1 / 11

Počítačová chemie: reakce zblízka

Počítačová chemie: reakce zblízka. T-report podzim 2012 Kamila Machová. Místo T-exkurze, ten plánek by se mi docela hodil…. Ještě momentka z exkurze…. Čím jsme se zabývali. Aby proběhla chemická reakce, musíme dodat určitou energii, přestože produkty mohou mít nižší energii než reaktanty

nikita
Download Presentation

Počítačová chemie: reakce zblízka

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript

  1. Počítačová chemie: reakce zblízka T-report podzim 2012 Kamila Machová

  2. Místo T-exkurze, ten plánek by se mi docela hodil…

  3. Ještě momentka z exkurze…

  4. Čím jsme se zabývali • Aby proběhla chemická reakce, musíme dodat určitou energii, přestože produkty mohou mít nižší energii než reaktanty • Tato energie se nazývá aktivační energie a bod s nejvyšší energií se nazývá tranzitní stav

  5. Jak se to dělá v praxi • V programu Avogadro si navrhneme dva reaktanty a vzniklý produkt a strukturu Pozn.: reakce je jiná, než se kterou jsme pracovali, ale k této jsem na rozdíl od ní mohla sehnat obrázky, které doma udělat nemohu

  6. V programu Gaussian optimalizujeme geometrii a provedeme vibrační analýzu, která nám umožňuje odlišit optimální strukturu od tranzitního stavu… … a mimo jiné pak můžeme v avogadru sledovat, jak atomy v molekule kmitají

  7. Vybereme vazby, které při reakci nově vznikají

  8. Vazby natahujeme a v jednom místě doje k jejich přerušení • Toto místo je odhadem tranzitního stavu reakce • (Na posledním obrázku už vazba neexistuje, je tam jen „nakreslená“)

  9. Víc jsme toho bohužel nestihli, ale další postup nám byl zrychleně ukázán. • Tímto způsobem můžete namodelovat i složité aktivní centrum enzymů a sledovat reakce, což jsme viděli ve 3D promítání Zjednodušeně fungují enzymy takto: glyoxaláza 3D brýle a molekula

  10. Od exkurze jsem se chtěla hlavně dovědět jak se zkoumají biomolekuly, hlavně enzymy, které mě zajímají a co se dá počítavě namodelovat. Pro naše instruktory musím dodat: Práce se mi moc líbila a viděla jsem počítač.

  11. Zdroje (hlavně obrázků) • http://www.youtube.com/watch?v=xO74wnghdfg&list=PL361EBB3FDA11AC6E • http://www.youtube.com/watch?v=Ne0BQA72Xt4&list=PL361EBB3FDA11AC6E • http://www.jcmm.cz/fotogalerie/t-exkurze-podzim-2012-59.html • http://www.jcmm.cz/data/Texkurze/pocchemie/4-lekce2.pdf • http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1471492204002491 • http://en.wikipedia.org/wiki/Enzyme

More Related