1 / 16

Gena- og gagnas öfn (GEG1103)

Gena- og gagnas öfn (GEG1103). Fyrirlestrar 29 & 30 Raðgreining heilla erfðamengja Skýring (annótering) erfðamengja: genaleit og greining. Dehalococcoides ethenogenes. Tilheyrir „grænum non-sulfur“ bakteríum ( Chloroflexi ) Loftfælin, finnst gjarna í skólpvinnslustöðvum

nelle-rocha
Download Presentation

Gena- og gagnas öfn (GEG1103)

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript

  1. Gena- og gagnasöfn (GEG1103) Fyrirlestrar 29 & 30 Raðgreining heilla erfðamengja Skýring (annótering) erfðamengja: genaleit og greining

  2. Dehalococcoides ethenogenes • Tilheyrir „grænum non-sulfur“ bakteríum (Chloroflexi) • Loftfælin, finnst gjarna í skólpvinnslustöðvum • Lítið genamengi: 1.469.720 bp • Stór svæði þar sem tvöföldun hefur átt sér stað • ~17 dehalógenasagen Mynd frá http://pubs.acs.org/cen/ Tetraklóreten (PCE)

  3. Dehalorespiration(öndun með dehalógenun) • Halógenað efni (t.d. PCE) þjónar sem loka-rafeindaþegi þar sem halógenatómi er skipt út fyrir prótónu sem fengin var úr H2 • D. ethenogenes framkvæmir fullnaðarafoxun og myndar eten og HCl • Þarfnast mikils fjölda vítamína

  4. Litningur D. ethenogenes Líklegar innsetningar CDS á + þræði CDS á - þræði RDH gen Hýdrógenasar & önnur redox gen 2-CS & önnur stýrigen Veirugen, transpósasar, tvöfaldanir GC-skew %GC Samsetning þríkirna sbr. við heild

  5. Hvar er núllið? • Afritun (replication) DNA er í báðar áttir • Umskipti á leading/lagging þræði við upphafspunkt afritunar (origin of replication) • Afritunarvillur skekkja symmetríu þráðanna • (C-G)/(C+G) skiptir um formerki við upphafspunktinn Mynd úr Lobry (1996) Mol. Biol. Evol. 13, 660-665

  6. Gefa til kynna innsetningar Litningur D. ethenogenes

  7. Innsetningar

  8. Tvöföldun við 592.225 Mjög lítill munur á kópíunum (aðeins í DET0696 er frameshift mutation) Ttl. nýlegur atburður

  9. 17 afoxandi dehalogenasar • D. ethenogenes af-halogenar mörg halogensambönd (chloronapthalene, PCB, o.fl.) • Mismunandi sértækni mismunandi RDHasa?? • 2-CS staðsett nærri RDHasa genum • His-kínasar við RDHasa án himnuspannandi hneppa

  10. Histidín kínasar

  11. 5 hýdrogenasar

  12. Efnaskipti D. ethenogenes • D. ethenogenes þarfnast margra cófaktora og vítamína, einnig acetat • Fábrotin efnaskipti

  13. Efnaskipti D. ethenogenes Niturfixun? Óvænt niðurstaða!

  14. Samantekt • Genamengi D. ethenogenes gaf upplýsingar/vísbendingar um efnaskiptaferli, þróunarsögu og vistfræði: • Dehalógenun fjölda hvarfefna útskýrist af 17 mismunandi RDHösum • Skortur á ýmsum ensímum gefur til kynna að D. ethenogenes þarfnist samlífis með öðrum örverum • Hugsanlegt að D. ethenogenes geti fixað N2 • Ái var niturfixandi, frumbjarga baktería Tímafrekt og dýrt að afla þessarra upplýsinga með “klassískum” aðferðum

More Related