanekaragaman genetika

  9. METODE PENELITIAN Metode Penelitian Waktu & Tempat Penelitian Prosedur Penelitian Alat & Bahan

  10. Waktu dan Tempat Penelitian Penelitian dilakukan selama 3 bulan, mulai dari bulan April sampai dengan Juni 2012. Sampel Rumput Laut diambil di daerah Sukabumi, Jawa Barat Analisis data dilakukan di Laboratorium Bioteknologi Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan Universitas Padjadjaran

  11. Bahan – Bahan Penelitian

  12. Alat – Alat Penelitian

  13. Alat – Alat Penelitian

  14. MetodePenelitian metode survei dengan analisis deskriptif kualitatif. Penelitian dilakukan dalam beberapa tahap yakni pengambilan sampel, penelitian di laboratorium dan selanjutnya analisis data. Sebelum pelaksanaan penelitian ini dilakukan uji pendahuluan guna menentukan primer yang akan digunakan untuk siklus PCR dengan jenis sampel rumput laut Eucheuma spp.

  15. Prosedur Penelitian Sampling Isolasi DNA Amplifikasi DNA Analisis data

  16. Sampling • Lokasi (A) : Rumput Laut Budidaya 1 (Kp Pamipiran) S : 07°04’55,6’’ & E : 106°30’59,9’’ • Lokasi (B) : Rumput Laut Budidaya 2 (Kp Sagorayang) S : 07°05’17,8’’ & E : 106°30’33,2’’ • Lokasi (C) : Rumput Laut Budidaya 3 (Kp Cipeundeuy) S : 07°05’40,2’’ & E : 106°30’20,1’’ • Lokasi (D) : Rumput Laut Liar 4 (Kp Pamipiran) S : 07°04’59,2’’ & E : 106°31’64,9’’ • Lokasi (E) : Rumput Laut Liar 5 (Ujung Genteng) S : 07°22’40,6’’ & E : 106°24’04,9’’ A, B, C D E

  17. Isolasi DNA Sterilisasi Pemecahan Sel Ekstraksi DNA Presipitasi DNA DNA

  18. Elektoforesis DNA Genom Pencetakan agar Elektroforesis Elektroforesis Pengamatan pada UV

  19. Elektrofenogram DNA sampel Eucheuma spp Pengukuran Kemurnian dan Konsentrasi DNA Ukuran DNA sangat beragam

  20. Hasil Spektrofotometri DNA Eucheuma spp. Nilai R: <1,8 = masih dikotori o/ Protein >2 = masih belum murni dari pengotor RNA (sambrook et al 1989)

  21. Amplifikasi DNA

  22. Elektoforesis Hasil PCR Pencetakan agar Elektroforesis Elektroforesis Pengamatan pada UV

  23. HASIL AMPLIFIKASI DNA E.Cottonii lokasi A E.Cottonii lokasi B E.Cottonii lokasi C E.Denticulatum lokasi E E.Serra lokasi D Setiap primer mampu menghasilkan pola pita di setiap sampel Menghasilkan produk amplifikasi yang berbeda-beda Polimorfisme

  24. Jumlahpolalarik DNA darisetiap primer yang digunakanuntuk sampel Eucheuma spp di Sukabumi, Jawa Barat Polimorfisme ditandai dengan ada dan tidak adanya pola larik DNA OPA-03 lebih sensitif dalam mengkopi pasangan basa Larik ini tidak dapat dijadikan dasar perbandingan karakter fenotipe secara langsung

  25. Analisis Data Pita yg tervisualisasi melalui elektroforesis merupakan representasi dri fragmen DNA yg teramplifikasi. Hubungan setiap sampel DNA ditentukan dgn menhitung indeks kesamaannya berdasarkan data numerik larik yg teramplifikasi. Indeks kesamaan ini dihitung dengan menggunakan program NTSys pc.

  26. Pohon Filogenikkesamaangenetikhasilanalisis UPGMA menggunakan primer OPA-02

  27. Pohon Filogenikkesamaangenetikhasilanalisis UPGMA menggunakan primer OPA-03

  28. Pohon Filogenikkesamaangenetikhasilanalisis UPGMA menggunakan primer OPA-02 & OPA-03 Lokasi A Lokasi B Lokasi C Lokasi D Lokasi E Tidak memperlihatkan hubungan dengan kondisi geografi Populasi yang berdekatan cenderung membentuk satu kolompok Karena Pola perkembangbiakan yang berupa vegetatif Keragaman genetik yang rendah pada sampel rumput laut di lokasi A-D Salah satu tujuan dari konservasi adalah mempertahankan keragaman genetik

  29. KESIMPULAN • Berdasarkanhasilpenelitianinimakadapatdisimpulkansebagaiberikut: • Metode “Random Amplified Polymorphic DNA” dapatdigunakan untuk melihat keragaman genetik rumput laut jenis Eucheuma spp yang didapatkan dari lokasi budidaya dan perairan Sukabumi, Jawa Barat. • Jumlahlarikpolimorfik yang dihasilkan primer OPA-03 lebihbanyakdibanding primer OPA-2, sehinggalebihsensitif. • Rumput laut dari lokasi budidaya yakni Eucheuma cottonii memiliki kesamaan genetik yang cukup dekat dengan rumput laut yang tumbuh liar di perairan Sukabumi yakni dengan jenis Eucheuma serra, keduanya memiliki indeks kesamaan genetik sebesar 0,57 dan memiliki indeks kesamaan yang cukup jauh dengan Eucheuma denticulatum yakni sebesar 0,18.

  30. SARAN Perlunya dilakukan pengujian terhadap lebih banyak sampel rumput laut jenis Eucheuma spp lagi agar dapat lebih menerangkan keragaman genetik rumput laut ini dan perlunya dilakukan pengujian terhadap primer-primer lain selain OPA-02 dan OPA-03.

  31. TERIMA KASIH..

  32. KOLOKIUM KERAGAMAN GENETIK RUMPUT LAUT(Eucheumaspp.) DARI SUKABUMI, JAWA BARATDENGAN MENGGUNAKAN METODE RAPD PCR Oleh : PUTRI INDAH AYUNINGRUM 230210080024 Dosen Pembimbing : Dr. Ir. Eddy Afrianto, M.Si. & Yuniar Mulyani, SP., Msi UNIVERSITAS PADJADJARAN FAKULTAS PERIKANAN DAN ILMU KELAUTAN PROGRAM STUDI ILMU KELAUTAN 2012

More Related