1 / 15

Nils Rostoks LU Bioloģijas fakultāte 2009/0218/1DP/1.1.1.2.0/09/APIA/VIAA/099

Videi draudzīgā lauksaimniecībā nozīmīgu augu pazīmju ģenētiskā kartēšana un molekulāro marķieru identifikācija. Nils Rostoks LU Bioloģijas fakultāte 2009/0218/1DP/1.1.1.2.0/09/APIA/VIAA/099. Darba mērķis.

olympe
Download Presentation

Nils Rostoks LU Bioloģijas fakultāte 2009/0218/1DP/1.1.1.2.0/09/APIA/VIAA/099

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript

  1. Videi draudzīgā lauksaimniecībā nozīmīgu augu pazīmju ģenētiskā kartēšana un molekulāro marķieru identifikācija Nils Rostoks LU Bioloģijas fakultāte 2009/0218/1DP/1.1.1.2.0/09/APIA/VIAA/099

  2. Darba mērķis Izstrādāt un adaptēt molekulāros marķierus videi draudzīgā lauksaimniecībā nozīmīgām augu pazīmēm 2009/0218/1DP/1.1.1.2.0/09/APIA/VIAA/099

  3. Projekta pētījuma aktivitātes • 3.1. aktivitāte. Jaunu selekcijas materiāla vērtēšanas metodiku izstrāde, pilnveidošana un pārbaude • 3.3. aktivitāte. Videi draudzīgā lauksaimniecībā nozīmīgu augu pazīmju ģenētiskā kartēšana un molekulāro marķieru identifikācija 2009/0218/1DP/1.1.1.2.0/09/APIA/VIAA/099

  4. Molekulāro marķieru priekšrocības selekcijā • Ļauj būtiski saīsināt selekcijas laiku, jo dod iespēju jau agrīnās paaudzēs identificēt indivīdus ar noteiktu genotipu (gēnu alēļu kombināciju) , apejot ilgstošus, darbietilpīgus lauka izmēģinājumus • Ļauj identificēt indivīdus ar noteiktām gēnu alēļu kombinācijām, kuras nav iespējams noteikt fenotipiski lauka izmēģinājumos 2009/0218/1DP/1.1.1.2.0/09/APIA/VIAA/099

  5. Marķieri • Almost all aspects of life are engineered at the molecular level, and without understanding molecules we can only have a very sketchy understanding of life itself • Francis Crick • Tāpat kā ceļojumā orientēties palīdz ceļa stabi, genomā orientēties palīdz marķieri • Atšķirības genoma DNS sekvencē kalpo kā molekulārie marķieri genoma kartēšanai 2009/0218/1DP/1.1.1.2.0/09/APIA/VIAA/099

  6. Fenotipiskā un ģenētiskā dauzveidība Fenotipiskā daudzveidība atspoguļo atšķirības dažādu miežu šķirņu genomā 2009/0218/1DP/1.1.1.2.0/09/APIA/VIAA/099

  7. No pazīmes līdz polimorfismam gēna sekvencē Pazīme Miežu genoms 5x109 bp Pazīmi nosakošā gēna sekvence 2009/0218/1DP/1.1.1.2.0/09/APIA/VIAA/099

  8. Genomika un augu selekcija Fenotips Augu selekcija Ģenētiskā karte Genomika Fiziskā karte Genoma secība Alēļu daudzveidība Gēnu funkcija 2009/0218/1DP/1.1.1.2.0/09/APIA/VIAA/099

  9. Molekulārie marķieri ESF projektā • Zināmu molekulāro marķieru adaptācija noteiktām pazīmēm, piemēram, slimības izturībai un jaunu marķieru izstrāde noteiktām slimības izturības gēnu alēlēm • Pazīmju kartēšana miežu populācijā izmantojot asociāciju ģenētikas pieeju un jaunu molekulāro marķieru veidošana noteiktām videi draudzīgā lauksaimniecībā nozīmīgām pazīmēm 2009/0218/1DP/1.1.1.2.0/09/APIA/VIAA/099

  10. Marķieri noteiktiem gēniem • Darbs ar zinātnisko literatūru, lai identificētu marķierus noteiktiem gēniem • Identificēto marķieru tehniskā pārbaude • Identificēto marķieru pārbaude Latvijas laukaugu selekcijas materiālā • Jaunu marķieru izveide zināmiem gēniem un pārbaude Latvijas laukaugu selekcijas materiālā 2009/0218/1DP/1.1.1.2.0/09/APIA/VIAA/099

  11. Marķieri noteiktiem gēniem – pazīmes Mieži – putošā melnplauka un vārpu fuzarioze Kartupeļi – lakstu puve un izturība pret nematodēm 2009/0218/1DP/1.1.1.2.0/09/APIA/VIAA/099

  12. Gēnu kartēšana • Ja gēns, kurš nosaka kādu pazīmi nav zināms, tad tas ir jākartē • Pazīmju kartēšanai izmantojot molekulāros marķierus nepieciešams liels skaits marķieru, kuri ir vienmērīgi izvietoti genomā un efektīva sistēma to genotipēšanai noteiktā augu materiālā • Illumina miežu genotipēšanas platforma • Vienlaicīga 3072 punktveida mutāciju (SNP) genotipēšana 96 miežu paraugos • Augsta datu kvalitāte, zināms marķieru novietojums miežu genomā 2009/0218/1DP/1.1.1.2.0/09/APIA/VIAA/099

  13. Piemērs – miežu genoma rajoni, kuri ietekmē b-glikānu saturu Korelācija ar b-glikānu saturu Lineāri genomā izvietoti molekulārie marķieri 2009/0218/1DP/1.1.1.2.0/09/APIA/VIAA/099

  14. Uzsāktie darbi • Literatūras analīze publicētu molekulāro marķieru identificēšanai • Metodiku apgūšana; konkrētiem molekulāriem marķieriem nepieciešamo specifisko materiālu un reaģentu iepirkums • Miežu augu materiāla audzēšana DNS izdalīšanai no 96 miežu līnijām genotipēšanai • Iepriekšējos projektos iegūto datu analīze ar uzsvaru uz videi draudzīgā lauksaimniecībā nozīmīgām pazīmēm 2009/0218/1DP/1.1.1.2.0/09/APIA/VIAA/099

  15. Pateicības: • VIAA par atbalstu projekta realizācijā • VPLSI kolēģiem par sadarbību • LU par atbalstu projekta administrēšanā 2009/0218/1DP/1.1.1.2.0/09/APIA/VIAA/099

More Related