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NCBI 网站介绍 ncbi.nlm.nih

NCBI 网站介绍 www.ncbi.nlm.nih.gov. National Center for Biotechnology Information NCBI 网站简介. 1988 年，美国的参议员 Claude Pepper 发起 1988 年 11 月 4 日通过立法建立国立生物技术信息中心 NCBI 的任务 : 建立基于计算机的信息处理的关于分子生物学，生物化学，和遗传学知识的存储和分析的自动系统。并进行先进方法的研究。 促进生物技术研究者和医药治疗人员对数据库和软件的使用。 促进全世界范围内的生物技术信息收集的合作.

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Presentation Transcript

  1. NCBI网站介绍 www.ncbi.nlm.nih.gov

  2. National Center forBiotechnology InformationNCBI网站简介 • 1988年，美国的参议员 Claude Pepper 发起 • 1988年11月4日通过立法建立国立生物技术信息中心 • NCBI的任务: • 建立基于计算机的信息处理的关于分子生物学，生物化学，和遗传学知识的存储和分析的自动系统。并进行先进方法的研究。 • 促进生物技术研究者和医药治疗人员对数据库和软件的使用。 • 促进全世界范围内的生物技术信息收集的合作

  3. NCBI生物信息整合系统Entrez用途 • PubMed书目文献数据 • 获取GenBank, EMBL等数据库的核酸序列； • 获取Swiss-port,PIR,PRF,PDB等蛋白质序列；从核酸序列翻译到蛋白质的序列； • 蛋白质三维结构数据及大分子模式（MMDB）等其他生物信息数据库检索 • 获取基因组图谱信息

  4. 因特网上检索免费MEDLINE

  5. 一.历史与背景 • INDEX MEDCUS • MEDLARS ONLINE • MEDLINE CD • MEDLINE WEB

  6. MDLINE Web (Free) 检索特点:

  7. MEDLINE Web (FREE) PubMed (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/PubMed) BioMedNet Evaluated Medline (http://www.bmn.com) Healthgate Medline (http://www.healthgate.com)

  8. PubMed • 数据类型：期刊论文、综述、以及与其他数据资源链接。 • 特点： • 1.免费提供题录和文摘2.可与提供原文的网址链接(部分免费获取） 3. 提供检索词自动转换匹配4. 操作简便、快捷

  9. 数据收录 • MEDLINE • 4300余种生物医学期刊，内容涉及医学、护理、牙科、兽医、健康保健系统、前临床医学等学科。这些期刊来源于美国和世界上70多个国家和地区。 • 文献量达1千1百万条记录，并回溯到1966年。 • [indexed for MEDLIEN]

  10. In process citation • 提供MEDLINE尚未经规范处理的数据。 • 获MeSH词后，再加入MEDLINE。 • 记录中[in process]的标记。

  11. Publisher Supplied Citations 出版商直接向PubMed提供电子记录 包括MEDLINE未收录的部分记录

  12. PubMed 与MEDLINE的区别 • 收录范围广：MEDLINE收录的部分生命科学相关文章的非医学专业期刊（物理、天文、化学等） • 收录记录新：在MEDLINE数据标引前的最新题录 • 文献类型全：提供电子原文链接（部分免费）

  13. 在检索栏中输入: 一个或多个检索词(系统默认空格为AND检索)如： placenta growth oxygen genbacev o 著者姓名,姓在前,名在后,如: smith ab 刊名，可输全称或MEDLINE认可的标准缩写形式如：clin exp immunol 布尔逻辑运算式： (运算符须大写）如 ： Stem [ti] AND neuroscience 二.PubMed 基本检索功能

  14. 自动转换检索词（automatic term mapping） • 自动对照规范词表,期刊名表，短语，著者名索引, 依次寻找转换 • 短语寻找转换 单词转换 • 单词在上述四个字段寻找转换 在所有字段中转换

  15. 如：输入stem[ti] AND neuroscience • Details显示： • (stem[ti] AND ("neurosciences"[MeSH Terms] OR neuroscience[Text Word]))

  16. 截词检索：treat* • 强迫短语检索：“brca 1”（不再自动转换匹配和扩展检索）

  17. 自动扩展检索 • 系统自动对主题词、副主题词进行扩展检索，如： • 输入“hypertension therapy,系统自动将高血压的药物治疗、饮食疗法，

  18. 三.PubMed的辅助检索功能 • Limits（检索限制选择） • 字段限制：著者、刊名、篇名、滤过（filter原文收藏处）等 • 数据输入时间：默认检索可回溯到1966年，限制选择30天-10年 • 7种文献类型限制： • 7种语种： • 12种子文档：(01年新增2种Space Life Sciences and Bioethics ）

  19. Previw/index（检索策略预览） • 浏览检索式 • 改变检索式 • （可用检索式编号#1 OR #2） • 浏览索引（index）

  20. Index（索引字顺表） • 选择限制字段 • 输入检索词（词根） • 在字顺表中选择检索词 • 选用逻辑算符建立检索式 • 点击GO

  21. History • 检索式回顾 • 编辑检索式 • 如#3 AND child

  22. Details • 显示检索词转换匹配运算详细过程 • 用途： • 转换、确定规范词 • 如：liver cancer liver neoplasms • 修改检索策略

  23. 修改检索策略 • 1.检索框中随时修改 • 2.“Limit” 、 “Preview/index”、 “History” • “Details”功能键实现。

  24. 四.检索结果输出 • 显示检索结果 • 保存检索结果 • 保存检索策略 • 打印检索结果

  25. 显示字段选择（Display) • Abstract report:来源期刊、标题、著者、著者地址、记录性质、文献类型、勘误、评论、PMID或UI、摘要。 • Citation Report: 显示除上述内容外，加MeSH叙词、化学物质名称、资助项目号等字段。 • MEDLINE Report: (最完整，有标识符）

  26. 显示记录选择 • 单一记录：著者姓名 • 所有记录：选格式、点按display • 选定记录: 方框内打钩

  27. 输出格式选择（send to ) • 选中题录（或文摘）后—— • Text当前网页文本格式 • 用浏览器文件保存 • File所有记录文本格式 • 用对话框保存 • Clipboad 剪贴板 • 允许存储1000条，多项检索后一起保存 • Email: • 通过邮件发送 new

  28. 保存检索策略 • Details 中的URL ，可以让检索匹配的详细策略放入检索框，该检索页面可以存储入浏览器收藏夹。 • Cubby 灰色栏中的功能按钮，存储在数据库的个人文档中。

  29. 打印检索结果 • 1 浏览器打印（当前显示的网页） • 2 show功能键，增加网页显示的记录数 • 3 保存后一起打印（word)

  30. 五.获取原文及相关资源 • 1.联机获取原文（文摘中超链） • 2.向NLM索取原文（order)（由图书馆出面向成员馆订购） • 3.相关文献查找（related article) • 4.其他数据库资源（生物信息学等）

  31. 六.其他检索 • Mesh Database • 功能： • 确定规范检索词 • 查看词义注释、树状结构表 • 副主题词、扩展、主要主题词 例：欲查SARS（严重急性呼吸窘迫症）是否有相关规范词，什么时候在系统中建立该词，有关治疗有无文献？

  32. 附加检索 • 引文匹配器（Citation Matcher） • 期刊浏览器（Journal Browser） • 临床问题（Clinical Queries） • 临床警示（Clinical Alert）:

  33. 引文匹配器（Citation Matcher）: • 输入题录信息，查找特定文献进行补缺。 • 刊名要准确，缩写要标准 • 著者姓名大小写不敏感 • 如查找：Taiwan I Hsueh Hui Chih由Chang PY（taiwan yi xue hui za zhi ) 撰写、 1975 发表文献的其他著者

  34. 期刊数据库（Journal database）: • 通过输入刊名、缩写名、等浏览期刊文献。 • 提供电子原文的超链键。

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